当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这种图。接下来我将会写一些列教程(可能有视频)，通过教别人学Circos的方式来自学Circos。

建议在Linux环境下配置Circos，之后只要用conda就能配置好分析环境

## circos conda create -c bioconda -n circos circos

测试软件安装结果

# 测试circos
conda activate circos
# 确认安装
circos -V
# 显示如下
# circos | v 0.69-8 | 15 Jun 2019 | Perl 5.026002

可以从 http://circos.ca/software/download/ 下载官方的教程文件，分别是

• circos-course-2017.tgz
• circos-tutorials-current.tgz

Circos依赖于一些列的配置文件，用来定义复杂图形的各个部分，最终加工成图形。

因此，用Circos画图是一个不断增添内容的过程，你要不断根据输出结果来调整输入参数。

并且整个分析中，你还要拥有过关的数据预处理的能力，这是因为Circos不是数据处理工具，它只是展示你已有的数据。

第一步，先新建一个文件夹，用于存放本次分析的所有数据和配置文件

mkdir -p my_first_circos && cd my_first_circos

然后用 vim karyotype.tair10.txt 编辑文本，新增如下内容

chr - chr1 chr1 0 30427617 black
chr - chr2 chr2 0 19698289 black
chr - chr3 chr3 0 23459830 black
chr - chr4 chr4 0 18585056 black
chr - chr5 chr5 0 26975502 black

之后创建一个 circos.conf 文件，用于增加各类配置参数

touch circos.conf

用 vim circos.conf ，增加我们的第一条记录，染色体信息

karyotype = karyotype.tair10.txt

然而要想真正的出图，还需要增加至少以下配置语句才行

<ideogram>
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
radius           = 0.90r
thickness        = 20p
fill             = yes
stroke_color     = dgrey
stroke_thickness = 2p
</ideogram>
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include etc/housekeeping.conf>>

在当前路径下运行 circos -conf circos.conf , 最终效果图如下

虽然图比较丑，但是至少我们成功运行了人生第一次的circos, 这就相当于买了一套毛坯房，后面要做的事情就是不断装修。

比如说，我们至少可以让不同染色体拥有不同的颜色，修改之前的 karyotype.tair10.txt 中的最后一列

chr - chr1 chr1 0 30427617 chr1
chr - chr2 chr2 0 19698289 chr2
chr - chr3 chr3 0 23459830 chr3
chr - chr4 chr4 0 18585056 chr4
chr - chr5 chr5 0 26975502 chr5

在当前路径下运行 circos -conf circos.conf , 最终效果图如下

这就引出了第一个知识点， 配色 。

为了实现配色，需要 circos.conf 文件了有一个和配色有关的语句

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

这里 <<>> 表示通过 相对路径 的方式加载另外一个配置文件，它的实际路径是和 circos 所在目录同级的 etc ,可用下面语句看到 colors_fonts_patterns.conf 的内容

circos_path=$(dirname `which circos`)
less ${circos_path%bin}/etc/colors_fonts_patterns.conf

你会发现，这个文件里还嵌套其他的配置文件。最终通过层层排查，你才知道 etc/colors.ucsc.conf 才是实际定义我们填写的颜色名的文件，而颜色的定义如下：

chr1  = 153,102,0
chr2  = 102,102,0
chr3  = 153,153,30
chr4  = 204,0,0
chr5  = 255,0,0

还有一个问题，为什么这里用的是两个尖括号 << ，而不是一个尖括号 < 呢？这是因为 < 已经被用于分隔不同的语句块，如下语句就表示 etc/image.conf 里的配置信息是用来调整和 image 有关的配置，而不是去调整 ideogram 的配置。

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

以上是快速开始部分，后续将会在此基础上，做出发表级别的图。

> # 颜色配置 > colors <- c ( "#FFE4E1", "#E0FFFF", "#F0FFF0", "#FFF8DC" ) # 各年龄段主色 > bar_colors <- c ( "#CD5C5C", "#4682B4", "#32CD32", "#DAA520" ) # 外环条形颜色 > # 初始化参数 > circos .clear ( ) > circos .par ( + gap.after = c ( rep ( 8, 3 ) , 8 ) , # 增加扇区间隙 + start.degree = 90, + track.margin = c ( 0.01, 0.05 ) > # 主环形 图 初始化 > circos .initialize ( factors = names ( data_list ) , + x = rep ( 1, length ( data_list ) ) , + sector.width = rep ( 1, length ( data_list ) ) ) 错误: Range of the sector ( 0-6月 ) cannot be 0. 当矩形 图 无法满足要求的时候，我们就要掰弯它。 circos 图 是出现在各大期刊上的概率大大提高了，这不仅仅因为它好看，其次 Circos 还能同时展示出不能类型的数据。 一 、 Circos 的安装 1、conda安装 通过conda search circos ，我们可以看到有很多个 circos 版本，因此我们无论安装哪个版本都是可以的。conda软件的安装在前面的文章中已经具体讲解。 [外链 图 片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将 图 片保存下来直接上传 ( img-iGohKlon-1615