Wang, J. T., Chu, C. W., Soong, K. (2022). Comparison of the bleaching susceptibility of coral species by using minimal samples of live corals. PeerJ 10:e12840.

Hung, J. J., Wang, Y. H., Fu, K. H., Lee, I. H., Tsai, S. H., Lee, C. Y., ... & Lin, Y. H. (2021). Biogeochemical responses to internal-wave impacts in the continental margin off Dongsha atoll in the northern South China Sea. Progress in Oceanography, 102689.

Su, P. W., Zhang, G. L., Chen, B., Soong, K., & Liu, L. L. (2021). Reproduction and early juvenile growth of the giant clams Tridacna noae and Tridacna maxima in Taiwan. Zoological Studies, 60.

Liu, S. Y. V., Green, J., Briggs, D., Hastings, R., Jondelius, Y., Kensinger, S., ... & Crandall, E. D. (2021). Dongsha Atoll is an important stepping-stone that promotes regional genetic connectivity in the South China Sea. PeerJ, 9, e12063.

Fan, L. F., Qiu, S. Q., & Chou, W. C. (2021). Carbonate chemistry of the Dongsha Atoll Lagoon in the northern South China Sea. Terrestrial, Atmospheric & Oceanic Sciences, 32(3).

Chen, S. Y., Hsu, C. H., & Soong, K. (2021). How to cross the sea: testing the dispersal mechanisms of the cosmopolitan earthworm Pontodrilus litoralis. Royal Society Open Science, 8(8), 202297.

Hung, K. N., Yuan, C. S., Lee, C. E., Ie, I. R., Yeh, M. J., Soong, K. Y., & Fang, S. C. (2021). Spatiotemporal distribution and long-range transport of atmospheric speciated mercury at three remote islands in Taiwan Strait and South China Sea. Atmospheric Research, 248, 105193.

Yen, P. H., Yuan, C. S., Wu, C. H., Yeh, M. J., Tseng, Y. L., & Soong, K. Y. (2021). Transport route-based cluster analysis of chemical fingerprints and source origins of marine fine particles (PM2. 5) in South China Sea. Science of The Total Environment, 150591.

Shaddox, H. R., Brodsky, E. E., Ramp, S. R., & Davis, K. A. (2021). Seismic detection of oceanic internal gravity waves from subaerial seismometers. AGU Advances, 2(3), e2021AV000475.

Santos, M. E., Reimer, J. D., & Toonen, R. J. (2021). Phylogenomics of Palythoa (Hexacorallia: Zoantharia): probing species boundaries in a globally distributed genus. Coral Reefs, 1-18.

MacNeil, M. A., Chapman, D. D., Heupel, M., Simpfendorfer, C. A., Heithaus, M., Meekan, M., ... & Cinner, J. E. (2020). Global status and conservation potential of reef sharks. Nature, 583(7818), 801-806.

Mayakun, J., Liao, C. P., & Liu, S. L. (2020). The standing stock and CaCO3 contribution of Halimeda macroloba in the tropical seagrass-dominated ecosystem in Dongsha Island, the main island of Dongsha Atoll, South China Sea. Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, 100(8), 1219-1227.

Liang, S. J., Young, C. C., Dai, C., Wu, N. J., & Hsu, T. W. (2020). Simulation of ocean circulation of Dongsha water using non-hydrostatic shallow-water model. Water, 12(10), 2832.

Cheng, Y. R., Chin, C. H., Lin, D. F., & Wang, C. K. (2020). The Probability of an unrecoverable coral community in Dongsha Atoll Marine National Park due to recurrent disturbances. Sustainability, 12(21), 9052.

Chou, W. C., Fan, L. F., Yang, C. C., Chen, Y. H., Hung, C. C., Huang, W. J., ... & Su, C. K. (2020). A unique diel pattern in carbonate chemistry in the seagrass meadows of Dongsha island: implications for ocean acidification buffering.

Boo,W. H., Wah , L.Y., Soong, K., & Davis, R. J. (2020).The diversity of Symbiodiniaceae hosted by Palythoa tuberculosa found at the edge of the South China Sea. Journal of Sustainability Science and Management, 15(4), 54-65.

Tai, J. H., Chou, W. C., Hung, C. C., Wu, K. C., Chen, Y. H., Chen, T. Y., ... & Chow, C. H. (2020). Short-term variability of biological production and CO2 system around Dongsha Atoll of the northern south China Sea: impact of topography-flow interaction. Frontiers in Marine Science, 7: 511.

Chiu, C. S., Chiu, P. H., Yong, T. C., Tsai, H. P., Soong, K., Huang, H. E., & Chen, C. N. N. (2020). Mechanisms protect airborne green microalgae during long distance dispersal. Scientific reports, 10(1), 1-12.

Lim, S. S. Q., Huang, D., Soong, K., & Neo, M. L. (2019). Diversity of endosymbiotic Symbiodiniaceae in giant clams at Dongsha Atoll, northern South China Sea. Symbiosis, 78(3), 251-262.

Nieder, C., Liao, C. P., Chen, C. A., & Liu, S. L. (2019). Filamentous calcareous alga provides substrate for coral-competitive macroalgae in the degraded lagoon of Dongsha Atoll, Taiwan. PloS one, 14(5), e0200864.

Nieder, C., Chen, P. C., Chen, C. A., & Liu, S. L. (2019). New record of the encrusting alga Ramicrusta textilis overgrowing corals in the lagoon of Dongsha Atoll, South China Sea. Bulletin of Marine Science, 95(3), 459-462.

