说在最前面： 本来之前打算做整合的剧情视频的，后来一是觉得整理成文章会更清楚、方便查阅；二来是我这段时间身处外地，也没有条件录音，于是决定先整理出文章，本文的剧情内容尽量做到信源明确、有理有据，如有错误也希望大家能指出哟~
安利下杰克刚建不久的 粉丝/直播群：910128508 （救救新人吧！） 。
注：龙背内容与之前做的视频有重合部分，但尼尔部分则补充了不少内容 （之前的视频也有不少错误qwq） ，因为龙背视频最近发的，如果不想看可以直接跳到后面！
目录：
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基本介绍与时间线大纲
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龙背上的骑兵3：灾厄的诞生&初始之花
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龙背上的骑兵1：神明&契约
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尼尔伪装者：复制体觉醒&人类灭绝
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尼尔机械纪元：外星人入侵&机械生命崛起
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总结
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基本介绍与时间线大纲
这个文章还是会围绕《龙背上的骑兵（DoD）》
（后简称龙背）
以及《尼尔（NieR）》的游戏作品展开，按照游戏的发售时间顺序分别有龙背1
（2003年）
、龙背2
（2005年）
、尼尔伪装者/完全形态
（2010年）
、龙背3
（2013年）
以及尼尔机械纪元
（2017年）
。
备注：这些作品中，除了龙背2以外，均由横尾太郎担任总监；尼尔一代当初是作为龙背的外传作品推出的，一代PS3版和Xbox版有所区别，PS3版主人公尼尔是尤娜的哥哥，Xbox版是父亲 （ 不准骨科 ） ，本文以PS3版为准。
如果按照游戏的剧情发展顺序，情况就复杂了，因为这些游戏都存在着多元宇宙的说法，每个游戏都有好几个结局，而各个游戏之间，也是通过部分结局联系起来的。
这里用一张思维导图把游戏作品的联系梳理下：
当然了在这些游戏之间，还有很多的衍生作品（小说、漫画）丰富了世界观，我也会在后面的部分补充上去。
正片开始↓
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龙背上的骑兵3：灾厄的诞生&初始之花
公元586年， 以伊比利亚半岛为中心，世界发生了巨大的地震，并且在一夜之间出现了巨大的城市废墟，原本平凡的世界出现了异种的生物 （包括之后出现的龙、天使等等） 以及魔法，后人将此次震动称作 大灾厄 ，这座城市被称为 教会都市 。
之后世界被巨龙等生物摧残，欧洲的人类统一起来建立了大国 米德加德 ，学者们创立了 毕达哥拉斯学院 ，以研究大灾厄的原因，分析如何让人类生存下去。
公元981年，一位少女出生了，她就是龙背3的主角，母亲在她年幼时就把她卖给了妓院，在那里她因为眼睛的颜色被称作薄红，之后她与境遇类似的妓女紫绀成了朋友，但后来被紫绀与她的男人背叛，从妓院逃走失败的薄红，杀死了妓院的所有人，随后她变成了冷酷的杀人机器，最终，被守卫捉住的薄红等待着死刑，临行刑前，她看见了几位跟她一同被绑住的少女，奄奄一息之时，薄红没有死去，眼前盛开了一朵淡红色花朵，她 以Zero之名重生了 。 （来源于龙背3官方小说） 。
