合同管理是根据承包合同、台账等对农户承包地进行管理，主要是村集体和农户用合同来约定双方权利义务关系。
确权登记是政府对农户承包土地财产权的确认和保护，需要通过查实面积、公示确认、登记在册、颁发证书等形式实现。
“按照我国法律，对不动产物权要通过登记明确权属加强保护。例如城市房屋、土地所有权等都要到有关部门进行登记，以更好地保护所有权人的权利。农村土地承包经营权确权登记就是一种物权登记。”农业部经管司有关负责人表示，此举是国家明确土地承包经营权归属、保护土地承包人权利的重要手段。
他进一步解释，农村土地承包经营权确权登记，实际上是按照《物权法》要求，通过健全登记制度明确权利归属，查清承包地块面积和四至等情况，由县级以上地方人民政府颁发土地承包经营权证书，并将农户承包土地的地块、面积、空间位置等信息及其变动情况记载于登记簿供人查阅。
长期以来，国家对农户的承包地主要采取合同管理的方式。农户通过与村集体签订承包合同，获得经营土地的权利，同时也承担交粮纳税的义务。农村税费改革后，附着在承包合同之上的税费负担被取消，农民还可依据承包土地获得多种农业补贴。截至2011年底，全国2.29亿农户承包了农村集体耕地，签订土地承包合同2.22亿份，地方各级人民政府为承包方颁发土地承包经营权证书2亿多份，依法确认了农民对承包土地的占有、使用、收益权利。
但合同管理对农民权益保护也存在一些不足。比如，受二轮延包时历史条件制约和相关制度不完善等多种因素影响，已有的承包地确权颁证工作不够完善，有的地方承包地块、面积、合同、证书没有落实到户，多数地方存在着承包地确权面积不准、四至不清、空间位置不明等问题；此外，农户实际承包地块、面积与土地承包合同、土地承包经营权证书记载的信息不一致的问题在许多地方比较突出。
“现有土地承包关系是农村最基本的生产关系，得到了农民认可和法律确认。”该负责人表示，这次农村土地承包经营权确权登记工作，不是推倒重来，而是对现有土地承包关系的进一步完善，要以已签订的土地承包合同和已颁发的土地承包经营权证书为基础，查清承包地块的面积、四至等情况，建立健全土地承包经营权登记簿，不得借机违法调整和收回农户承包地。
经过农业部等六部门近两年的试点，全国已有230个乡镇、1642个村、18170个村民小组基本完成土地承包档案清理、承包地块面积和空间位置勘测等工作，涉及承包农户65.3万户、耕地面积793.6万亩。
农业部表示，下一步，将研究修订农村土地承包经营权证管理办法、登记工作规程及相关技术标准。同时，研究制定全国农村土地承包信息化建设规划，指导各地建立农村土地承包管理信息系统。
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