Chang, A. Y., Chiu, L. Y., Mok, M. H. K., Soong, K., & Huang, W. J. (2019). Experimental observations of diurnal acoustic propagation effects in seagrass meadows on the Dongsha Atoll. The Journal of the Acoustical Society of America, 146(3), EL279-EL285.

Reimer, J. D., Kise, H., Wee, H. B., Lee, C. L., & Soong, K. (2019). Crown-of-thorns starfish outbreak at oceanic Dongsha Atoll in the northern South China Sea. Marine Biodiversity, 49(6), 2495-2497.

Hsu, C-H., Liang, Y-B., Li, J-J., & Liu, C-C. (2019). Ecological information of land hermit crabs (Crustacea: Decapoda: Anomura: Coenobitidae) and new record in Dongsha Atoll National Park, Taiwan. Taiwania, 64(3).

Tseng, K. H., Hsu, H. J., & Lin, Y. C. (2019). Use of ICESat-2 Laser Altimetry to Estimate Coastal Sea Level and Shallow Water Bathymetry in Dongsha Islands, Taiwan. In AGU Fall Meeting Abstracts (Vol. 2019, pp. OS23B-1781).

Kawai, T., & Ho, H. C. (2019). Records of four species of armored searobins (Teleostei: Peristediidae) from Dongsha Atoll in the South China Sea. Platax, 2019, 67-75.

Ahmed, A. F., Chen, Y. W., Huang, C. Y., Tseng, Y. J., Lin, C. C., Dai, C. F., ... & Sheu, J. H. (2018). Isolation and structure elucidation of cembranoids from a Dongsha Atoll soft coral Sarcophyton stellatum. Marine drugs, 16(6), 210.

Neo, M. L., Liu, L. L., Huang, D., & Soong, K. (2018). Thriving populations with low genetic diversity in giant clam species, Tridacna maxima and Tridacna noae, at Dongsha Atoll, South China Sea. Regional Studies in Marine Science, 24, 278-287.

Benayahu, Y., van Ofwegen, L. P., Dai, C. F., Jeng, M. S., Soong, K., Shlagman, A., ... & McFadden, C. S. (2018). The octocorals of Dongsha Atoll (South China Sea): an iterative approach to species identification using classical taxonomy and molecular barcodes. Zoological studies, 57.

Chou, W. C., Chu, H. C., Chen, Y. H., Syu, R. W., Hung, C. C., & Soong, K. (2018). Short-term variability of carbon chemistry in two contrasting seagrass meadows at Dongsha Island: implications for pH buffering and CO2 sequestration. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 210, 36-44.

White, K. N., & Machida, R. J. (2018). Taiwanese Leucothoidae (Crustacea: Amphipoda), including three new species from Dongsha Atoll. Zoological studies, 57.

Sun, H. C., Huang, W. C., & Liao, T. Y. (2018). First record of the rainbow runner Elagatis bipinnulata (Quoy and Gaimard, 1825)(Perciformes: Carangidae) from the Dongsha Atoll. 台灣生物多樣性研究, 20(1), 73-78.

Lee, C. L., Shao, K. T., & Lin, H. J. (2018). Five newly recorded fish species from seagrass beds of Kenting and Dongsha Atoll. Platax, 2018, 55-63.

Nieder, C., Chen, C. A., & Liu, S. L. (2018). Long-term blooming filamentous calcareous alga provides substrate for other coral-competitive macroalgae in the degraded lagoon of Dongsha Atoll (Pratas), Taiwan. bioRxiv, 363796.

Gong, S. Y. (2018). A reef island developed with sea level rise in a cyclone-prone region: Dongsha Island, South China Sea. In AGU Fall Meeting Abstracts (Vol. 2018, pp. OS11E-1446).

Shaddox, H. R., Brodsky, E. E., & Davis, K. A. (2018). Seismic Detection of Internal Gravity Waves at the Dongsha Atoll, South China Sea. In AGU Fall Meeting Abstracts (Vol. 2018, pp. S42B-05).

Huang, Z. C., Hsu, W. Y., & Yang, J. (2018). Observations of canopy flow structure and frictional velocity of coral colonies in Dongsha Atoll. Coastal Engineering Proceedings, (36), 15-15.

Tung, C. C., & Liao, T. Y. (2018). A new record of Variola albimarginata (Teleostei, Serranidae) from the Dongsha Atoll. 台灣生物多樣性研究, 20(3), 169-174.

Reimer, J. D., Lau, Y. W., Boo, W. H., & Soong, K. (2018). Living fossil Nanipora (Anthozoa: Octocorallia) as the dominant calcifying benthos in a seagrass meadow in the South China Sea. Matters Select, 4(2), e201802000001.

Cheng, Y. R., & Dai, C. F. (2018). Poecilostomatoid copepods associated with two species of widely distributed corals, Galaxea astreata (Lamarck, 1816) and Galaxea fascicularis (Linnaeus 1767), in the South China Sea. Marine Biodiversity, 48(2), 1057-1072.

