分子钟（molecular clock）的概念诞生于19世纪60年代，发展到现在，它已经成为进化生物学上，一种很重要的评估工具。简单来说，在结合像是化石，地质学特征（比如东非大裂谷大概是在多少万年前形成的）等这类有比较明确的出现时间的信息后，分子钟可以被用来评估进化树上，任意两个物种大概的分化时间。

那进化生物学的前提假设，就是万物都有同一起源，那在这个前提下，分子钟的理论就假说， 任意两个物种，自从分化成两个物种后，它们之间的遗传差异（DNA或者蛋白序列）的进化速度应该与分化的时间时保持相对稳定的 。用白话讲，比如人与猴子分化的时间肯定时短于人与青蛙的分化时间的，因此人与猴子之间的DNA差异肯定就比人与青蛙之间的DNA差异要小。

同理也可以推导，两个物种的遗传差异与它们上一次从共同祖先分离出来的时间，也应该是成正相关比例的（比如每多过100万年，就会多1%的差异） ^[1] 。如此这般后，分子钟假设就成为了一种用来研究物种进化时间的，非常有用的方法。尤其是对于研究那些几乎没有在化石中留下任何生物学痕迹的物种，像是扁形虫或者古病毒等 ^[2] 。

使用分子钟的实例：

2008年发表的一项研究结果就用到了分子钟的方法，研究人员想要了解不同鸟类物种的进化速度和分化时间。最终他们选择了一个编码细胞色素B的鸟类线粒体基因（mitochondrial gene），通过比较这个基因在不同鸟类中的序列差异，来评估鸟类的平均进化速度和分化时间。最后，基于分析结果，他们推断任意两种鸟类之间的平均进化速率，大概在每100万年，增加2%的差异 ^[2] ，这就是在鸟类遗传学领域著名的“2%规则”。

也正是基于这个规则，后来就有研究人员推断，很多现存的夜莺种类，大概是在25万年前的那次冰川时期开始起源的。