rdkit读取sdf、mol2 转换图片保存、sdf转smiles；PandasTools AddMoleculeColumnToFrame增加列图像展示及SaveXlsxFromFrame保存到表格

1、rdkit读取sdf 转换图片保存

参考：https://www.jianshu.com/p/c0df2942d8d1
https://www.jianshu.com/p/c0df2942d8d1
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
## 读取sdf文件，包含多个分子
mols = Chem.SDMolSupplier(sdf_file)
## 保存图片
for num, mol in enumerate(mols):
    Draw.MolToFile(mol, f'{str(num+1)}.png', size=(550, 550))
读取加载sdf文件中描述信息
 
GetPropNames()是查看有哪些特征
 GetProp()获取具体的特征 
simless =[]
chembl_ids =[]
for num, mol in enumerate(mols):
    simless.append(Chem.MolToSmiles(mol))
    chembl_ids.append(mol.GetProp('chembl_id'))
m = Chem.MolFromSmiles('CCO')
m2 = Chem.AddHs(m)
另外rdkit读取smi、mol、mo

                    rdkit读取sdf、mol2 转换图片保存、sdf转smiles；PandasTools AddMoleculeColumnToFrame增加列图像展示及SaveXlsxFromFrame保存到表格
                    注意： 1、AddMoleculeColumnToFrame产生的格式 molCol='ROMol’不能为空 none不然保存会报错。参考：https://www.jianshu.com/p/c0df2942d8d1。
				sdf2vtk
 sdf2vtk是一个python库，可让您轻松地将变量从SDF文件格式转换为VTK。
 SDF（自描述文件）是EPOCH和其他代码（  ）使用的科学数据文件格式。
 VTK（可视化工具包）是用于图像处理，3D图形，体积渲染和可视化的开源软件系统（  ）
 sdf2vtk需要 ， 和 。 如果满足这些依赖性，则可以使用pip安装sdf2vtk：
 $> cd sdf2vtk
$> pip install .
 from sdf2vtk import *
convertor = sdf2vtk ()
convertor . read_sdf ( "input_path/file_1.sdf" ) # sdf file with field data
convertor . list_variables ()
convertor . create_vtk_fie
用法： node ipso2odm [file-name(s)]
 仅给出单个文件名时，将生成的SDF打印到屏幕（stdout）。
 给定多个文件名时，每次转换的输出将保存到odmobject-object_name-sdf.json文件，其中object_name是每个架构文件中的对象名。
node ipso2odm samples/load.xml
 node ipso2odm samples/*.xml 
OneDM SDF到IPSO转换器
用法： node odm2ipso [file-name]
 将给定的OneDM SDF文件转换为LwM2M模式文件。 该程序还使用idmap.json作为输入，为已知的
				1、将化学分子的inchi表示批量转化为分子图表示。
可以使用rdkit.Chem.inchi module的rdkit.Chem.inchi.MolFromInchi函数。常见的关于inchi表示的一些操作函数都可以在rdkit.Chem.inchi module里，但没有从Inchi直接转化为smile的函数。
#从inchi转为分子图
from rdkit import Chem
with open('inchi数据.txt') as f:
    inchis = f.readlines()
				Python3.2带来了concurrent.futures模块，这个模块具有线程池和进程池、管理并行编程任务、处理非确定性的执行流程、进程/线程同步等功能。
此模块由以下部分组成：
concurrent.futures.Executor: 这是一个虚拟基类，提供了异步执行的方法。
	submit(function,argument): 调度函数（可调用的对象）的执行，将argument作为参数传入。
	map(function,argument): 将argument作为参数执行函数，...
				这个代码可以用于自动把所有分子的分子图保存为png格式。
import sys
sys.path.append('/home/li/.conda/envs/li/lib/python3.7/site-packages')
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smis=[]
for i in open ("/home/li/draw_molecule_picture/moses2_smiles.txt"):
    smis.append(
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
mol=AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')#将pdb表示分子转换为mol对象
molSmiles=Chem.MolToSmiles(mol)#将mol对象转换为smiles
#------------------------get picture------------------------
#这里我是把smile表示的公式，存入到了一个csv文件里面，所以需要使用pandas读取
#如果是直接就有smile类型的分子表达式，就可以直接
				从Rdkit到pandas。Rdkit里面有一个Chem.PandasTools提供了许多便利的扩展工具。先导入本文需要用到的一些library:from rdkit import rdBase, Chem, DataStructs
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
import pandas as pd
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
print('rdkit version: ',rdBase.rdkitVersion)
读取pdb文件
mol = AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')
Mol对象转换smiles
molsmiles = Chem.MolToSm
				将SMILES转换为SDF需要使用化学信息软件，如RDKit或OpenBabel。以下是使用RDKit Python库将SMILES字符串转换为SDF文件的示例代码：
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
smiles = "CCOc1ccc(cc1)C(=O)NCC(=O)Nc2ccc(c(c2)OC)N(C)C"
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
AllChem.Compute2DCoords(mol)
w = Chem.SDWriter('output.sdf')
w.write(mol)
w.close()
此代码将SMILES字符串转换为RDKit的Mol对象，使用Compute2DCoords函数计算分子的2D坐标，然后将Mol对象写入SDF文件中。