公元995年，米德加德中心魔法机构发生了爆炸，原来Zero通过花朵掌握了咏唱的力量，通过歌声释放毁灭性魔法，从白龙米迦勒那里得知
“龙与花的关系匪浅”
，并且
花最终会毁灭世界
，而
只有龙能够毁灭花朵
（来源于龙背3DLC）
。
得知真相的Zero依然想要去拯救这个世界，于是她尝试自杀，但灭世之花分出了五位分身，分别叫做 One、Two、Three、Four、Five 。
这五位歌姬在世界各处通过自己力量铲除了暴君，维护着人类，使他们得以正常生活，然而他们本身并不知道自己是毁灭世界的关键，也不明白，“姐姐” （花让他们觉得Zero是姐姐） 为什么要杀死自己。
除了Zero遇到了 白龙米迦勒 ，One也遇到了 黑龙加百列 ，并且他们在教会都市的梅露克里斯之门中，发现了旧人类的踪影，传说那里蕴藏着古代科学技术，但实际上这是从未来穿越来的技术，所以凭空出现的教会都市，有着科技高度发展的迹象。 （漫画《歌姬FIVE》）
在龙背3的游戏中，主线故事就是Zero一路杀死五位妹妹的过程。
公元1000年，Zero来到教会都市，与最后一位歌姬One展开了对决，战斗后，由米迦勒重生而来的白龙米海尔与One以及黑龙同归于尽，Zero被 One创造出来的分身 ，用龙牙制成的剑刺死了，这就是龙背3A结局。
ps.被花保护的Zero是不死之身，只有龙的力量可以杀死她，所以这次没法复活。
另外在游戏的B结局中，歌姬们相继死亡，为了保护将死的白龙米海尔，Zero创造了“契约”的概念，灭世之花长到了米海尔的眼睛之上。
更多的结局（与其他游戏没有联系就不放了），可以去杰克之前的视频里看看：
人物介绍
Zero ：有着悲惨的过去，但对世界依然抱有热爱；性观念十分开放，与多位男性有过交合的经历。
五位歌姬 ：歌姬拥有强大的力量，但思想也会被花朵侵蚀，并且歌姬们都性欲强烈，每一位歌姬虽然性格迥异，但都来自于Zero，例如One就带有Zero死前“无法接受这个不公的世界”之心。
使徒 ：游戏正片中，除了One，其他四位歌姬都随身带着一位使徒，他们是在《歌姬five》中，Zero为了阻止花朵绽放，保护他们创造出来的，可以说是使徒暂缓了花朵力量对歌姬们的侵蚀，当使徒离开，歌姬门将加速精神崩溃。
龙与花 ：花朵的力量会对龙产生诱惑，所以龙会不自觉地想要去吃掉歌姬、以及Zero，自古以来龙就是花的天敌，结合龙背1的故事，可以合理猜测：花是神明的造物，而龙是神明的侍从 （合着就是神自娱自乐呗） 。
观测者 ：在龙背3的故事中，有一位名叫雅科尔（Accord）的人造人观测者，她由未来人类派来寻找拯救世界的办法，在漫画《歌姬Five》中也在梅露克里斯之门的终端上出现过，虽然观测者只能观察不可参与历史，但在不断观察的过程中对Zero产生了情感，并在游戏的某个结局干预了世界线。
One的弟弟 ：由One的肋骨创造的分身，他对之后的故事有深远的影响。
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龙背上的骑兵1：神明&契约
在One的弟弟杀死了Zero之后，精神状态也出现了问题，他的外貌与One一模一样，后来暗自觉得自己就是One，内心里还抱有One对这个世界的保护欲。
One的弟弟在教会都市创立了天使教会，以守护没有歌姬的世界，但实际上One弟弟体内的毒素成了红眼瘟疫的源头，被感染红眼病的人都会变成凶暴的怪物。
One的弟弟开始四处斩杀红眼病人，虽然初心是好的，但正是因此，红眼病被传播开来，东部的小国卡里恩也惨遭侵袭。