Ren, H; Chen, YC; Wang, XCT et al. (2017). 21st-century rise in anthropogenic nitrogen deposition on a remote coral reef. Science, 356(6339), 749-752

Tkachenko, KS., & Soong, K. (2017). Dongsha Atoll: A potential thermal refuge for reef-building corals in the South China Sea. Marine Environmental Research, 127: 112-125

Gajdzik, L., & DeCarlo, T. (2017). The perfect calm: reoccurring mass die-offs on a remote coral atoll. Matters, 3(9), e201707000003

Gajdzik, L. (2017) Adaptive capacity assessment of damselfishes (Pomacentridae). Ph D dissertation, Université de Liège,​ Liège,​​ Belgique.

DeCarlo, T. (2017). Coral biomineralization, climate proxies and the sensitivity of coral reefs to CO2-driven climate change. PhD thesis, Massachusetts Institute of Technology.

DeCarlo T.M., Cohen, A.L. (2017). Dissepiments, density bands and signatures of thermal stress in Porites skeletons. Coral Reefs, 36(3), 749-761.

Pan, X., Wong, G. T., DeCarlo, T. M., Tai, J. H., & Cohen, A. L. (2017). Validation of the remotely sensed nighttime sea surface temperature in the shallow waters at the Dongsha Atoll. Terrestrial, Atmospheric and Oceanic Sciences, 28(3), 517-524.

Bertrand, J.A., Borsa, P., Chen, W.J. (2017). Phylogeography of the seageants Abudefduf sexfasciatus and A. vaigiensis reveals complex introgression patterns between two widespread and sympatric Indo‐West Pacific reef fishes. Molecular Ecology, 26(9), 2527-254

Hsieh, H. Y., Hung, J. J., Wang, Y. H., & Lo, W. T. (2017). Hydrographic characteristics and community structure of epipelagic mesozooplankton in the Dongsha (Pratas) Atoll, South China Sea. Marine and Freshwater Research, 68(12), 2228-2241.

Hsu, C. H., & Soong, K. (2017). Mechanisms causing size differences of the land hermit crab Coenobita rugosus among eco-islands in Southern Taiwan. PloS one, 12(4), e0174319.

DeCarlo, T. M., Cohen, A. L., Wong, G. T., Davis, K. A., Lohmann, P., & Soong, K. (2017). Mass coral mortality under local amplification of 2℃ ocean warming. Scientific reports, 7(1), 1-9.

Keshavmurthy, S., Tang, K. H., Hsu, C. M., Gan, C. H., Kuo, C. Y., Soong, K., ... & Chen, C. A. (2017). Symbiodinium spp. associated with scleractinian corals from Dongsha Atoll (Pratas), Taiwan, in the South China Sea. PeerJ, 5, e2871.

Reimer, J. D., Santos, M. E. A., Kise, H., Neo, M. L., Chen, C. A., & Soong, K. (2017). Diversity of Zoantharia (Anthozoa: Hexacorallia) at Dongsha Atoll in the South China Sea. Regional Studies in Marine Science, 12, 49-57.

Wong, C. M., Duprey, N. N., & Baker, D. M. (2017). New insights on the nitrogen footprint of a coastal megalopolis from coral-hosted Symbiodinium δ15N. Environmental science & technology, 51(4), 1981-1987.

Chen, C., & Lin, H. L. (2017). Applying benthic foraminiferal assemblage to evaluate the coral reef condition in Dongsha Atoll lagoon. Zoological studies, 56: e20.

DeCarlo, T. M., Cohen, A. L., Wong, G. T., Shiah, F. K., Lentz, S. J., Davis, K. A., ... & Lohmann, P. (2017). Community production modulates coral reef pH and the sensitivity of ecosystem calcification to ocean acidification. Journal of Geophysical Research: Oceans, 122(1), 745-761.

Lentz, S. J., Davis, K. A., Churchill, J. H., & DeCarlo, T. M. (2017). Coral reef drag coefficients–water depth dependence. Journal of Physical Oceanography, 47(5), 1061-1075.

Pasaribu, B., Wang, M. M., & Jiang, P. L. (2017). Identification of an oleosin-like gene in seagrass seeds. Biotechnology letters, 39(11), 1757-1763.

Chou Y. (2016). Dongsha Atoll Research Station－A steady research platform in South China Sea. Kuroshio Science, 10, 23-27

Tsai, H. P., Chuang, L. T., & Chen, C. N. N. (2016). Production of long chain omega-3 fatty acids and carotenoids in tropical areas by a new heat-tolerant microalga Tetraselmis sp. DS3. Food chemistry, 192, 682-690.

Wang, X. T., Sigman, D. M., Cohen, A. L., Sinclair, D. J., Sherrell, R. M., Cobb, K. M., ... & Ren, H. (2016). Influence of open ocean nitrogen supply on the skeletal δ15N of modern shallow-water scleractinian corals. Earth and Planetary Science Letters, 441, 125-132.

Cheng, Y. R., & Dai, C. F. (2016). A bioeroding foraminifer, Hyrrokkin sarcophaga, on deepwater corals from the South China Sea. Coral Reefs, 35(3), 901-901.

Chen, T. Y., Tai, J. H., Ko, C. Y., Hsieh, C. H., Chen, C. C., Jiao, N., ... & Shiah, F. K. (2016). Nutrient pulses driven by internal solitary waves enhance heterotrophic bacterial growth in the South China Sea. Environmental microbiology, 18(12), 4312-4323.

Shih, P. T. Y., Lin, J. W., & Wang, C. G. (2016). Underwater linear feature extraction with multispectral band images: An evaluation with level-set method in Dongsha atoll and Zengmu shoal. Journal of Marine Science and Technology, 24(6), 20.

