清代对库页岛的管辖，是从它的前身后金政权开始的。早在 努尔哈赤 起兵的第二年，后金朝廷就派遣军队迅速接占明朝在东北原有的羁縻区域，其中就包括库页岛和黑龙江下游地区。岛上的居民费雅喀人也自此成为了清代版图中一支效忠于清廷的部落。然而清朝对库页岛上的费雅喀人实行的政策与执行严格 军事组织 制度的满人不同，在清朝早期的统治方式是“皆不编 佐领 ，不列 满洲八旗 ”。而是采用设置族长，乡长的方式来统计核定人口，要求他们向清朝的中央政府缴纳 貂皮 作为 贡赋 ，并按时向费雅喀人赠送赏赐，以示“皇恩”。

根据清代文献，库页岛北部居民为 费雅喀 人（为与大陆的费雅喀人区别，又称库页费雅喀），南部是库页人，此外还有 鄂伦春 人和 赫哲 人。清廷知道库页岛的存在，并通过各种手段将其纳入到统治中。但需要注意的是，库页岛的 原住民 人口非常少。例如 三姓 副 都统衙门 的 满文 档案中统计的库页费雅喀分为6姓，合计148户。库页人更少，只有17户。两者加起来人口也就几千的规模。如果将黑龙江下游也计入，也才不过“三姓所属赫哲、费雅喀、 奇勒尔 、库页、鄂伦春、恰克拉，五十六姓两千三百九十八户”（《 大清会典 》）。再加上他们长期停留在 原始社会 ，对于后来俄日的入侵，也就别指望能发挥什么 实质性 的抵抗作用了，

其次是编户，编户的目的在于确定贡貂的数量，“每户纳 貂皮 一张”（《清文献通考·舆地二》。）三姓辖区的编户工作早在衙门成立前就开始了，编户往往还伴随着招抚，将这些 少数民族 纳为 清廷属民。这些活动可追溯至 顺治 初年。如顺治十六年招抚东海费雅喀，“温屯村以内九村人民，皆愿归顺。（《清世祖实录》）康熙年间有明确记录的编户工作就有三次，即二十九年（1690年）、四十九年（1710年）、五十一年（1712年）。雍正十年（1732年），也就是三姓副都统衙门成立这年完成了对库页岛的编户工作，三姓副都统带人渡海登岛，“招抚居住于海岛上特门赫图舍等处库页费雅喀人146户，令其贡貂。”（《 三姓副都统衙门满文档案译编 》460页）。而整个东北边疆的编户完成是到了乾隆十五年（1750年），库页岛的编户工作还走在了前面。在《 皇清职贡图 》中，对于库页岛这些像清朝纳贡的部落，是明确视作皇帝子民的。

再来是联姻。 外东北 的这些部落与满族关系十分密切，清廷鼓励他们娶宗室女儿为妻。特别是 乾隆 、 嘉庆 两朝，这种联姻达到了鼎盛。这些出嫁的宗室女儿被唤作萨尔罕锥，不过她们并不是真正的皇家血脉，而是民女代嫁，多数是满洲八旗的赏奴之女。不过联姻要求很高，必须由皇帝亲自批准。男方还要准备 聘礼 ，通常需要三百零四张貂皮，还有各种颜色的 狐狸皮 若干，而平时每次纳贡只要一张貂皮。清廷也会准备丰厚的嫁妆，主要是衣物，但也有“牛二头，犁、铧、犁碗各一对”这样的农业用具被放到嫁妆里（《 三姓副都统衙门满文档案译编 》402页）。另外，迎娶萨尔罕锥必须到京城办婚礼。而新郎（称作霍集珲）往往选择冬天上路，这样到京城的时候就是春天了。但冬末初春往往容易感染疾病，所以乾隆四十一年（1776年），乾隆帝下谕旨：“嗣后凡有赫哲、费雅喀人来京纳妇者，毋庸延至冬季来京，以择七八九月凉爽季节为宜……则于彼等身体利莫大焉。”（《东鞑纪行附录》）。霍集珲来京娶亲，清廷通过驿站派 牛车 一辆、官兵两人护送，沿途伙食 全包 ， 礼部 还要在京城举办宴席款待。这种联姻聘礼高、嫁妆厚、婚礼隆重，是清廷统治外东北的过程中一项非常重要的政治活动。乾隆年间出嫁的萨尔罕锥共有10名，其中奇勒2，费雅喀2，部尔哈勒2，奇勒尔1，贺齐克里1，赛马尔1，必勒达奇里1，遍布于黑龙江下游和库页岛。

然后就是贡貂 赏乌林 制。前面说了库页岛居民要给清廷贡貂。顺治的时候是要到北京来交，设立 宁古塔将军 后改在宁古塔，离宁古塔远的就到黑龙江下游的 普禄 乡（亦作普隆霭，位于库页岛西海岸）交。三姓副都统衙门成立后又在黑龙江下游的奇集、德愣就近办理，每年四到六月办理业务，其余时间就回三姓城了。清廷同时对贡貂人进行回赏，并赐宴。根据档案记载，乾隆五十九年（1794年）的一次宴会，宴请赫哲人2188人，每人用粮31斤，耗费巨大。另外，贡貂人在路上的口粮也是由清廷买单。贡貂赏乌林制影响十分深远，它促进了外东北的商贸发展，到十九世纪中期费雅喀人已经能用得 上火 器了。日本人宫间林藏在他的 考察报告 中描述库页岛的交易情况：“各地夷人每日几百人集聚于署中进行交易，其喧哗景象无法形容。”（《 东鞑纪行 》）

