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终于，在椎名篝再次听到莫扎特曲子的时候，出现了“上帝的声音”（像是被人操控一样，失去高光），然后 袭击Lab，和铃羽搏斗，最终逃走，为了不让钢轮当心，铃羽和桶子没有告诉钢轮。在这之后，桶子在和铃羽的沟通中，认可时间机器存在的必要性，找来远在美国的真帆，一同修复了电话烤箱（暂定）（此时功能并不完整，不能发送记忆），钢轮发现后，暴怒但最终被真由理点醒。（真由理：如果现在的世界线是被钢轮承认的话，为什么钢轮会如此痛苦？）
因为时间机器剩余燃料有限，剩余只能去一趟一年前后（没有回程的燃料了），再2011年的夏天，铃羽还是决定要回到一年前再尝试一下，想办法改变钢轮的选择而改变未来（铃羽并不清楚如何才能达成（并不知道（或不能解释）世界可以被欺骗 ），真由理也因为喜欢钢轮而决定同行去唤醒一年前的钢轮。在这时，一条来自2025年桶子的D-mail传到了铃羽的手机中，说明了弧光灯作战计划（这封D-mail的到来是，未来的钢轮了解欺骗世界后才发送出来的，这也暗示了后续为什么钢轮仍然要经历这么多，正是为了保证发送这封D-mail的因果完整）。
钢轮追上来想要阻止，而在真由理劝说下同意了，但是教授提前通知美国势力派出军队阻止并前来夺取时间机器，钢轮也被教授逮住，只不过反派死于话多，教授一见面就摊牌了，这也让后续钢轮能够有足够信息击破这一难关。椎名篝因被洗脑，在教授的军队里参与夺取行动，她关键时刻椎名篝看到妈妈（真由理）受伤，短暂从受控中恢复过来保护了铃羽和真由理。
但是在某一次循环中，电话烤箱（暂定）出现故障，钢轮的记忆没能回到前几天。主视角的钢轮跳跃到了未来2036年（主视角跟随着钢轮的这次记忆，而失败导致记忆只保存在机器中而没能传送，但戴上耳机的钢轮本身人没事。换句话说，钢轮的意识在此刻一分为二，本体仍然活在2011并继续努力；动画视角上的意识来到了未来），根据这条世界线的发展，钢轮在2025年已经成为了植物人（2025年被教授所在组织抓到被虐待成植物人）。2036年的桶子决定尝试试一试的态度对2036年的钢轮的肉体植入以前钢轮的记忆（2011年失败时的记忆），而主视角则跟着这份记忆到了通过特殊手段复苏的2036年的钢轮（没有按照时间顺序告诉观众这些年发生的事情，而是通过2036年的人物叙述让我们知道发生了什么）。
来到2036年的钢轮经过了解，获得了更多信息（包括2011年之后的事情），然后他做出了一个惊人的决定——通过电话烤箱（暂定）的功能，回到2011年，再次尝试在那时送走时间机器（记忆传输经过改进也只能每次都回到2周前，需要经历3000多次跳跃才能回到2011年）。经历种种困难后，钢轮成功回到了2011年（动画用了半集篇幅讲述，完善了钢轮的角色性格（好评）），虽然这次做足准备，但是始终没能改变结果（仍然没有找到最后一个关键），和大家讨论后认为是各国的情报机关提前知道了信息，助手的Amadeus提出解决办法是删除Amadeus的备份（外国势力需要得到助手的Amadeus的信息以完成时间机器的开发）。在桶子的聪明才智下，发明了D-line可以不被SERN截获而达到目的。（SERN是α世界线的元凶，而发送D-mail会被SERN发现）
钢轮开始新一轮尝试，Amadeus没被研发出来后，这次的改变异常的大，这个世界线的椎名篝没有被完全洗脑（重要），保持着独立思考（考究游戏里的设定，很可能在这条世界线中未来对椎名篝洗脑的不再是教授，所以教授没有能完全掌控椎名篝）。在和教授的对峙中，钢轮占据优势，俄国情报势力得到消息慢了一步（Amadeus不存在任何被劫持的可能），时间机器成功逃脱。双方计划落空，而命运石之门线的寻找变得触手可及。但是时间机器的燃料不多了，真由理来到 2010 年8月21日 和当时的真由理通话后，无法返回，只能迷失在时空乱流之中。
时间机器离开后的十几年里，钢轮和桶子和真帆开始了时间机器的开发，最终在该世界线的2025年完成开发（这时的机器是测试机，并非C204，真正的C204是钢轮“死后”铃羽和椎名篝所乘坐的），根据历史在2025年将桶子的D-mail发给2011年的铃羽 且录制了发给2010年面临困境的钢轮的花屏视频，告知他世界是可以被欺骗的！（这条D-mail是同一世界线的铃羽收到的弧光灯作战计划；也是因为钢轮让2011年的时间机器逃脱，才得知“欺骗世界”的真谛，才有了现在发送D-mail和视频，也就解释了在命运石之门本篇第一集中花屏视频无法打开）。而在世界线收束下，钢轮理应在2025年死去，但是钢轮认为自己乘坐时间机器在这个时空消失也算是“死亡”（欺骗世界），所以使用刚开发的试用机器踏上了去寻找流失在时空的铃羽和真由理，在结局彩蛋中可以看到钢轮出现在她们流失所在的公元前18000年，他找到了！
命运石之门0（前传）就在这里完结了，据说相比游戏，动画走心地在最后加上了钢轮找到了铃羽和真由理，这也算是圆了玩家们非常想看到的一个心愿。
对于命运石之门0的一些 补充说明 ：
1. 命运石之门0的很多人设与命运石之门中有所 不同 ，除主角外的人物形象可以说需要重新认识。
2. 其实每一次做出不同选择，世界线都会发生微小的变化，只是这样做不属于世界线收束范围，所以钢轮 没有发动魔眼 的能力。（就算删除D-mail也会引起数字上 稍微的变化 ，表现在钢轮在命运石之门本篇中来回跳跃世界线中并不会完美回到原来的起点）
3. 因为有些在动画中表现力的差距，有部分为完善剧情解释参考萌娘百科“世界线收束范围”的词条。
4. 命运石之门0开始的时候，钢轮已经经历了命运石之门本篇中的在α世界线的事件，并决心选择β世界线的未来。
5. 剧情中钢轮短暂来到α世界线的那一段发送的D-mail其实有很多值得思考的地方（第8集），这封D-mail并 没有直接影响 当时的事情，而是影响了 过去 α世界线中钢轮的选择，而过去钢轮的是删除D-mail才能脱离α世界线（间接影响改变大的世界线（α→β））。而钢轮没有重复进行过去的历史则是因为D-mail的本质并不是把记忆带回到过去，而是改变了因果律，时间则不变，2011年在α世界线初发送的，经过跳跃则会来到2011年对应时间的β世界线。（可参考我在1年多前完成的命运石之门本篇的剧情详解）
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以后可能会对命运石之门的整体时间线做一个整理（应该）
——El Psy Kongroo