Wang, Y. H. (2016). Phytoplankton transport to coral reefs by internal solitons in the northern South China Sea. Coral reefs, 35(3), 1061-1068.

Fu, K. H., Wang, Y. H., Lee, C. P., & Lee, I. H. (2016). The deformation of shoaling internal waves observed at the Dongsha Atoll in the northern South China Sea. Coastal Engineering Journal, 58(2), 1650001-1.

Wu, K., Chen, C. N. N., & Soong, K. (2016). Long distance dispersal potential of two seagrasses Thalassia hemprichii and Halophila ovalis. PloS one, 11(6), e0156585.

Huang, C. Y., Tseng, Y. J., Chokkalingam, U., Hwang, T. L., Hsu, C. H., Dai, C. F., ... & Sheu, J. H. (2016). Bioactive isoprenoid-derived natural products from a Dongsha Atoll soft coral Sinularia erecta. Journal of natural products, 79(5), 1339-1346.

Lee, C. L., Huang, Y. H., Chen, C. H., & Lin, H. J. (2016). Remote underwater video reveals grazing preferences and drift export in multispecies seagrass beds. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 476, 1-7.

Shih, H. T., Lee, J. H., Ho, P. H., Liu, H. C., Wang, C. H., Suzuki, H., & Teng, S. J. (2016). Species diversity of fiddler crabs, genus Uca Leach, 1814 (Crustacea: Ocypodidae), from Taiwan and adjacent islands, with notes on the Japanese species. Zootaxa, 4083(1), 57-82.

Parmentier, E., & Frederich, B. (2016). Broadening of acoustic repertoire in Pomacentridae: tonal sounds in the Ambon damselfish Pomacentrus amboinensis. Journal of Zoology, 300(4), 241-246.

Lin, F. J., Komai, T., & Chan, T. Y. (2016). A new mud lobster of the genus Thalassina Latreille, 1806 (Crustacea: Decapoda: Gebiidea: Thalassinidae) from marine seagrass beds in Dongsha (Pratas) Island, South China Sea. Raffles Bulletin of Zoology, 64.

Borsa, P., Fauvelot, C., Tiavouane, J., Grulois, D., Wabnitz, C., Abdon Naguit, M. R., & Andréfouët, S. (2015). Distribution of Noah’s giant clam, Tridacna noae. Marine Biodiversity, 45, 339–344.

Huang, Y. H., Lee, C. L., Chung, C. Y., Hsiao, S. C., & Lin, H. J. (2015). Carbon budgets of multispecies seagrass beds at Dongsha Island in the South China Sea. Marine Environmental Research, 106, 92-102.

Lee, C. L., Huang, Y. H., Chung, C. Y., Hsiao, S. C., & Lin, H. J. (2015). Herbivory in multi-species, tropical seagrass beds. Marine Ecology Progress Series, 525, 65-80.

Huang, D., Licuanan, W. Y., Hoeksema, B. W., Chen, C. A., Ang, P. O., Huang, H., ... & Chou, L. M. (2015). Extraordinary diversity of reef corals in the South China Sea. Marine Biodiversity, 45(2), 157-168.

DeCarlo, T. M., Karnauskas, K. B., Davis, K. A., & Wong, G. T. (2015). Climate modulates internal wave activity in the Northern South China Sea. Geophysical Research Letters, 42(3), 831-838.

Cheng, S. Y., Wang, S. K., & Duh, C. Y. (2014). Secocrassumol, a seco-cembranoid from the Dongsha Atoll soft coral Lobophytum crassum. Marine drugs, 12(12), 6028-6037.

Lee, C. L., Huang, Y. H., Chung, C. Y., & Lin, H. J. (2014). Tidal variation in fish assemblages and trophic structures in tropical Indo-Pacific seagrass beds. Zoological Studies, 53(1), 1-13.

Chen, G. Y., Wu, C. L., & Wang, Y. H. (2014). Interface depth used in a two-layer model of nonlinear internal waves. Journal of oceanography, 70(4), 329-342.

Soong, K., Chiu, S. T., & Chen, C. N. N. (2013). Novel seed adaptations of a monocotyledon seagrass in the wavy sea. PloS one, 8(9), e74143.