从 清政府 管辖库页岛的官方档案即《三姓副都统衙门满文档案译编目录（库页岛部分）》看，至少到“ 咸丰 元年（1851年）五月二十五日”，也就是非法的《 中俄北京条约 》1860年签订前，库页岛仍处在清政府的有效管辖下。清朝将外东北割让给 沙俄 后，赫哲、费雅喀人仍然在相当长的时期内“全部不服从于 俄国 政权，而服从中国政权”，仍然向清廷贡貂。库页岛有据可查的最后一次贡貂是在同治十二年（1873年），这时距离《中俄北京条约》签订已经过去了13个年头。

在清朝之前只是对库页岛有一定的通商联系，远达不到 实际控制 的程度。这也为后来的清代 守内虚外 的边疆政策埋下了伏笔。在建立了全国的统治之后，面对 俄国 来自北方的威胁，迫使 清政府 在一定程度上加强了在东北地区的边防。原有的明朝在东北的羁縻地区，设置了吉林将军和 黑龙江将军 。费雅喀人生活的区域被划入了 吉林将军 下辖的 三姓副都统辖区 ，在 康熙 年间抗击 沙俄 的 哥萨克 探险队的战斗中，清廷多次就地召集能征善战的费雅喀人拿起武器投入战斗，为保卫边疆作出了重要的贡献。

清朝中央政府与库页岛上费雅喀人的统治关系，在清朝中期就逐渐暴露了问题。由于黑龙江以北地区交通极为不便，清朝驻军往往是在边界设立 哨所 ，然后一年甚至数年去巡视一次，这给早就觊觎这片区域的 沙皇俄国 以渗透的机会。早在 雍正 时期， 费雅喀 部落就受到了俄国探险队的侵扰，甚至还因为费雅喀部落把登上库页岛征收 貂皮 的 清朝官员 当作 哥萨克 探险队而引起了误杀事件。到了乾隆 道光 时期，黑龙江以北地区受到渗透的情况更加严重，当年雅克萨大战的地点，连 乾隆 皇帝本人都不能确定是否还在清朝版图之内，边政荒废的情况之严重由此可见一斑。

值得一提的是，虽然 清朝历史 上自始至终都没有在库页岛上直接统治过费雅喀部落，但是清政府实施的贡貂与赏赐制度却深得包括费雅喀人在内的东北边疆各 少数民族 的民心。他们生活着的土地虽然被签署的 不平等条约 划归俄国，但在一段时间之内仍然在自觉的遵守 朝贡制度 。 曹廷杰 所记济勒弥人的一番话，即反映了原属清朝的各族人民在被俄国侵占后的共同心愿。

又此辈自述，二十年以前，每年渡海至西山国穿官，即以木城所受衣物服饰贡于该国，该国命官至所止海滨，赏黄狐、 水獭 、白貂诸皮，彼此授赏俱跪，携皮回家，俟明年木城穿官卖之，亦至三姓城（今 黑龙江 省 依兰县 ，因 满语 “三”读作“依兰”而译此名）。自罗刹（ 俄罗斯 ）来，不许我等穿官，见木像则焚，见弄熊则阻。又欲我等截发易服，心实不愿，女人畏忌更甚，惟望大国如数百年前将罗刹尽驱回国方幸。现在公开出来的俄国资料也表明，乌苏里江以东的赫哲人与费雅喀人，仍“全部不服从俄国政权，而服从中国政权”，“仍然每家每户逐年”向清政府贡貂。由此可见，贡貂与 赏乌林 制度影响之深，也说明清廷对库页 费雅喀 等边疆民族的管辖是卓有成效的。在中国目前的档案材料之中，有案可查的库页岛最后一次贡貂皮的时间为同治十二年，也就是1873年，这已经是库页岛被正式侵占的第15个年头，在俄国人的领土内依旧向清朝称臣纳贡的情况，放在 国际关系 中几乎是不可想象的。

18世纪中叶后，俄日相继侵入，但岛上居民依旧向 清政府 称臣纳贡。清政府就开始逐步失去了对库页岛的控制。

根据清政府管辖库页岛的官方档案，至少到“ 咸丰 元年（1851年）五月二十五日”，库页岛仍处在清政府的有效管辖下。

1840年鸦片战争后，中国清朝走向衰落。沙俄强迫中国签订了《中俄 瑷珲条约 》后，又以调停中英法 第二次鸦片战争 为借口，强迫中国签订《 北京条约 》，将黑龙江以北、 乌苏里江 以东包括库页岛在内的共100多万 平方公里 的 领土割让 与俄国。

到了清末，库页岛上的主权归属发生了好几次变动，然而早已不是中俄之间的争夺，而是日俄两国的争夺。至19世纪中叶，俄占北部，日占南部，俄称萨哈林，日称桦太。19世纪50年代，由于中俄《 瑷珲条约 》和中俄《 北京条约 》两纸文书，将库页岛和乌苏里江以东这一大片区域全部割让给了俄国。

1858年和1860年，俄国迫使清政府签订《 瑷珲条约 》、《 中俄北京条约 》一系列 不平等条约 ，包括库页岛在内的大片中国领土割让给俄国，自此库页岛在法理上和实际上，都已经彻底脱离了中国。1875年俄日签订条约，俄以 千岛群岛 18岛交换日占南部，全岛遂归俄。 日俄战争 之后，俄国战败，被迫签订了《 朴茨茅斯条约 》，库页岛被一分为二，南部成为了日本领土。