当初,俺答迫近京师,从潮河川入关,谏者纷纷请求做好防备。因水流湍急,不能修筑城墙。杨博依照水势修建石墩,安排戍卒守卫,自己返京督守京城九门。当时因为敌寇警报,便分派兵士守卫城垛。杨博告诫:“敌寇来了,必须镇静,怎么能事先自扰!”罢免了县令。不久调任蓟、辽、保定总督负责军务。杨博认为蓟州近临京都,护卫京都地区和皇陵为大,便分遣众将,划地设防。
杨博奏请免除被敌寇占领的地方的租税,于是招募其中的壮丁做义勇,分别隶属各将官。杨博根据边驻守军不习车战,无法阻挡敌骑驰突的状况,奏请建造偏箱一百辆,分左、右卫车,御敌时可互相声援。大同边墙年久失修,罅漏甚多,杨博即组织军民,急速修缮,改善守备设施。为保障紫荆关和明朝历代皇帝陵寝的安全,杨博一面派兵严守银钗、马驿各山岭,一面加强居庸关南山的守备。为了堵绝蒙古人进入山西的通路,又修缮阳神等地的边墙和壕堑。在大同牛心山等地,筑成城堡九座、墩台九十二座,连接大同
左卫
的高山站,直抵大同镇城。同时疏浚了两条各长十八里的大壕、六十四条小壕。耗费五十天时间完工,受到朝廷嘉奖赏赐。