东汉和帝年间，定远侯之子班勇被敦煌太守张郎诬陷入狱，一直协助班勇开拓西域的飞驼商队首领刀爷得到密报，班勇入狱的真正原因是商队曾想拥立班勇西域自立为王一事被泄露。此时商队的飞彪旗从中原返回西域，在哭泉突遇神秘教派咒奴的伏击，一行人连马匹、骆驼、兵器、货品在沙漠中消失得无影无踪，惟有旗主迟彪一人幸免，在半梦半醒间见到了咒奴的护法天琴娘子，天琴告诉他刀爷并非真正的英雄豪杰，而是背信弃义之人，曾杀害迟彪的父亲献给匈奴。朝廷权臣谢司寇到狱中探望班勇，询问传说中拥有神奇法力的孔雀刀所在，班勇却说自己并不知道刀的下落。醒来后的迟彪找到刀爷报仇，被刀爷制伏。刀爷怀疑出了内奸，下令十二旗主速至葡萄城集合，自己却独自离去，无人知其行踪。刀爷易装来到洛阳，欲找一厉害杀手，他找上了燕逍遥。

燕逍遥回到葡萄城，见百花骑着他前日丢失的马招摇过市，为搞清她的意图，燕与她到金爵酒坊饮酒，巧遇南天星。百花指明南天星是为了帮助飞驼商队而来，并警告南和燕不要插手此事。南天星对她的警告置若罔闻，百花跳起袭击南天星，掳走了南的侍女玛瑙，策马奔向城外的沙漠。南天星请燕逍遥协助救回玛瑙，燕遂慨然允诺，孤身向沙漠方向追去。在沙漠中燕逍遥与众咒奴激战，混乱中腿上中了一支毒镖，发镖者是赶来的天琴。燕逍遥认出天琴正是三年前与他相恋却无故失踪的女子，心中痛苦，但仍坚持要带走玛瑙。天琴放了玛瑙，带众人离去。百花责怪天琴没有杀掉燕，天琴告诉她燕已中了毒，根本走不出沙漠。燕逍遥与玛瑙迷失在沙漠中，燕毒发昏到，又一次被刀爷所救。刀爷告诉他，天琴下的毒并非致命毒药，并提醒他飞驼商队第二旗和第三旗的旗主白玉虎和柳银龙就要到了。谢司寇也赶到了葡萄城，进驻官衙，并张贴榜文缉拿钦犯燕逍遥。

燕逍遥回忆与天琴的旧事，一个人喝闷酒，对劝解他的玛瑙冷言冷语。百花假冒天琴名义约燕逍遥前往百花坞，燕赶去赴约，发现上当，与百花交手后离开。百花却从此对燕生出了爱慕之心。蓝雕独自来到沙鸡客栈，道出沙鸡的身世秘密，胁迫沙鸡给燕逍遥下毒。沙鸡在燕的酒中下了毒，玛瑙打昏沙鸡，蓝雕现身制住玛瑙，逼问中毒的燕逍遥柳银龙的下落之时，忽被沙鸡从背后偷袭擒住。燕告诉蓝雕，三人实际是合演了一出戏骗蓝雕上当，并劝蓝雕合作。谈话间燕忽然腹痛倒地，原来沙鸡的确给燕逍遥下了毒，沙鸡其实早已加入咒奴，这次是奉天琴之命以计中计同时制伏了燕和蓝两大高手。天琴出现，将燕逍遥和蓝雕玛瑙带走。临出发前，蓝雕借口与燕逍遥告别，打了燕一个耳光，趁机将解药给他。

叶龟娘与蒋虬已经相爱多年。蒋虬找到叶长谈，叶向蒋虬坦白了自己是咒奴的真相，蒋十分痛心。邱麟在教中煽动众人处置蒋虬，遭到了叶的反对。叶龟娘找到南天星要求他放过蒋虬，原来南天星是她的义父。南天星假意让她劝蒋虬离开商队，却暗中指示邱麟除掉叶蒋二人。邱麟带人包围叶龟娘住处，欲杀掉叶蒋二人。叶龟娘挡住众人，掩护蒋虬逃走，自己却被乱箭射死。谢司寇以邱麟杀害叶龟娘为由收押了邱麟，想从他嘴中套出南天星就是东天王的证据。南天星命随从安顺重金贿赂邱麟的看守，见到邱麟后却将其灭口。皇上又派了御前侍卫追查班勇一案的调查结果，谢司寇承诺两日之内揭开南天星的真面目。南天星也派侍女翡翠到御前侍卫处状告谢司寇污蔑南天星，并意欲侵占南的财产。

安顺也找到燕逍遥，命他次日动手为南天星杀人，燕逍遥要求先见玛瑙一面。次日，天琴携玛瑙坐在马车中经过菜市街角，让等在那里的燕逍遥见了玛瑙一面。马车继续前行。天琴告诉玛瑙，见过燕逍遥后她便会被处死。马车来到谢司寇府中，谢以为是百花如约带来了玛瑙，没想到车上下来的却是翡翠。翡翠将玛瑙的玉佩扔给谢，冲上去刺杀谢司寇，被谢的手下杀死。御前侍卫认定谢司寇杀翡翠是为了杀人灭口，要带谢去见皇上，谢仓皇逃走。百花告诉燕逍遥，南天星要他杀的人就是谢司寇，且玛瑙已死在了谢司寇的手中。燕逍遥见谢司寇身上有玛瑙的玉佩，认定他是杀害玛瑙的凶手，举刀杀掉了谢司寇。玛瑙将被处决，天琴忽然出手救走她，百花带人追赶。在拉依客栈找到了两人。安顺告诉燕逍遥玛瑙还活着，将他引到城外，却在城外设下埋伏。燕逍遥杀掉安顺冲出埋伏，来到南天星府中找他算帐，没见到南天星，却遇上了同时赶来这里的刀爷。

南天星托人捎话，让刀爷交出孔雀刀。为平息混乱局面，刀爷只得答应。燕逍遥陪刀爷去取孔雀刀，原来孔雀刀只是一把生锈的废刀。孔雀刀刚一拿出，忽有大批匈奴人冲入，匈奴奸细赵虔也对刀爷暗施袭击，受伤的刀爷将赵虔劈死，燕逍遥也将匈奴人打倒。刀爷答应燕逍遥，决不会将刀交给恶人，让燕先去救天琴和玛瑙。燕赶到密室，从百花手中救出两人，又匆匆赶去找刀爷和南天星。穷途末路的百花拒绝了天琴和玛瑙的劝告，纵身跳下悬崖。刀爷带孔雀刀见了南天星，却告诉他自己绝不会将刀交给他这样的恶人。两人一番恶战，受伤的刀爷渐落下风，幸亏燕逍遥及时赶到，用生锈的孔雀刀杀死了南天星。一切终于结束，刀爷将孔雀刀交给了天琴，并命蒋虬护送她回天竺。咒奴与商队恢复了和平。燕逍遥目送天琴远去后，与玛瑙并肩离开了这片沙漠。