关于和硕特部的族源问题，一些人认为，和硕特部的上层统治者应是成吉思汗的弟弟哈布图哈撒尔的后代，而其属下部众，则主要来源于兀良哈三卫中的福余卫。

帕拉斯在他的报告中也说，在卫拉特部中，“只有和硕特王公与成吉思汗有亲属关系，他们将成吉思汗的第二个弟弟哈布图哈萨儿视做本部的祖宗”。

不论真实情况如何，至少和硕特人自己奉哈布图哈撒尔为本部祖先。据《蒙古王公表传》记载，和硕特部“其始祖为元太祖弟哈布图哈萨尔”，

“至博贝密尔咱，称卫拉特汗，子哈尼诺颜洪果尔继之”。

哈尼诺颜洪果尔在万历十五年（1587年）的库博克儿的战役中，被喀尔喀的阿巴岱汗杀死。

哈尼诺颜洪果尔死后，其子拜巴噶斯继任和硕特部的首领。也是在拜巴噶斯时期，和硕特部开始在四卫拉特中占据突出的领导地位。

蒙古史家巴图尔·乌巴什·图们就说，当时“拜巴噶斯汗独自领导外藩四卫拉特”。另一本《四卫拉特史》中记载道：“那时，拜巴噶斯等蒙古人是四卫拉特的领袖。”

不过，拜巴噶斯的领袖地位，可能更接近于联盟的领导者，而非强力统御部下的汗王。

《蒙古政教史》形容其地位时说：“当时卫拉特四部会盟的盟主为和硕特部的拜巴噶斯诺颜。”

在拜巴噶斯时期，拜巴噶斯对卫拉特主要有两方面的贡献。一方面，拜巴噶斯领导卫拉特对抗喀尔喀。

在天启三年（1623年）卫拉特对硕垒乌巴什洪台吉的决战中，和硕特部是出兵最多的一部，当时“和硕特的拜巴斯汗威震天下。他率领着一万六千名人马，他掌握着卫拉特的政教大权”。

除了对抗喀尔喀之外，拜巴噶斯还大力地在卫拉特推广黄教。据两本《四卫拉特史》记载，拜巴噶斯在听闻佛法后，有意出家。

为了挽留拜巴噶斯，众卫拉特王公每家各送一子出家。拜巴噶斯对黄教的大力支持，使黄教在卫拉特内部迅速传播开来，“大恩大德的拜巴噶斯让人们皈依了佛教”。

又根据《咱雅班第达传》可知，此次集体送子出家的事件发生于万历四十四年（1616年），代替拜巴噶斯出家的，正是后来著名的卫拉特高僧咱雅班第达。此次事件对卫拉特而言，不仅仅是促进了黄教的传播，同时也使卫拉特借此机会探索出了一条前往西藏的道路。

在此次事件中，“总共有三十二个诺颜送儿子去当了喇嘛，同时还从庶民中选出了二百个男童做为上述诺颜孩子的侍从”，这些人被送往安多与西藏修习佛法。

为了送他们前去修行，卫拉特王公“派人从阿克苏和巴里坤分两路开辟通往西藏的道路”，自此，从卫拉特“通往西藏的道路被打通了”。

此次探路行为，为后来顾始汗率部南下青藏高原打下了基础。在击败硕垒乌巴什洪台吉后，卫拉特摆脱了喀尔喀的控制，得以独立。

但就在仅仅两年之后，卫拉特就爆发了内乱。

天启五年（1625年），拜巴噶斯的堂兄弟庆台吉去世，拜巴噶斯霸占了庆台吉的所有财产，这引起了拜巴噶斯另一位堂兄弟楚库尔台吉的严重不满。

准噶尔部的哈剌忽喇出面调解了双方的矛盾，“拜巴噶斯把庆台吉的600属民分给了楚库尔，他自己拿400属民”，但“楚库尔台吉还想要剩下的那些属民，拜巴噶斯不肯再给”。调解失败后，双方兵戎相见。楚库尔率军击败拜巴噶斯，准噶尔的哈剌忽喇又带兵前来援救。

不久，这场因争夺属民而爆发的内乱蔓延至整个卫拉特部。杜尔伯特部的达赖太师、土尔扈特部的和鄂尔勒克等人联合起来，“率领大批卡尔梅克人去攻打楚库尔台吉”。

楚库尔闻讯，“逃匿到伊希姆河彼岸，想到秋明上游的托波尔河过冬”。此后，楚库尔与拜巴噶斯的斗争仍未结束。

崇祯元年（1628年）前后，拜巴噶斯向楚库尔发起攻击，却在战斗中被楚库尔杀死。

拜巴噶斯死后，其弟顾始汗继承了和硕特部首领之位，继续与楚库尔相争。崇祯三年（1630年），顾始汗联合杜尔伯特部的达赖太师，在乌拉尔河附近击败了楚库尔，“楚库尔台吉死在战争中”。

至此，这场延续五年的卫拉特内乱终于划上了句号。随着顾始汗接掌和硕特部，和硕特部也即将迎来新的发展阶段。

卫拉特自大蒙古国时期归附成吉思汗后，一直处于蒙古大汗的控制之下。直至北元时期，瓦剌的乌格齐哈什哈弑杀蒙古大汗额勒别克汗，

瓦剌自此与东蒙古分裂，并与其展开了持续近两个世纪的战争。

瓦剌在脱欢父子掌权时期走向鼎盛，一统蒙古诸部，东自辽东，西至哈密，都处于瓦剌的控制之下。

也先的霸权并未维持太久。也先死后，东蒙古重新崛起，与瓦剌展开了新一轮的争战。在东蒙古的压迫下，瓦剌向西迁徙，移动至杭爱山以西地区。

与此同时，瓦剌还向南扩张，在与察合台汗国发生一系列冲突后，瓦剌将其南部边界延伸至哈密、吐鲁番以北一带。

至16世纪后半期，卫拉特受到了来自外部更为严峻的威胁。东蒙古的俺答汗及喀尔喀的阿巴泰汗都曾征伐过卫拉特，

喀尔喀甚至曾在16世纪末、17世纪初控制了卫拉特，向其征索赋税。

卫拉特人经过艰难的斗争，在天启三年（1623年）击败喀尔喀的硕垒乌巴什洪台吉，摆脱了喀尔喀的控制。

也是在同一时期，和硕特部的博贝密尔咱、哈尼诺颜洪果尔与拜巴噶斯先后成为卫拉特部的领袖，率领卫拉特人反抗喀尔喀，并积极传播黄教。

在击败喀尔喀后，和硕特内部爆发内乱，战争将整个四卫拉特卷入其中。

最终，顾始汗率部平定内乱，恢复了四卫拉特的和平。

而随着顾始汗登上历史舞台，和硕特部也将进入新的历史发展阶段，他们将在更加广阔的青藏高原上建立起新的汗国。

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