原核细胞 中起始氨基酸活化后，还要甲酰化，形成 甲酰蛋氨酸 tRNA，由N10 甲酰 四氢叶酸 提供甲 酰基 。而 真核细胞 没有此过程。前面讲过运载同一种氨基酸的一组不同tRNA称为 同功 tRNA。一组同功tRNA由同一种氨酰基tRNA合成酶催化。氨基酰tRNA合成酶对tRNA和氨基酸两者具有专一性，它对氨基酸的识别特异性很高，而对tRNA识别的特异性较低。氨基酰tRNA合成酶是如何选择正确的氨基酸和tRNA呢？按照一般原理，酶和底物的正确结合是由二者相嵌的 几何形状 所决定的，只有适合的氨基酸和适合的tRNA进入合成酶的相应位点，才能合成正确的氨酰基tRNA。现在已经知道合成酶与L形tRNA的内侧面结合，结合点包括接近臂，DHU臂和 反密码子臂 。氨基酰－tRNA合成酶与 tRNA 的相互作用，可见氨酸接受柄、乍看起来， 反密码子 似乎应该与氨基酸的正确负载有关，对于某些tRNA也确实如此，然而对于大多数tRNA来说，情况并非如此，人们早就知道，当某些tRNA上的反密码子突变后，但它们所携带的氨基酸却没有改变。1988年，候稚明和 Schimmel 的实验证明 丙氨酸 tRNA酸分子的氨基酸臂上G3：U70这两个 碱基 发生突变时则影响到丙氨酰tRNA合成酶的正确识别，说明G3：U70是丙氨酸tRNA分子决定其本质的主要因素。tRNA分子上决定其携带氨基酸的区域叫做 副密码子 。一种氨基酰tRNA合成酶可以识别以一组同功tRNA，这说明它们具有共同特征。例如三种丙氨酸tRNA（tRNAAlm/CUA,tRNAAim/GGC,tRNAAin/UGC都具有G3：U70副密码子。）但没有充分的证据说明其它氨基酰tRNA合成酶也识别同功tRNA组中相同的副密码子。另外副密码子也没有固定的位置，也可能并不止一个 碱基对 。