关于 日本语系 与其它 语言 和 语系 的关系到目前为止由学者们提出过许多理论:

• 日本語系 ：日本語系這個概念最早由 美國 的日本學者 萊昂·塞拉芬 提出 [2] ，後來這一概念受到國際語言學者的普遍接受，根據 日琉同祖論 ，日本語系的所有語言的 祖語 都是原始日本語(Proto-Japonic)，在 繩文時代 就已經在 日本列島 流行 [3] 。其 分子人類學 依据为 日本人 的34.7% 單倍群D ，其為 繩文人 和 安達曼人 、 阿伊努人 、 西藏地方 的 藏族 的主要父系基因。 [4]

• 孤立語言 ：有些日本學者認為 日語 和 琉球語 都是日語的 方言 ，称之为本土方言和琉球方言，但大部分语言学家认为 日语 和 琉球语 是两个属于同 语系 但有很大区别的语言，各有各的方言。 服部四郎 認為，日本語和琉球語分化的時間為 大和時代 [5] 。

• 澳台语系 ： 南岛语 与日语也有类似点： 元音 （母音）有5个，即あ（a）、い（i）、う（u）、え（e）、お（o），不使用 双重元音 ； 单词 以元音结束； 浊音 不同于单词之首等。这表明，使用“南岛语”的 东南亚 的一些民族，有可能对 日本民族 的构成曾发生影响。但因为没有同源 词汇 ，一般并不认为日本语系属于南岛语系的分支，而只是可能受到了一些影响，如同 汉藏语系 对东南亚南岛语系的影响（声调，语法等）。 鳥越憲三郎 認為 彌生人 與 傣族 或 哈尼族 有同源關係，曾試圖在中國 雲南省 尋找 彌生文化 的起源，語言上的證據則需等待古 傣語 等語言重建後方能進行進一步比對。

• 扶餘語系 ： 克里斯托弗·貝克威思 提出了 扶餘語系 的假說，認為 高句麗語 、 百濟語 、 新羅語 、 古日語 等古代語言可能同源。其 分子人類學 依据为 日本人 的31.7% O1b（旧O2b） ，其為 朝鮮族 的主要父系基因，也可能來源於 中國 的 長江流域 居民。 [4]

• 漢藏語系 ： 西田龍雄 認為日語屬於 漢藏語系 。其 分子人類學 依据为 日本人 的20.1% O2a（旧O3） ，其為 漢族 、 西康省 和 青海省 的 藏族 的主要父系基因。 [4]

• 阿爾泰語系 ：持阿爾泰 超語系 假說的人認為日語屬與 阿爾泰語系 ，但該語系已經普遍被主流學者否定。

• 達羅毗荼語系 ： 大野晋 認為日本語屬於 達羅毗荼語系 。

1. Hammarström, Harald; Forkel, Robert; Haspelmath, Martin; Bank, Sebastian (编). . . Jena: Max Planck Institute for the Science of Human History. 2016.
2. Shimabukuro, Moriyo. (2007). The Accentual History of the Japanese and Ryukyuan Languages: a Reconstruction, p. 1.
3. Miyake, Marc Hideo. (2008). Old Japanese: a Phonetic Reconstruction. p.的 66. ，第66頁，於 Google圖書
4. Hammer, Michael F. (PDF) . The Japan Society of Human Genetics and Springer-Verlag ( Springer Science+Business Media via Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology ). 2005, 51 (1): 47–58 [ 2007-01-19 ] . PMID 16328082 . doi:10.1007/s10038-005-0322-0 .
5. Heinrich, Patrick. "What leaves a mark should no longer stain: Progressive erasure and reversing language shift activities in the Ryukyu Islands," First International Small Island Cultures Conference at Kagoshima University , Centre for the Pacific Islands, February 7–10, 2005; citing Shiro Hattori . (1954) Gengo nendaigaku sunawachi goi tokeigaku no hoho ni tsuite ("Concerning the Method of Glottochronology and Lexicostatistics"), Gengo kenkyu ( Journal of the Linguistic Society of Japan ), Vols. 26/27.