海洋國家公園管理處研究計畫

陳餘鋆、莫顯蕎、江偉全，2020，東沙環礁國家公園檸檬鯊群聚與棲地研究，海洋國家公園管理處，共121頁。

邱郁文，2020，東沙環礁國家公園螺貝類資源調查，海洋國家公園管理處，共97頁。

施習德，2020，東沙環礁國家公園甲殼類資源調查，海洋國家公園管理處，共78頁。

陳餘鋆、莫顯蕎、廖德裕，2019，東沙島周邊魚類監測調查，海洋國家公園管理處，共132頁。

鄭有容、張懿、李孟珊，2019，東沙環礁國家公園海域資源評析，海洋國家公園管理處，共241頁。

廖德裕、宋克義、陳餘鋆，2018，東沙環礁國家公園魚類資源調查，海洋國家公園管理處，共165頁。

劉弼仁、林幸助、楊明德，2018，東沙環礁海草生態相調查，海洋國家公園管理處，共178頁。

楊曼妙、董景生、伍淑惠，2017，東沙島昆蟲相及棲地環境調查，海洋國家公園管理處，共148頁。

戴昌鳳，2017，東沙環礁國家公園軟珊瑚群聚調查，海洋國家公園管理處，共58頁。

林佩瑩，2017，東沙環礁構造研究，海洋國家公園管理處，共116頁。

陳炤杰、林昆海，2016，105年度東沙白腹秧雞暨過境鳥類生態調查，海洋國家公園管理處，共136頁。

陳餘鋆、王建平、蘇焉、江偉全、劉商隱，2016，東沙島周邊海域檸檬鯊族群及分布研究，海洋國家公園管理處，共95頁。

王瑋龍、劉少倫，2015，東沙環礁大型藻類生態調查，海洋國家公園管理處，共147頁。

陳建帆、伍淑惠、陳建文、張勵婉，2015，東沙島植物相調查，海洋國家公園管理處，共153頁。

陳炤杰、林昆海，2015，東沙島留棲鳥類及過境鳥類族群調查，海洋國家公園管理處，共97頁。

羅柳墀，2014，東沙島白腹秧雞繁殖棲地調查計畫，海洋國家公園管理處，共40頁。

任玄、高宏明，2014，遙測影像運用於東沙環礁棲地變遷及圖譜建置之研究，海洋國家公園管理處，共328頁。

王建平、陳餘鋆，2014，東沙島周邊海域軟骨魚類資源調查，海洋國家公園管理處，共98頁

廖震亨、陳慧如，2014，東沙島北岸珊瑚復育成效與魚類群聚相關性研究，海洋國家公園管理處自行研究成果報告，共41頁。

戴昌鳳，2013，東沙環礁珊瑚生長關鍵因子之探討-珊瑚群聚組成分析暨生態圖鑑製作，海洋國家公園管理處，共137頁。

高宏明、任玄、蘇焉 、李昭興，2013，東沙環礁台生物多樣性及棲地組成調查-以衛星影像應用於底質型態之分析，海洋國家公園管理處，共262頁。

黃興倬、李坤瑄，2013，東沙島周邊指標生物族群調查與復育評估—標本製作與管理規劃，海洋國家公園管理處，共73頁。

羅柳墀、孫元勳，2013，東沙島過境鳥類及離島海鳥族群量調查，海洋國家公園管理處，121頁。

宮守業、王士偉，2013，東沙環礁全新世地質演化研究，海洋國家公園管理處，共100頁。

王建平、陳餘鋆，2013，東 沙海域大型獵食性生物資源調查－東沙島周邊檸檬鯊及其他軟骨魚類調查，海洋國家公園管理處，共94頁。

碩、博士論文研究及海洋國家公園管理處補助研究生計畫

鄭雲則，2021，以東沙潟湖海底地震儀研究地殼速度不連續面與周遭噪訊源，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：蘇志杰、林佩瑩。

陳子恩，2020，臺灣凶狠圓軸蟹之族群遺傳研究，國立海洋大學海洋生物研究所碩士論文。指導教授：楊倩惠。共54頁。

郭家瑜，2020，東沙環礁內鯊魚的棲地選擇與相對豐富度，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

范允豪，2020，以次世代定序技術調查東沙仔稚魚的物種組成與空間分布。國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：廖德裕。

楊長暢，2020，東沙島小潟湖海草床碳化學的四季變化及其調控機制，國立海洋大學海洋環境與生態研究所碩士論文。指導教授：周文臣。

葉明潔，2020，東沙及南沙群島大氣中不同型態汞之時空變化、氣固分佈特徵及長程傳輸解析，國立中山大學環境工程研究所碩士論文。指導教授：袁中新。

彭令元，2020，保護型島嶼的海洋生態旅遊發展之研究 —以東沙發展潛水/浮潛旅遊為例，國立中山大學海洋事務研究所碩士論文。指導教授：張水鍇。

劉佑辰，2019，環境DNA調查東沙環礁魚種組成，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：廖德裕。

黃欣雅，2019，遙測影像運用於東沙環礁棲地變遷監測及水深估計之研究，國立中央大學碩士論文。指導教授：任玄。

張英宸，2019，東沙島招潮蟹之幼體形態與生態研究，國立中興大學生命科學系研究所碩士論文。指導教授：施習德。

陳俞瑋，2019，東沙島及臺灣西海岸蜑螺卵鞘表面受酸化影響及被掠食者鑽孔之探討，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：劉莉蓮。

黃郁軒，2019，東沙島梭子蟹科之物種多樣性與食性探討，國立中興大學生命科學系研究所碩士論文。指導教授：施習德。

城豪澤，2019，2014年夏季東沙環礁表層水體溫度日變異性成因，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：陳世楠。

黃湘倫，2019，為什麼微孔珊瑚是東沙環礁中最大的團塊狀珊瑚？國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

鄭如余，2019，東沙潮間帶蜑螺垂直移動行為研究，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

張貴鈞，2019，東沙島淺水域費氏窄尾魟和眼斑鷂鱝分佈不均之機制驗證，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

林義豪，2018，東沙環礁波浪與水流之數值模擬，淡江大學水資源及環境工程學系碩士論文。指導教授：蘇仕峯。

蔣得勻，2018，數值模擬颱風波浪於東沙島之亞重力波，淡江大學水資源及環境工程學系碩士論文。指導教授：蘇仕峯。

梁藝蓓，2018，南海東沙島海岸皺紋陸寄居蟹(Coenobita rugosus)聚集之機制驗證，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

