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分子钟（Molecular clock），我们如果直观地从名字上去看的话，就是从分子的层面去衡量时间的变化，这也是分子钟的简单解释：通过分子的变化，我们可以推断进化的时间，而这个规划时间的钟，就不是我们普通的时分秒的钟了，它的单位往往是万年起步。从分子钟的发现，我们可能可以更好地理解这个概念。早在1962年，Emile Zuckerkandl和Linus Pauling在研究血红蛋白时发现一个很有意思的现象：不同物种的血红蛋白氨基酸数量不一样…
生信艺术家
关注！关注！ 序列差异我们比对两个序列，发现它们在某些位点存在差异（替换）的时候，可能最先想到的就是一个碱基的直接替换。 seq1: ATAAT seq2: ATTAT A -> T? 或者 T-> A ? 但事实上，它的发生情况可能远比我们想象的要复杂。可能是一次突变，也可能是多次突变；即便两个位点没有差异，也并不意味着没有发生突变：可能是两个序列发生了相同的突变，或者某个序列又突变回去了。比如，下图这些情况。 [图片] Jukes-Cantor Model(JC69…
beast2的安装和使用
承接R，python分析生物以及医学数据项目
1.1 软件的说明 The latest version of BEAST 2 is version 2.5.0:（ BEAST 2 ） 截止目前beast2已经更新到了2.5版本，该软件是基于java编写的软件，所以需要依赖java的安装，但是新的beast版本有两个 版本，一种是本身就将java写进了软件，这一种就不需要额外的再去安装java，使用起来非常的方便；另外一种是没有将java写 进来，就需要自己单独的安装java，例如Linux对应两个版本如下： Download for Linux without java (8MB) /…
Molecular Clock Dating---two
奋斗的青春最美丽！
In the previous one (Molecular Clock Dating---one), we introduced the general background of molecular clock. Calibration information can come from a variety of sources including "known" substitution rates (often secondary calibrations estimated from a previous study), dated tip sequences from serially sampled data (typically time-stamped virus data), or geological data estimates (fossils or biog…
有钱人为所欲为？贝索斯花4200万美元建造“万年钟”
专注于商业综合体信息化建设和AR定制开发。
[图片] 现在有一句网络流行语说：“贫穷限制了我的想象力”，让人不禁想反问：有钱人的想象力就一定丰富吗？不过今天一则关于亚马逊 CEO 杰夫·贝索斯（Jeff Bezos）建设“万年钟”的消息还是让人感叹，虽然想象力不一定比穷人丰富，但富人的世界，穷人确实很难懂。 贝索斯在山中建设“万年钟” 北京时间 2 月 20 日，亚马逊 CEO 杰夫·贝索斯在推特上发布一段视频以及相关推文，显示由其投资的一座巨大的“万年钟”正在得克萨斯州西…
分子钟（molecular clock）的概念诞生于19世纪60年代，发展到现在，它已经成为进化生物学上，一种很重要的评估工具。简单来说，在结合像是化石，地质学特征（比如东非大裂谷大概是在多少万年前形成的）等这类有比较明确的出现时间的信息后，分子钟可以被用来评估进化树上，任意两个物种大概的分化时间。 那进化生物学的前提假设，就是万物都有同一起源，那在这个前提下，分子钟的理论就假说， 任意两个物种，自从分化成两个物种…
分子钟在人类身上非常不准确。分子人类学就爆出很多分子钟的丑闻。比如亚当的诞生年代被一调再调 一开始说是10万年前，后来发现不对，还有更早的现代人类型，分子钟一测，20万年吧！10年前发现一个按分子钟计算33万年前就已经出现的非洲人，于是亚当又被调到33万年前
匿名用户
机械能守恒
Molecular Clock Dating---One
奋斗的青春最美丽！
In this essay, the general background of molecular clock will be introduced. ******************************** Molecular dating analyses allow evolutionary timescales to be estimated from genetic data, offering an unprecedented capacity for investigating the evolutionary past of all species. These methods require us to make assumptions about the relationship between genetic change and evolutionar…
匿名用户
我没记错的话分子钟不是分子生物学而是进化生物学尤其是微观进化生物学的一个重要概念。分子进化速率即使在同一个个体中也可以是不一样的，这是因为染色体上每个位点的变异能力是不同的。这是“分子进化的中性选择说”的前提之一以及观察事实。整体的进化速率通常与物种的世代时间不成比例而是在绝对时间与体重成正相关关系。这些观点还处于讨论阶段。 题主要知道HIV病毒这么难搞定就是因为世代时间短，变异率高造成药物失效。当…