那是公元1094年，正值卡里恩王子 凯姆 的生日宴会，红眼病肆虐了国家，One的弟弟动用歌姬之力保护人民，但花的诱惑召来了一只黑龙，黑龙杀死了凯姆的双亲。
凯姆和妹妹公主 芙莉叶 得以逃脱，最终芙莉叶成为了保护世界的 第十三代封印女神 。 （以上来源漫画《至死之赤红》）
备注：在歌姬们相继死亡后，公元1012年，天使教会的牧师们创造了“封印系统”，用三座神殿保护世界的正常运行，另外还有一位封印女神作为最后一道封印，封印女神代代相传。
公元1024年，One的弟弟有了两个孩子： 玛娜和赛雷 ，他们将成为龙背1中重要的角色。
重要 ：关于龙背1与龙背3的哪个结局相联系，比较靠谱的说法是： 龙背3B结局→龙背1游戏 （因为引入了契约的概念）， 龙背3A结局→龙背1.3 （龙背3设定集中刊载的小说，没有契约概念，详细的我也没有读）。
龙背1的故事发生在公元1099年，这时候世界已经陷入了大规模的战争当中，由天使教会操控的
帝国军
与人类
联合军
展开了旷日持久的争斗。
帝国军想要毁坏封印，杀死女神，召唤天使，让世界重启，而人类联合军则为了保护世界而战，主人公凯姆，更是为了第十三代封印女神，也是自己的妹妹而拿起武器。
游戏的开头，血战一番后的凯姆遇见了奄奄一息的
红龙
安吉尔斯，两人签订了契约获得了强大的力量，但契约者都会以身体的某个东西作为代价，凯姆失去了发出声音的权力。
为了保护芙莉叶，凯姆的好友、也是芙莉叶曾经的未婚夫—— 尤巴鲁特 ，打算将芙莉叶带到中立的国家，但没想到那里早已经被帝国军占领。
在后面的旅途中，他们遇见了几位同行的契约者，以及 神官长贝尔多雷 ，最终，尤巴鲁特被帝国军俘虏并洗脑，成为了敌人的一员。
并且尤巴鲁特放弃自己引以为傲的歌声，与 黑龙雷格纳 签订了契约，这只龙正是当年杀死凯姆双亲的那条黑龙，之后尤巴鲁特掳走了芙莉叶。
在天使教会的老巢，凯姆找到了帝国军的统帅，也是教会的教主，她是被神明附体的 小女孩玛娜 ，她因为母亲对哥哥赛雷的偏爱，导致心理崩溃，被神明夺取了意志。
最终封印女神芙莉叶死去，世界开始崩坏， A结局 中，尤巴鲁特将芙莉叶带到重生之卵中希望将其复活，他们最终化身成了龙背2的主角诺威 （龙背2不再展开） ，世界则由红龙代替继续进行封印。
这个结局中可以看到，原本对人类感到不屑一顾的红龙，被凯姆感动，对他产生了感情，也正是在这个结局中，红龙告诉了凯姆自己的名字。
在另外一个 E结局 中，赛雷操控石之巨人杀死了被神明附体的玛娜，芙莉叶虽没有死亡，但神明暴怒，召唤了无数的怪婴和巨大的母天使，天空变得血红，几位同行的伙伴都相继死亡，为了与巨大的母天使决一死战，凯姆骑着红龙飞向母天使。
一阵光芒之后，母天使和凯姆以及红龙穿越到了2003年的日本新宿，最终母天使被凯姆打败，但自己被日本自卫队的导弹击中，红龙的尸体挂在了东京塔上。
更多结局见杰克的视频：
人物介绍：
凯姆
(Caim)
：原本是一位自律的王子，在双亲死亡后，心中充满了复仇的怨念，对龙有着深深的厌恶，但之后被红龙的举动打动。
红龙 (Angelus ) ：原名安吉尔斯，龙在外表来说是无性生物，但红龙内心里是雌性，某个结局中会被神明操控，与凯姆展开战斗。
芙莉叶 (Furiae) ：女神的印记出现在不可描述的部位，伴随疼痛，多年来默默承受着，心底里爱上了自己的哥哥凯姆。
尤巴鲁特
(Invert)
：对芙莉叶十分爱慕，后被玛娜洗脑，以歌声为代价与黑龙签订契约。
贝尔多雷
(Veldra)
：神官长，负责守护和巩固封印的力量，以毛发为代价与龙签订了契约。
雷欧纳鲁
(Leonard
)