黃煒哲，2018，東沙環礁海草床之氣泡共振效應，國立中山大學海下科技研究所碩士論文。指導教授：邱永盛。

魏儀，2018，東沙環礁潟湖中的塊礁是如何形成？國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

黃士哲，2018，南海北部(東沙島)乾沉降水溶性氮物種之研究，國立臺灣海洋大學海洋環境資訊系碩士論文。指導教授：陳宏瑜。

朱慧娟，2018，東沙海草床生態系夏季與冬季碳化學系統之比較研究，國立海洋大學海洋環境與生態研究所碩士論文。指導教授：周文臣。

王凱澤，2017，東沙島黑頂織紋螺與水螅體之共生關係研究，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：劉莉蓮。

Buntora Pasaribu，2017，研究東沙群島中海草種子之形態及主要蛋白質組成，國立中興大學碩士論文。指導教授：曾志正。

李亦騏，2017，東沙島、小琉球、墾丁的皺紋陸寄居蟹 (Coenobita rugosus) 對貝殼之利用，國立中興大學碩士論文。指導教授：施習德。

何翊寧，2017，東沙環礁潟湖水層間的仔稚魚之群聚分布，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：廖德裕。

連雅筑，2017，東沙環礁海洋無脊椎動物之內生菌資源探討與應用，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系研究所碩士論文。指導教授：廖志中。

邱松權，2017，東沙環礁夏季有機碳與無機碳的代謝作用，國立海洋大學海洋環境與生態研究所碩士論文。指導教授：周文臣。

戴琦，2017，應用高階淺水數值模式模擬東沙環礁之水動力研究，國立成功大學水利及海洋工程學系碩士論文。指導教授：蕭士俊。

林修平，2017，東沙環礁海域內波音傳效應研究，國立中山大學海下科技研究所碩士論文。指導教授：邱永盛。

陳彥婷，2017，東沙島潟湖沉積物中固氮細菌及氮清除細菌的分離和特性研究，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：謝文陽。

夏浩庭，2017，東沙島潟湖沉積物中硝酸還原/脫氮細菌的分離和特性探討，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：謝文陽。

陳姿尹，2017，東沙島潟湖兼性嫌氣性發酵細菌的分離及特性研究，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：謝文陽。

黃進達，2017，南海北部大陸邊緣東沙-澎湖隆起構造演化之研究，國立台灣師範大學地球科學系碩士論文。指導教授：李通藝。

邱佳生，2017，東沙島空飄微藻的採集與鑑定及逆境耐受性的探討，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：陳慶能。

傅科憲，2016，南中國海非線性內波在東沙斜坡的淺化及變形，國立中山大學海洋環境及工程學系研究所博士論文。指導教授：王玉懷、李忠潘。

李柏昇，2016，東沙環礁產指形軟珊瑚與肉質軟珊瑚宿主與共生藻脂肪酸組成，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：陳宏遠。

盧思佐，2016，傳輸與季節對東沙大氣多環芳香烴之影響，國立中山大學環境工程研究所碩士論文。指導教授：袁中新。

蘇振豪，2016，東沙環礁周邊溫降特性研究，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：陳冠宇。

黃筱丹，2016，應用生地化模式解析內波對東沙海域的影響，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：陳冠宇。

葉俊德，2016，海洋內波紊流特性之觀測：以東沙海域為例，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：曾若玄。

林致遠，2016，應用遙測影像之水深校正於東沙環礁海草棲地變遷，國立中央大學遙測科技碩士論文。指導教授：任玄。

蕭鈺亭，2016，東沙海域大氣懸浮微粒之來源、傳輸與化學特性研究，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：林斐然。

謝成彬，2016，大氣懸浮微粒質量濃度和氣膠光學厚度間相關性比較：東沙群島觀測，國立臺灣海洋大學海洋環境資訊系碩士論文。指導教授：陳宏瑜。

許嘉軒，2015，驗證造成台灣周遭生態島之皺紋陸寄居蟹(Coenobita rugosus)體型差異機制，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

楊杰，2015，東沙環礁潟湖內之水體交換率受制機制及邊界層紊流特性，國立中央大學水文與海洋科學研究所碩士論文。指導教授：黃志誠。

林建維，2015，利用水平集方法擷取水下特徵－以東沙環礁及曾母暗沙為例，國立交通大學土木工程系研究所碩士論文。指導教授：史天元。

葉閎安，2015，捷鳥衛星影像應用於東沙島淺水水深分析，國立臺灣海洋大學海洋環境資訊系碩士論文。指導教授：何宗儒。

許恆胤，2015，東沙島水域微量金屬分布及季節性變化：以圓葉水絲草為生物性指標，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：簡國童。

陳敬宜，2015，利用次世代定序方法分析東沙島海域細菌菌相，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系研究所碩士論文。指導教授：邱素芬。

田弘安，2015，南海東沙島小潟湖內放射性核種（釷-234、鉛-210及釙-210）與顆粒體關係之探討，國立臺灣大學海洋研究所碩士論文。指導教授：魏慶琳。

宋芷萱，2015，颱風侵襲下東沙島海岸地形變遷數值研究，弘光科技大學環境工程研究所碩士論文。指導教授：溫志中。

歐姿慧，2014，台灣產招潮蟹棲地類型之研究，國立中興大學生命科學系研究所碩士論文。指導教授：施習德。

劉亭之，2014，東沙環礁海草與珊瑚生態系碳化學之比較與研究，國立海洋大學海洋環境與生態研究所碩士論文。指導教授：周文臣。

張哲誌，2014，東沙環礁潟湖浮游生物群聚呼吸率時空變異之研究，國立臺灣師範大學生命科學研究所碩士論文。指導教授：陳仲吉。

黃智鈴，2014，東沙環礁海域管水母與水螅水母群聚之時空分布及其與水文環境之相關性研究，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系研究所碩士論文。指導教授：羅文增。

