在北极星集群运行alphafold2.2：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行：A、单体四卡GPU：alphafold2.2-g4c your.fasta 双卡GPU：alphafold2.2-g2c your.fasta B：多聚体四卡GP

2023-05-02 admin 第一个结构-蛋白质和小肽1TCE：一、json结构的准备1、从pdb获取fasta结构2、从实验（测序）获取fasta文件3、从ncbi获取fasta文件4、生成json文件将上述获取的fasta文件，复制到下面文件序列部分(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat 1tce.json{ "name": "1tce", &

2024-11-25 admin 使用系统的R，在rstuio里可以安装自己的R包1、创建桌面快捷命令的文件夹[chen@login25 ~] mkdir -p ~/my.desktop2、建立shell命令文件，参考 第部分二vi ~/my.desktop/rstudio-r4.2.3.desktopsource /appsnew/source/R-4.2.3.shsource /opt/rh/devtoolset-8/ena

2023-10-18 admin 在北极星集群运行alphafold2.3：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行（自动识别多聚体）：四卡GPU：af2.3-g4c your.fasta 双卡GPU：af2.3-g2c your.fasta -----------------

2023-06-03 admin 在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom一、命令格式RFAA.run [–pymol] [pdb|fasta] [small.pdb|small.mol2]格式说明1、 直接跑 pdb结构 : RFAA.run 1tce.pdb 如果想只跑A链 RFAA.run 1tce.pdb:A 2、将所有的蛋白、DNA、RNA合成一个fasta文件 : RFAA.run in

2024-04-13 admin 二、使用北极星环境的镜像--运行北极星程序-matlab-R-mpi编译器北极星的运行的环境为centos:7.6.18101、搜索镜像；推荐在login06下载为内网：运行：dockersearch bjx # 或者dockersearch centos运行结构如下图：其中login06：docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_0:latest

2022-12-02 admin 使用https://www.rcsb.org/ligand/H71 的smiles格式计算1、获取小分子信息2、打开网页，3、打开https://www.rcsb.org/fasta/entry/8SSV/display fasta文件4、汇总信息、生成json文件，其中ZN和GOL等基础分子（离子），为默认的ccd格式，是有的，不需要提供smiles格式8ssv.json:{ &quot

2024-11-22 admin