：同行者一，以视觉为代价与小妖精签订契约，喜欢小孩。
亚莉奥修 (Ariosh) ：同行者二，以子宫为代价与冰火精灵签订契约，残食小孩。
赛雷 (Seere) ：同行者三，One弟弟的后代，玛娜的哥哥，以时间为代价，与石之巨人格雷姆签订契约，所以赛雷不会长大。
玛娜 (Mana) ：One弟弟的后代，赛雷的妹妹，时常被母亲虐待，因此憎恨赛雷，后被神明附体。
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尼尔伪装者：复制体觉醒&人类灭绝
2003年凯姆和母体、也就是母天使的战斗被人类称作“612”事件，那一年，由于母体从异世界带来的毒素，一种 “白盐病” 从新宿传染开来。
这时候即使是夏天，天空中也会漂浮着像雪花一样的物质，其实就是来自异世界的毒素。
2009年，美军在日本投下核弹，企图用爆炸消灭病毒。
2010年2月，中国出现了新的病例，这也是日本以外的首例，同年3月，世界各地都被证实出现了病毒。
备注：被病毒感染的人会变得凶暴最终变成怪物，他们被称作 “军团”（Legion） ，也有领导这些怪物的头领被称作 “红眼”（RedEye） 。
2014年，
格式塔计划开始实施
。
人类通过研究红龙尸体以及异世界的魔素，证实了多重宇宙的存在，以及通过魔素可以生成“魔法”，一方面，魔素是白盐病的源头，另一方面，人类掌握了以魔素为基础的新科技，这导致了格式塔计划的实施变为可能，也就是将人类灵魂格式塔化的技术。
并且人类能够通过时空穿越，将人造人观测者送到过去，以研究拯救世界的途径。
格式塔化即是将人类的灵魂单独抽离出肉体，这种灵魂被称作
格式塔（Gestalt）
，格式塔过一段时间，灵魂会陷入崩坏状态，直至死去。
2015年，证实了格式塔可以再次回到肉体，人类开始思考
“如何回归肉体”
的方案。
2018年，国立兵器研究所成立，他们将魔素植入人体进行改造实验，期望制作出强大的人造兵器，
“白雪姬计划”
即是他们作为，其中的No.6、No.7实验体便成了之后的
埃米尔（Emil）
。
2028年，
复制体（Replicant）
被创造出来，它是由人类制造出来的、不会腐烂的躯体，在格式塔回归之前没有生育能力并且没有自我意识，但如果格式塔濒临崩坏，对应的复制体身上会出现黑色的文字。
为了让灵魂回归得以实现，人类创造了 “封印之书”——黑之书与白之书 ，只要二者融合，就能使得所有的灵魂强制回归复制体。
2053年，推进计划的“世界净化机关”，开始发放黑之书的复制品给一般民众，其目的是为了寻找“原型格式塔”，触碰黑之书的人会被强制格式塔化，而灵魂不会崩坏的人便是“原型格式塔”，这种格式塔可以
给其他灵魂提供保持稳定的魔素
。
没错，主人公人类 尼尔（nier） 便是这样的人，而同样触碰了黑之书的妹妹却开始崩坏，为了让尼尔提供魔素，机关答应将妹妹尤娜的身体保存1000年，防止她的崩坏。
也正是因此，后来人类尼尔的灵魂被复制体们称作 “魔王” ，因为其他格式塔的魔素都需要人类尼尔来提供。
除此之外，人类还创造了众多的 双子人造人 ，以监督复制体去讨伐军团怪物、回收魔素，她们的名字都叫做 迪沃拉 (Devola) 和波波拉 (Popola) 。
2764年，复制体的自我意识逐渐苏醒，不同地区的复制体形成了不同的文化，根据不同的地质环境，产生了不同的文明形态。
3288年，格式塔化的人类逐渐苏醒，但是他们被部分觉醒了意识的复制体视为“魔物”，语言不相通使得隔阂更加严重，事态渐渐演变成了格式塔灵魂与复制体之间的对立。
3300年，人类尼尔发现自己被机关骗了，妹妹并没有得到拯救，这导致众多的格式塔灵魂崩坏，迪沃拉和波波拉发现后决定提前实施