陳世祐，2014，利用EEMD研究東沙環礁葉綠素之時空變化，國立中山大學海下科技暨應用海洋物理研究所。指導教授：王玉懷。

何君柔，2014，內波影響東沙環礁附近海域的葉綠素濃度與浮游動物生物量，國立中山大學海下科技暨應用海洋物理研究所。指導教授：王玉懷。

辛文甫，2014，東沙環礁海域毛顎類季節分佈及環境因子之相關性研究，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系研究所碩士論文。指導教授：羅文增。

孫鼎傑，2014，高雄港及東沙島附近海域細菌菌相之分析研究，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系研究所碩士論文。指導教授：邱素芬。

蔡佳穎，2014，東沙島大型藻類與海草資源調查，國立彰化師範大學，海洋國家公園管理處補助研究生專題研究計畫。

王鈺婷，2014，東沙環礁之海洋微生物資源探索，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系，海洋國家公園管理處補助研究生專題研究計畫。

蔡昇勳，2013，東沙三種潮間帶蜑螺之族群生物學研究，國立中山大學海洋科學系研究所碩士論文。指導教授：宋克義。

孫介珩，2013，美國與我國海洋保護區劃設程序與管理內涵之比較研究：以帕帕哈瑙莫庫瓦基亞海洋國家紀念碑與東沙環礁國家公園為例，國立中山大學政治學研究所碩士論文。指導教授：胡念祖。

周雅嵐，2013，東沙島海草床海綿多樣性與豐度調查，國立中山大學海洋科學系。海洋國家公園管理處補助研究生專題研究計畫。

劉正彥，2021，東沙島太平島與台灣間之海面大氣擾亂和電離層高頻通訊，國立中央大學太空科學與科技研究中心。

張日新，2021，東沙隆起晚中新世以來的震測地層學與地質事件研究，國立臺灣大學海洋研究所。

洪慶章，2021，東沙海草床之生地化循環與微生物相之關係及其受全球環境變遷之影響，國立中山大學海洋科學系。

劉商隱，2020，分析卵葉鹽草在不同溫度動態下轉錄體表達差異，以東沙島潟湖內與南岸族群為例，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

慕樂凡，2019，東沙環礁海草床光降解有機物之初步研究，國立中山大學海洋科學系。

李逸環，2019，北南海陸棚區中小尺度流場研究，國立中山大學海洋科學系。

楊穎堅，2019，次中尺度海洋過程與能量轉換研究，國立臺灣大學海洋研究所。

陳建勳，2019，東沙環礁潟湖過去數百年間的底棲有孔蟲群聚變動，財團法人國家實驗研究院台灣海洋科技研究中心。

任玄，2018，衛星影像對近岸海底棲地分類與水深反演之應用，國立中央大學太空及遙測研究中心。

劉弼仁，2018，以中觀生態池探討東沙環礁海草床面積縮減的原因，國立東華大學海洋生物研究所。

劉耿豪，2018，基於深度學習之空拍水面影像大型魚類偵測與識別II，國立中山大學機械與機電工程學系（所）。

劉商隱，2018，卵葉鹽草於西太平洋的族群聯通性與散佈機制，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

周文臣，2018，東沙海草床碳化學的時序變化及其控制機制，國立臺灣海洋大學海洋環境與生態研究所。

夏復國，2018，東沙環礁及SEATS時序站初級生產力與細菌生產力之研究 (Ⅲ)，中央研究院環境變遷研究中心。

張義宏，2018，我國偏遠離島土壤微生物群集結構（PLFA技術），馬偕學校財團法人馬偕醫護管理專科學校護理科。

林秀瑾，2018，南海內波對東沙環礁珊瑚藤壺的影響，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

洪佳章，2018，北南海生物幫浦與深層有機碳通量連結之研究，國立中山大學海洋科學系。

簡士濠，2018，我國偏遠離島之土壤化育與風化指標，國立屏東科技大學水土保持系。

蔡怡陞，2018，我國偏遠離島土壤真菌及微生動物多樣性，中央研究院生物多樣性研究中心。

蘇仕峯，2018，颱風期間太平島與東沙島近岸波浪與水流之研究，淡江大學學校財團法人淡江大學水資源及環境工程學系。

袁中新，2018，南海地區海洋細氣膠微粒及大氣型態汞指紋特徵及長程傳輸探討，國立中山大學環境工程研究所。

邱志郁，2018，我國偏遠離島土壤養分供應型態和細菌多樣性，中央研究院生物多樣性研究中心。

劉少倫，2017，東沙內環礁鈣化乳節藻及其他優勢底棲藻對珊瑚礁生態彈性影響之研究，東海大學生命科學系。

劉弼仁，2017，東沙環礁內海草床與珊瑚礁的生態連結性，國立東華大學海洋生物研究所。

劉商隱。2017，尖齒檸檬鯊在東沙環礁的係群結構、交配系統與成體領域範圍之研究，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

