有两个研究中心挂靠交叉信息研究院：“理论计算机科学研究中心(Institute for Theoretical Computer Science, ITCS)”和“ 量子信息 中心(Center for Quantum Information，CQI)”。“理论计算机科学研究中心”强调计算机科学与数学的交叉，而“量子信息中心”强调计算机、信息科学与物理学的交叉。此外，成立于2010年6月的国际交流合作研究中心“清华大学- 麻省理工学院 - 香港中文大学 理论计算机科学研究中心”（Tsinghua- MIT -CUHK Research Center for Theoretical Computer Science，CTCS）也挂靠交叉信息研究院。另一个国际交流合作中心“清华-密西根量子信息 联合中心 ”则正在积极筹建中。 ^{清华大学交叉信息研究院}

自 姚期智 先生2004年回国任教，已经在 清华大学 建立了一个国际著名的理论计算机科学研究中心。中心的目标是为中国计算机科学的研究和创新教育打造一条"超级公路"，成为 计算机学科 领域的世界领军团队之一。理论计算机科学即来源于计算机科学和数学的交叉，因此我们在交叉信息学科研究方面已经有部分坚实的基础。理论计算机科学为计算机科学与技术的发展提供理论基础，是重要研究领域之一，也是国际一流大学计算机系的重要组成部分。在姚期智先生的带领下，理论计算机中心组建了强大的国际化师资团队，在教学、科研、人才引进以及 学术交流 等方面发挥了重要的作用，取得了显著成绩，其团队已经取得了一些突出的研究成果，同时也在着力培养具有 国际竞争力 的一流 拔尖创新人才 。在2010年8月清华大学计算机学科进行的首次国际评估中，评估专家组对理论计算机科学研究中心五年来的飞跃式发展给予了极大肯定。专家组认为，在姚期智教授的领导下，理论计算机科学研究中心正在从国际视角探索一流 学科建设 的 新理念 ，致力于建立一支国际化的教师队伍以及优秀的博士生项目，开展了高水平的国际化学术交流，并取得了显著而鼓舞人心的成果。作为清华计算机学科进军 世界一流大学 不懈努力中的一部分，理论计算机科学研究中心在这个进程中确确实实已经产生了积极的影响。

天行健， 君子以自强不息 ！ 地势坤 ，君子以厚德载物！研究院全体人员将永远以饱满的科研热情奋发图强，向计算机科学制高点迈进！