２００２年８月３日，世界台湾同乡会联合会第二十九届年会在日本东京举行，陈水扁透过电视直播方式致词宣称，“台湾是主权独立的国家”，“台湾与大陆，一边一国，要分清楚”，他并鼓吹“公民投票”决定“台湾前途”。

陈水扁“一边一国”论引起了台湾在野党的强烈质疑，亲民党主席宋楚瑜抨击陈水扁的谈话严重违背了“总统”就职典礼时对民众的承诺，是“四不一没有”主张的完全破产。国民党主席连战批陈水扁“是将台湾二千三百万人民，与‘台独’的火药库绑在一起”，两岸关系可能会因此变得紧张。

对于陈水扁的言论，台湾《中国时报》发表评论说，陈水扁已经“变脸”了，他的“一边一国”论，其实就是李登辉“两国论”的另一说法。陈水扁从承诺不介入党务，到兼任民进党主席；从保证在任期内不会推动“两国论”入宪，不会推动改变现状的“统独公投”，到宣示“一边一国”，并要“认真思考‘公投法’的迫切性”，这不仅是陈水扁政治承诺渐进崩盘的讯号，更是两岸互动陷入不确定状态的起点。

８月５日，国台办召开新闻发布会指出，陈水扁的“一边一国”论与李登辉“两国论”如出一辙，充分暴露了他顽固坚持“台独”立场的真面目，是对包括台湾同胞在内的全体中国人民的公然挑衅，也是对国际社会公认的一个中国原则的公然挑衅，必将对两岸关系造成严重的破坏，影响亚太地区的稳定与和平。国台办警告台湾分裂势力悬崖勒马，停止一切分裂活动。