“黑之书计划”
。
备注：黑之书计划即是人造人暂时维护复制体所创造出来的生态文明，另一边让格式塔灵魂们再次陷入沉睡状态。
尼尔一代中的游戏主角，便是此时的 复制体尼尔 ，他们生活在由迪沃拉和波波拉掌管的村庄之中，对于这个世界的真相丝毫不知情。
并且由于尤娜灵魂的崩坏，复制体尤娜身上出现了黑色的文字，为了治好妹妹的“黑文病”，复制体尼尔展开了冒险。
故事的开头，患病的尤娜从书中看到了名为“月之泪”的花朵，传说有了月之泪就会获得财富，也就有钱治病了，于是尤娜独自出门寻找月之泪。
发现妹妹不见了的尼尔跟随着图书馆管理员波波拉的指引，前往石之神殿寻找尤娜，在那里他唤醒了沉睡的白之书，但白之书的部分记忆遗失了，反而成了尼尔的伙伴。
当“黑之书”给世界带来灾害的同时，“白之书”将会出现；以“被封印的语言”击败黑之书，消除灾厄——《古老之歌》
迪沃拉经常在村子中唱着《古老之歌》，引导着尼尔和白之书去寻找“被封印的语言”，其实这是为黑白之书融合，令格式塔灵魂回到复制体，做前期的准备。
但对我们的主人公、复制体尼尔来说，只是想去拯救妹妹顺便拯救世界罢了。
这一路上，尼尔和白之书关系越来越好，并且遇见了另外两个伙伴： 凯妮 (Kaine) 以及埃米尔 。
凯妮是一位衣着暴露的中性人，体内寄宿着一个魔物；埃米尔是个小男孩，眼睛上缠着绷带，因为他所看到的东西都会被石化。
某一天，魔物大军袭击了村子，魔王（人类尼尔的灵魂）和黑之书出现了，黑之书想要与白之书强行融合，但是白之书为了保护复制体尼尔和其他伙伴，拒绝了。
最后魔王带走了复制体尤娜，人类尼尔希望妹妹的灵魂能跟复制体融合，而凯妮则为了困住魔物，让埃米尔连同自己和图书馆的大门一起，被石化了。
时间来到5年之后，埃米尔得知自己所在的洋馆地下室有着解除石化的方法，或许就能拯救凯妮了，于是尼尔和埃米尔一同探索地下室，越往深处走，埃米尔的记忆就恢复得越多。
原来埃米尔和姐姐哈鲁阿都是当年“国立兵器研究所”的实验体，
哈鲁阿是6号，埃米尔是7号
，当初6号实验体变成了可怖的怪物，并且暴走了，研究所通过7号的石化能力冻结了6号，而此时，6号正被困在洋馆的地下，最终埃米尔与姐姐哈鲁阿的身体融为一体，埃米尔终于能控制石化的力量了。
凯妮如愿得救，尼尔送了她一朵她最爱的花朵：月之泪，凯妮把花戴在了头上，虽然埃米尔对于可怖的外表赶到羞愧，但伙伴们表示“埃米尔就是埃米尔”。
之后三人受到波波拉的提示，在各处收集碎片以获得进入魔王城的钥匙，这里包含了多处任务，比如机械山、神话之森、假面之街等，详细的暂且不展开，有兴趣可以去杰克的视频看看呀：
最终，尼尔一行人来到了魔王、也就是人类尼尔的所在，为了让伙伴们继续前进，埃米尔拖住了阻拦他们的迪沃拉和波波拉，之后埃米尔被魔法炸得只剩下一颗头。
在人类尼尔的房间，复制体尼尔终于见到了自己的妹妹尤娜，原来自五年前复制体尤娜被带走后，她就跟人类灵魂尤娜融合在一起了。
当尤娜看到两位哥哥打得不可开交时，尤娜叫了声“哥哥”，缓缓走向灵魂尼尔，没有理会复制体尼尔，灵魂尤娜感受到了体内另一个尤娜的存在，她也在拼命地“想要见哥哥”，于是尤娜走到了阳光之下，灵魂尤娜就此消散，看来虽然过了五年，但格式塔灵魂和复制体并没有融合得很好。
尤娜死后，魔王尼尔发狂了，白之书使用过度后，用最后的力量控制住了魔王尼尔。
之后就是结局，这代的结局大概是这么个路线：
A结局中，复制体尼尔击败了魔王尼尔，尤娜没有醒来，白之书提醒尼尔要呼唤与妹妹之间的羁绊。
之后在白色的光芒中，尼尔回忆了与尤娜过往的点点滴滴，值得一提的是，回忆中甚至还有人类尼尔与人类尤娜在新宿的片段。