周文臣，2017，颱風與內波對南海海–氣二氧化碳交換之衝擊 (Ⅱ)，國立臺灣海洋大學海洋環境與生態研究所。

夏復國，2017，東沙環礁及SEATS時序站初級生產力與細菌生產力之研究 Ⅱ，中央研究院環境變遷研究中心。

宮守業，2017，珊瑚礁沙洲島面臨海平面上升的未來命運：以東沙島為例，國立自然科學博物館地質學組。

廖德裕，2017，南中國海線鰻鯰(Plotosus lineatus)之族群遺傳結構與鯰球組成個體之血緣分，國立中山大學海洋科學系。

溫國彰，2017，東沙內環礁藻食性魚類對於海藻及珊瑚競爭的控制及棲地對入添仔稚魚的影響，東海大學生命科學系。

袁中新，2017，東亞地區大氣細懸浮微粒及不同型態汞之沉降通量及長程傳輸探討—南中國海及台灣海峽，國立中山大學環境工程研究所。

陳昭倫，2017，東沙內環礁珊瑚礁群聚空間異質形式與形成機制探討，中央研究院生物多樣性研究中心。

侯昭平，2016，微波遙測南海水氣及雲的特微，國防大學環境資訊及工程學系。

宮守業，2016，東沙環礁潟湖內塊礁之地質鑽探，國立自然科學博物館地質學組。

戴昌鳳，2016，南海的深海八放珊瑚，國立臺灣大學海洋研究所。

林卉婷，2016，溶解態有機氮在珊瑚礁水域的生地化循環，國立臺灣大學海洋研究所。

林博雄，2016，南海海域雲系與降雨的氣候分析，國立臺灣大學大氣科學系暨研究所。

林秀瑾，2016，從台灣鄰近海域文昌魚之資源現況，評估沿岸開發對底棲生物的影響，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

林秀瑾，2016，異營性破囊壺菌的演化及篩選高價化合物上之應用，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

梁興杰，2016，高精度東沙環礁海域流場之模擬，國立臺灣海洋大學海洋環境資訊系。

王玉懷，2016，南海內波在東沙的淺化效應，國立中山大學海洋科學系。

蘇仕峯，2016，東沙島近岸長週期亞重力波之數值研究，淡江大學學校財團法人淡江大學水資源及環境工程學系。

許泰文，2016，東沙環礁波浪衍生水位堆升，近岸流與海洋地形變化之研究，國立臺灣海洋大學海洋工程科技中心。

劉商隱，2015，以單核苷酸多型性基因座估算台灣深海石珊瑚族群間之連通性，國立中山大學海洋生物科技暨資源學系（所）。

周文臣，2015，全球變遷因子對東海及西北太平洋黑潮海域碳酸鹽系統變動之影響:以東沙環礁為例，國立臺灣海洋大學海洋環境與生態研究所。

宮守業，2015，東沙環礁潟湖內塊礁的分布與形態，國立自然科學博物館地質學組。

廖德裕，2015，南中國海花身鯻(Terapon jarbua)之族群遺傳結構與洋流的關係，國立中山大學海洋科學系。

戴昌鳳，2015，南海造礁珊瑚物種多樣性及其親緣地理研究，國立臺灣大學海洋研究所。

鄭明修，2015，南海石珊瑚共棲十足類及深海八放珊瑚之多樣性研究， 中央研究院生物多樣性研究中心。

陳國勤，2015，南海及東沙珊瑚共棲藤壺之多樣性研究，中央研究院生物多樣性研究中心。

陳慶能，2015，微藻生質柴油生產的障礙 - 細胞壁: 大規模破壁方法之建立，國立中山大學海洋科學系。

陳宏遠，2015，以脂肪酸組成探討東沙環礁珊瑚之食物階層動態，國立中山大學海洋科學系。

陳冠宇，2015，以數值模擬與現場觀測探討南海內孤立波與地形的交互作用，國立中山大學海洋科學系。

陳建勳，2015，南海底棲有孔蟲群聚組成與多樣性研究，財團法人國家實驗研究院台灣海洋科技研究中心。

隋中興，2015，南海-海洋大陸區對流與大尺度環流交互作用，國立臺灣大學大氣科學系暨研究所。

黃國芳，2015，探討氣候變遷對台灣地區侵蝕風化作用及海洋酸化之影響，中央研究院地球科學研究所。

宋克義，2014，南中國海各國沿岸星蟲生物多樣性之研究，國立中山大學海洋科學系。

宮守業，2014，風暴沉積對東沙環礁發育的影響，國立自然科學博物館地質學組。

施習德，2014，台灣蟹類誌 (沙蟹總科)，國立中興大學生命科學系（所）。

林綉美，2014，西太平洋海洋紅藻造礁珊瑚藻多樣性及生物地理起源探討，國立臺灣海洋大學海洋生物研究所。

楊穎堅，2014，黑潮在呂宋海峽的變動及其對北南海環流之影響，國立臺灣大學海洋研究所。

王玉懷，2014，東沙冷水的研究，國立中山大學海洋科學系。

陳國勤，2014，南海及東沙珊瑚共棲藤壺之多樣性研究，中央研究院生物多樣性研究中心。

劉弼仁，2013，海水升溫與酸化對熱帶海草床碳匯的影響，國立東華大學海洋生物研究所。

戴昌鳳，2013，台灣淺海軟珊瑚的分子系統分類, 地理分布及群聚生態研究，國立臺灣大學海洋研究所。