1. 问题描述
假设我们有一组基因表达数据，我们想要使用 WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis）包来构建一个基因共表达网络，以发现基因之间的共表达模式和模块，并找到与我们感兴趣的生物学特征相关的模块。
2. 数据准备
首先，我们需要准备好基因表达数据。假设我们有一个矩阵，其中每行代表一个基因，每列代表一个样本。我们可以将数据保存在一个名为
gene_expression.csv
的文件中。
我们还需要一个
sample_information.csv
文件，其中包含每个样本的一些额外信息，例如样本类型、疾病状态等。
3. 安装和导入WGCNA包
在使用 WGCNA 之前，我们需要先安装它。可以在 Python 环境中使用以下命令来安装 WGCNA 包：
!pip install wgcna
安装完成后，我们需要导入所需的包和模块：
import pandas as pd
import numpy as np
from wgcna import WGCNA
4. 数据加载和预处理
首先，我们需要加载基因表达数据和样本信息数据，并对其进行预处理。
# 加载基因表达数据
gene_expression_data = pd.read_csv('gene_expression.csv', index_col=0)
# 加载样本信息数据
sample_information_data = pd.read_csv('sample_information.csv', index_col=0)
# 进行数据清洗和预处理
# ...
# 将数据转换为 numpy 数组
gene_expression_matrix = gene_expression_data.values
sample_information_matrix = sample_information_data.values
5. 构建共表达网络
接下来，我们可以使用 WGCNA 包来构建基因共表达网络。
# 创建 WGCNA 对象
wgcna = WGCNA()
# 设置共表达网络的参数
wgcna.set_data(gene_expression_matrix)
wgcna.set_sample_info(sample_information_matrix)
wgcna.set_params(network_type='Signed', power=6)
# 构建共表达网络
wgcna.construct_network()
6. 模块识别
构建共表达网络后，我们可以使用 WGCNA 包来识别模块，即将基因分组为具有相似共表达模式的集合。
# 设置模块识别的参数
wgcna.set_module_detection_params(cut_height=0.25, min_module_size=30)
# 进行模块识别
wgcna.detect_modules()
7. 模块与外部性状的关联
在识别出模块后，我们可以使用 WGCNA 包来计算模块与外部性状之间的相关性，并找到与我们感兴趣的生物学特征相关的模块。
# 设置模块与外部性状关联的参数
wgcna.set_module_trait_correlation_params(trait_matrix, use_cor='bicor', cor_p_value_threshold=0.05)
# 计算模块与外部性状的相关性
wgcna.calculate_module_trait_correlation()
8. 结果可视化
最后，我们可以使用 WGCNA 包提供的可视化功能来展示共表达网络、模块和模块与外部性状的关联。
# 可视化共表达网络
wgcna.plot_network()
# 可视化模块与外部性状的关联
wgcna.plot_module_trait_correlation()
9. 总结
本文介绍了如何使用 WGCNA 包解决基因共表达网络分析问题的方案。首先，我们准备好基因表达数据和样本信息数据。然后，我们安装和导入 WGCNA 包，加载和预处理数据，构建共表达网络，识别模块，并计算模块与外部性状的相关性。最后，我们使用 WGCNA 包提供的可视化功能展示结果。通过使用 WGCNA 包，我们可以发现基因之间的共表达模式和模块，并找到与我们感兴趣的生物学特征相关的模块。
spring boot 判断 bean是否存在
一、需求今天在搭建Springboot框架的时候，又遇到一个需求：在多模块系统中，有些模块想自己管理BeanValidation的资源文件（默认是启动项目claspath下的 ValidationMessages.properties）。刚开始还天真地认为springboot会不会帮我们做了，结果并没有，于是就是撸源码了。以下是我的实现和实现原理二、实现@Configuration
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