B结局中，埃米尔的头被炸到了沙漠中，他并不知道魔王城那边的情况，他暗自庆幸姐姐哈鲁阿的身体很结实，埃米尔打算收拾好身体再去寻找凯妮和尼尔。
C结局围绕着凯妮的生死展开，她已经与体内的魔物迪兰不能共存，迪兰告诉尼尔，想要拯救凯妮，有两个办法，一个是杀死凯妮，帮助她从痛苦中解放，另一个是消除自己的存在，帮助凯妮变回正常的人类。
这里尼尔选择了杀死凯妮，迪兰传达了凯妮最后的话语“谢谢”，随后一朵月之泪掉在了地上（应该是尼尔送她的那朵）。
D结局中，尼尔抹除了自己的存在（删存档），凯妮和尤娜都醒了过来，凯妮有一瞬间想起了尼尔的脸，但最后还是没有记起来，但看到月之泪，凯妮莫名地掉泪了。
最后他们一起望向天空，凯妮说 “好像有谁……给了我很重要的东西。”
E结局并不在游戏正传当中，而是来自设定集中的小说《失落的世界》，这个结局中，凯妮来到了神话之森，发现这个森林已经面目全非，这里并不都是植物，有众多的缆线缠绕在树上。
在这里她遇到了一个自称管理员的少年，他说他的功能类似于白之书，掌握着程序的运行，这片神话之森，可能就是负责凯妮所在区域的服务器。
之后在与少年召唤出来的假凯妮战斗时，埃米尔也前来帮忙。
最终，凯妮遇见了一个变回少年模样的尼尔（目测只是新的复制体）。
结局到这里就完了，
不管是哪个结局，让格式塔稳定的魔素提供者魔王尼尔已经死去，格式塔灵魂都将面临崩坏的结果，格式塔计划还是会以失败告终。
另一方面，复制体没有生育能力，相应的格式塔崩坏就会得黑文病，最终也会全数灭亡。
人物介绍：
凯妮
：因为是双性人的关系，从小就受到了歧视，父母双亡后，村中的老婆婆将其带大，他们住在村子外的一个帐篷里，婆婆时常会送凯妮月之泪，所以凯妮最喜欢的花就是它。
之后，婆婆被魔物杀死，凯妮被迪兰附身，凯妮说话时常口吐芬芳，游戏中会进行自我和谐成乱码。
其他角色还包括克蕾欧和机器人P33、机械山的兄弟、假面之街的国王等等，之前的视频里也都说过，不赘述了。
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尼尔机械纪元：外星人入侵&机械生命崛起
3465年，作为原型格式塔的魔王尼尔死亡。
3473年，旧东京的服务器停滞（前文提到的《失落的世界》）。
4198年，最后的人类格式塔死亡，人造人将一部分的人类基因保存在了月球服务器上。
5012年7月，世界各地飞来了不明飞行物，外星人正式入侵地球，并且创造了机械生命体以进攻人造人把守的地球。
5204年，人造人从卫星轨道实施地球降下作战，正式与外星人展开了长达6000年的拉锯战争，埃米尔在此期间创造了众多分身抵御外星人的进攻，但他的记忆也随之消散。
注：年表中提到，战争中还投入了人类方的新武器“龙（Dragon）”。
11306年，机械生命体不断进化后，形成了自我意识，将外星人悉数消灭。
11940年，这时候的人造人一方士气低落，为了振奋军心， 尤尔哈计划（寄叶计划） 应运而生。
计划掩盖了人类灭绝的事实，在太空设立了地堡，组建了尤尔哈部队，而双子人造人迪沃拉和波波拉们都陷入了深深的自责当中，她们觉得人类的灭绝和当下的惨状，是因为自己没有监控好格式塔计划的缘故。
11942年，
9S
型号的骇入型人造人投入作战。
之后，就是尼尔机械纪元的游戏正片内容了，故事发生在11945年，此时地球上已经出现了超巨型的机械生命体： 恩格斯 。
隶属尤尔哈部队的战斗型人造人 2B ，在第243次降下作战中，遇见了9S，之后二人自爆毁灭了工厂的恩格斯。
只要地堡不被消灭，人造人是可以无限次重生的，但这次9S只来得及备份了2B的记忆。
