城镇医疗体制存在的主要问题是：卫生院体系尚未完全构建，卫生发展缺乏中长期规划，医疗卫生资源配置不合理，医疗管理体制不顺，医疗体制改革滞后，医院、保险和药品的政策不衔接，医疗人才资源分配不合理。
建议因地制宜，编制城镇区域医疗卫生体系的中长期规划，进一步加大医疗卫生的资金投入，加速完善城乡一体化的公共卫生体系。重新整合三级医疗机构网络，以城市中心区的三级大型医院为龙头，建立下属分院，组建医院集团，建立责权利一体化的医院网络。加速转变政府医疗卫生行政管理部门的职能，加强宏观调节、强化市场监管、完善社会管理和提供公共服务。进行公立三级大型医院的所有制改造，解决产权虚化运行效率低的问题。综合调整医院、基本医疗保险和药品生产流通体制改革政策，实行医院药品平进平出，合理调整诊费和手术费，实现医政管理部门对所有行政区域内不同体制医院的属地化管理，积极推进医疗保险制度改革，扩大参保人员选择就医范围，开发多品种、分等级的医疗保险。建立覆盖全国的医疗卫生网络，促进医疗卫生事业不断发展。