故事以“镰职人”摩诃与“魔镰”SOUL EATER噬魂，为主线展开，而其馀各主角总共分为三组。分别是暗器职人——BLACK☆STAR、魔暗器——中务椿，和死神之子，DEATH．THE．KID，魔枪——汤普森姐妹。 这所学校是训练培育“职人”和“武器”为目标，“职人”与“武器”须要组成一组行动。最终目标是要收集99个鬼神之卵与1个魔女的灵魂，这样“武器”就能成为死神大人专用的武器“Death Scythe”。