检查所需模块:
./circos -modules
ok 1.26 Carp
ok 0.40 Clone
ok 2.63 Config::General
ok 3.40 Cwd
ok 2.145 Data::Dumper
ok 2.55 Digest::MD5
ok 2.84 File::Basename
ok 3.40 File::Spec::Functions
ok 0.2301 File::Temp
不是ok的都是缺少的perl模块,需要手动安装。
安装方法为使用
perl
CPAN
安装这些
perl
模块。命令:
perl -MCPAN -e shell
出现下面提示符,即可继续安装。
CPAN[1]>
以安装Clone模块为例,install命令安装,如下:
CPAN[1]>install Clone
提示安装成功即可安装下一个模块。
如
perl -MCPAN -e shell命令失败,出现如下情况:
Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC
contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5
/usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5
/usr/share/perl5 .).
BEGIN failed--compilation aborted.
则需先安装perl-CPAN,命令如下:
yum install perl-CPAN
注意:
其中GD模块安装前需
安装
GD
作图库,命令为:
yum install gd*
有些模块安装可能会失败,这时候可强制安装:
CPAN[1]>force install Clone
所有模块安装完后在检查一遍:
./circos -modules
全部为ok即可。