后来9S和2B被司令官委派前往地面进行任务，两人与驻扎在地面的抵抗军会合，前往沙漠调查，发现了可疑的机械生命体，也就是拥有人形态的 亚当与夏娃 。
在去游乐场的调查后，9S和2B遇见了拥有高度智慧的机械生命体帕斯卡，并且她的村庄在森林深处，众多机械生命和平的生活着，甚至与抵抗军营的安妮莫宁还有所来往。
在森林王国的调查中，9S和2B发现这里的国民都在侍奉一个机械国王，他们将锈迹斑斑的老国王转移到了婴儿机械体内，期盼着他一天天长大 （然而是不可能的） 。
在这里9S和2B遇见了叛逃的前尤尔哈部队成员： A2 。
之后在废墟都市出现了超大型的机械生命体，自爆后导致了地表塌陷，因此2B和9S发现了外星人的遗骸，得知了外星人全灭的信息。
紧接着在水没都市的紧急任务中，9S为了击败机械生命体，独自一人展开了行动，之后被夏娃抓住。
在此期间，9S与亚当展开了关于自身存在的辩驳。
2B追寻着线索，在亚当模仿人类创造的纯白城镇，拯救了9S，在这之后，9S被送回地堡进行维修，而2B独自继续进行着任务。
一方面，9S在地堡的服务器发现了人类已经灭亡的信息，司令官也证实了尤尔哈计划的骗局。
随后在机械工厂的任务中，9S帮助2B逃离，并且从天而降，一起击败了夏娃。
见亚当和夏娃都已被杀死，司令官命令人造人部队大举进攻，企图夺回地球，但就在任务进行到一半的时候，人造人的眼睛变成了红色，原来他们早就被不知名的病毒入侵，变成了叛军。
2B和9S再次用黑盒爆炸，回到了地堡，没想到地堡也早已沦陷，最终2B和9S逃离了地堡，但地堡已经被炸毁，这就意味着他们没有办法再复活了。
察觉到身体异样的2B，为了保护9S独自离开了，临死前，她遇见了A2，在2B的要求下，A2用刀刃了解了2B的性命。
不料这一幕被9S看在了眼里，他以为A2是个杀人凶手。
此时是11945年的6月，白色的巨塔从地面升起，从塔里发射出了三个回收单位，想要进入白塔的内部，需要解锁这三个回收单位。
此时9S已经被复仇扰乱了内心，在迪沃拉和波波拉的帮助下，杀入了白塔内部，在那里他遇见了真正的反派，机械生命的思想聚合体：
红衣少女N2
，她其实在游戏的二周目开始，就时不时闪现，病毒的入侵也正是出自于她之手。
跟着9S进入塔内的A2，在图书馆发现了E型号人造人的秘密，A2就是这个型号的原型机，而2B实际上就是E型号的人造人，存在的目的就是杀死9S这类可能会发现尤尔哈计划骗局的高智商人造人。
最终，9S和A2在塔内对峙，游戏根据玩家的选择会出现不同的结局。
选择A2进行战斗，将迎来C结局，A2牺牲了自己保护了9S。
我从未意识到，世界是如此美丽……——A2
选择9S进行战斗，将会迎来D结局，这个结局里9S和A2同归于尽。
原来你在那里啊……2B。——9S
打完CD结局，就可以开启E结局，原本按照尤尔哈计划的设定，此时的辅助机应该删除所有的数据，然而2B和9S的辅助机也产生了情感，抱着自我牺牲的信念，开始了拯救数据的行动。
此时玩家需要操控辅助机打败制作人名单，期间你将接受其他玩家的帮助，当然你也可以选择牺牲存档，帮助其他玩家挡一颗子弹。
“我来代替你牺牲吧！”
“我和你走过了相同的旅程，不要放弃啊！”
“你不是独自一人，一起来改写结局吧！”
最终，辅助机恢复了主角三人的记忆资料，通过回收零部件，重塑了三人的机体，等待着他们醒来的那一刻。
尼尔机械纪元游戏部分的故事就到这里结束了。
这里另外补充一下在朗读剧《人形的记忆》中的一些信息：
1、有关人造人的创造者，他的名字叫 杰尼尔 ，最初发行骇入型人造人时，就遭到了人造人的反向骇入，被摸清了计划、以及人造人构造的杰尼尔被骇入型杀死，之后产生了“尤尔哈计划”，看来骇入型的人格崩溃也是老传统了。
