因为当时合不合作根本就不是京都自己说了算。
考虑到芳文社压根就没进《轻音少女》动画的制作委员会,芳文社压根就没进《轻音少女》动画的制作委员会,芳文社压根就没进《轻音少女》动画的制作委员会, 闹不好京都从头到尾就没见过芳文社的人, 你这还怎么谈合作 。
这个和当时为什么京都和key社不合作了,是不是结仇了,是不是key想证明没有京都我一样行什么什么的一个意思。我连这两一块说了。

京都的key三作(air,konon,cl),key(应该说是母公司Visual Art's)也是从头到尾没加制作委员会,也就是动画key从头到尾就不分钱,哪来的利益分配问题。当时制作委员会领头的tbs电视台,京都就个打工的,制作委员会倒数,都没什么话语权。京都倒是礼节性的询问了key动画制作意见,key只是提了几点,例如cl第二季最后保留父亲的情节这种,并没有干涉动画制作。

这大概率是当时key把动画制作版权一口气卖出去了,一看效果这么好,到了lb学精了,先是华纳,之后找了企划能力更强的a爹,a爹没和京都有什么联系过,动画化自然就没合作了,就是这么点事。
两家关系根本就不差,现在galgame这么严峻形式,京都火灾后key还捐了1000万日元。

回到轻音少女。
当时京都合作的,有企划主导能力的就两家,一个是角川,一个是tbs。有些动画爹是角川,有些是爹是tbs,就这两家,上图有,京都跟在后面当小老弟。大哥吃肉,吃完京都在后面啃点骨头,喝点汤。
但是轻音少女实在太赚钱, 市场规模高达380亿日元
事实上即使京都跟在后面喝汤,赚的前也比之后文库时代赚的多,就是这么夸张。

但是还是想吃肉啊,然后冰菓之后,京都就不在打工了,要么自家文库(中二病,free),要么去别的地方买版权制作(声之形,吹奏),所以之后京都和芳文社没合作也是理所当然。
虽然两家没怎么合作,芳文也没加轻音制作委员会,但也不算吃亏。事实上从轻音少女开始,萌系动画开始走向一个高峰,芳文社这种轻百合日常作品非常受欢迎,受众一多开始成为一个标签,2010年年后每年甚至每季度都会有芳文的作品出现

所以有些事,别想复杂,别想太多,阴谋论不可取啊。