2、朗读剧还讲述了E结局后，2B被辅助机修复醒来，然后努力恢复9S的经过，总之是个Happy Ending，想看细节的朋友可以看这里：
人物介绍：
除了主角团三人，其实机械纪元中还是有蛮多NPC的，帕斯卡、机械歌姬等等，以及一些以哲学家命名的Boss，这里详细说说A2和反派N2的故事。
N2 ：机械生命体思想的高级聚合体，在设定集中有一篇《卫星轨道基地观察日记》的小说，描写了N2一直在观察人造人的生活，也就是说，N2实际上早就入侵了地堡内部。
在游戏档案中有一篇“机械生物研究报告书”，作者是怪卡丝，她是2B和9S刚到地球前往沙漠路上，为他们炸开道路的NPC。
报告书中讲述了机械生命的行动原则是“打倒敌人”，之后过度成长消灭了创造自己的外星人，但是为了维持自己存在的意义，就需要“敌人”的存在，也就是人造人的存在，所以他们特意留一手不让人造人被完全消灭。
就在“打倒”与“留一手”之间不断矛盾的时候，机械生命故意让网络发生损坏，使得部分机械生命自由发展，成为了像帕斯卡、森林王一样具有意识的个体，但对于机械生命来说，这样的个体才是不正常的存在。
这种矛盾在N2与A2最终的战斗里也有体现，N2本身就存在着和平和战争的矛盾。
并且在报告书中提到，机械生命吸取了大量人类服务器的资料，这里做个小推测，大概就是尼尔里的旧东京服务器。
另外N2是吸收了前作某个角色而形成的，并且是核心角色，这算是一个大坑，大家可以猜猜是谁。
不过这里有个参考，是在攻略设定集中，N2的注解上，提到了龙背1里的玛娜：
A2 ：在游戏中，当玩家操控A2反复与安妮莫宁对话，就会解锁终端机上的短篇小说，这个小说是安妮莫宁写的日记，间接记录了一些有关A2的过去。
原来在过去安妮莫宁和A2是队友，并且在11941年的“珍珠湾降下作战”中，他们就已经见过了红衣小女孩，也就是N2，在这次作战中，队友牺牲自己拯救了A2。
在C结局中，A2临死前说的“大家……我现在就去”，其实就是对昔日牺牲的队友所说的。
另外，在朗读剧《互相残杀的野兽》中，讲述了A2被遗弃、到独自生活、击杀机械生命的故事，并且陈述了一个事实，A2已经多次杀死2B和9S型号的人造人，直到游戏中那次在森林王国遇见的2B和9S，二人让A2想起了昔日的队友，于是A2选择了逃走。
顺便一提，A2的名字来源于“Et tu, Brute?”， 这句话是拉丁文， 中文 一般译作“还有你吗， 布鲁图 ？”或者“吾儿，亦有汝焉？”。
这句话被广泛用于西方文学作品中，代表背叛最亲近的人 ——来自维基百科。
埃米尔 ：在游戏中埃米尔因为在对抗外星人时，增殖分身过多，失去了之前的记忆，主人公通过寻找月之泪帮助埃米尔恢复了记忆。
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总结
终于写完了，文中的具体年份都来自于官方年表，其实整体看来，每一代游戏作品都发生在宏伟的几万年历史中的一两年，每一个角色也都是时代下的一粒微尘，但对整个故事的发展都有着或大或小的影响。
或许正是这种既渺小又伟大的错愕和落差，造就了龙背和尼尔特殊的浪漫吧。
今年是尼尔系列十周年的纪念日，官方公布了尼尔一代的重制计划（暂且算是重制吧），还有一个新作手游《NieR Re「in」carnation》。
作为一个前游戏编辑，我并不反感任何游戏平台，所以还蛮期待手游它会讲个什么新故事的。
总之，我是杰克威胁，感谢你的阅读！
最后还要安利下 粉丝/直播群：910128508 。 （最近一直在准备直播的事情，比我想的要复杂呀qwq！）
人類に栄光あれ！