與 Valve 旗下著名的《半條命》、《傳送門》這些作品不同，《軍團要塞2》並不注重單人的故事體驗，它的背景故事是通過在歷次主要更新中放出的各類媒體（漫畫、視頻、隱藏網頁等）而逐步建立起來的，因此在很大程度上有「補課」的嫌疑。一個明顯的體現是，「管理員」這一在故事中起着重要作用的角色，其人設都是 Valve 從藝術家 Makani 手中買來的（後者也參與了《軍團要塞2》的部分漫畫創作） ^{[ 2 ]} 。

而碎片化的劇情帶來了故事脈絡較為模糊且存在自相矛盾之處等弊端，但這些缺點由於《軍團要塞2》誇張無厘頭的整體風格 以及許多玩家對《軍團要塞2》劇情的一知半解 而被淡化了。

《軍團要塞2》大致的故事背景是：

• 英國富豪 澤菲尼亞·曼恩 曾於被他稱作「南方大陸」的澳大利亞在探險時找到了一種奇異的石頭，這種石頭被他稱作 「魔法碎石」 （miracle gravel），也就是後來為人熟知的 「澳元素」 （Australium）。這種元素有着包括延年益壽與激發智力在內的諸多優良功效，此外也有着讓人酗酒、好鬥 以及長出奇形怪狀的毛髮 等副作用。
• 1822年，澤菲尼亞的妻子貝蒂·曼恩（原姓「達林」）在分娩中死去，為他留下了三個男孩：雷德蒙德、布魯塔克與格雷。不同於他的兩個哥哥，格雷生下來就弱不禁風但智力超群，甚至在胎中就已經學會了數學與語言，而為此感到驚異的澤菲尼亞打算置他於死地，但這時一隻鷹破窗而入叼走了格雷。
• 雷德蒙德與布魯塔克從小就熱衷於互相爭鬥，但他們在一件事情上達成了共識：說服自己的父親買下北美的一塊土地。希望擴展家族軍火生意的澤菲尼亞最終接受了這個建議，但在前往北美的路上身染了數目眾多的疾病。當他發現自己得到的土地不過是一片荒漠後立馬氣火攻心徹底病倒了。
• 格雷被那隻鷹當做自己的孩子撫養長大，但格雷最後吃掉了這隻鷹和所有的幼鷹，爬回了文明社會並逐步建立起了自己的商業帝國。他曾聯繫過自己的父親企圖不擇手段地獲得「魔法碎石」。

• 1850年，澤菲尼亞在彌留之際立下了遺囑：
  • 將自己的家族企業繼承給了多年的手下 巴納布斯·霍爾 ，這家公司即現在遊戲中的「曼恩公司」，而巴納布斯的兒子 比利烏斯 與孫子 薩克斯頓 都繼承了曼恩公司的CEO之位。
  • 將自己的各類資產繼承給了自己的女僕 伊利沙伯 。澤菲尼亞還特別叮囑伊利沙伯，要管好他的那些「魔法碎石」，尤其是要防止落于格雷之手。
  • 將自己在北美的那片「荒蕪之地」（Badlands）平分給自己的兩個兒子，以供他們陷入永無止境的爭鬥。
• 同年，澳大利亞憑藉澳元素成為了地球上科技最為領先的國家。

• 雷德蒙德與布魯塔克不約而同地召集了傭兵，希望通過武力手段獲得全部的土地，但兩方勢均力敵。
• 布魯塔克希望通過以更長的壽命來勝過雷德蒙德，於是找來了科學巨匠 拉迪甘·科納格 ，希望他製造一台機器來延長壽命，科納格同意了。但科納格在當天夜晚被一位神秘女子拜訪，後者以澳元素為籌碼說服了科納格也為雷德蒙德製造同樣的機器。
• 於是布魯塔克與雷德蒙德都獲得了更長的生命——他們使用拉迪甘製造的 生命延長裝置 ，以 澳元素 為燃料延續着鬥爭。
• 他們的鬥爭由前後三代傭兵展開，而玩家們扮演的傭兵即是第三代傭兵，代表的紅藍兩隊也分別屬於雷德蒙德與布魯塔克。
  • 這一時期被稱作「碎石戰爭」（Gravel War）。但就具體的時間定義而言，「碎石戰爭」究竟是泛指兩兄弟的軍事鬥爭，還是特指第三代傭兵之間的鬥爭，尚不明確。
  • 名為「管理員」的神秘女子監視着整個「碎石戰爭」的一舉一動（她也是遊戲中最常登場的「播音員」），關於其身份存在着多種不同的說法。
  • 曼恩公司在「碎石戰爭」中同時擔任雙方的物資供應商（主要是軍火）。

• 格雷·曼恩不知通過什麼途徑也擁有一台生命延長裝置，甚至更加先進，他於1971年寫信騙自己的兩個兄弟會面和談。就在兩兄弟決定休戰並「讓我倆中的一人懷孕」後，格雷闖入會場殺了他的兩個兄弟。
• 格雷隨即派遣機械人大軍進攻曼恩公司的設施，企圖將整個曼恩公司納入掌中，但被玩家們扮演的傭兵所抵擋。
• 格雷於1972年早期前往曼恩公司總部假意求和，實則是讓自己的女兒（多半是養女）奧利維亞幫他贏得曼恩公司的CEO之位——根據薩克斯頓·霍爾立下的規矩，能夠空手打倒曼恩公司CEO的人將成為新的CEO，而薩克斯頓無論如何也不願對小女孩動手，最終失去了曼恩公司。

註：這段時期的劇情與遊戲體驗關係較小。

• 曼恩公司失守後，「管理員」與曼恩公司的所有澳元素儲備一同消失，她令助手寶琳小姐先藏身等待指示。
• 1972年晚期，「管理員」命令寶琳小姐重新召集失業的傭兵，同時收集澳元素。寶琳小姐奔赴雙城（Teufort）、西伯利亞、澳大利亞、水下新西蘭等地以完成她的使命。
• 格雷在曼恩公司的澳元素儲備金庫撲了個空，並意識到一切都是「她」所謂。他召集了「經典軍團要塞傭兵」去捉拿寶琳小姐一行人。
• 失去了曼恩公司的薩克斯頓不得不依靠自己曾經的狩獵導師 查爾斯·達林 ，達林承諾為他奪回公司，但他提出以澳元素為籌碼。

在漫畫《Old Wounds》與《The Naked and the Dead》，故事在多方人馬的混戰中迎來了高潮，結局最後在漫畫《The Days Have Worn Away》揭曉：「經典軍團要塞傭兵」除經典醫療兵和經典工程師外其他人全部被傭兵消滅，士兵無意間發現新的澳元素礦洞，傭兵們與工程師會合後與管理員見面，寶琳小姐最後隱瞞了澳元素的下落導致管理員最終與被挖出來觀看雷德蒙德和布魯塔克之間的爭鬥的澤菲尼亞一同化作灰燼，工程師建議寶琳小姐把所有澳元素全部挖掘然後打包埋到她所能找到最深的海溝里。與此同時薩克斯頓成功奪回曼恩公司且成為奧利維亞的監護人。

註：這段時期的劇情與遊戲體驗的關係較小，且發生在1979年。

• 薩克斯頓開除奧利維亞讓她自己開拓出新的人生，隨後宣佈退休且公司所有權交給其助手彼得威爾和瑞迪。
• 士兵與其家人幫助馬拉莫斯從不毛之地懲教所越獄（此前馬拉莫斯被陷害為湯姆·瓊斯遇害案的兇手），但隨後二人被韓國黑幫抓住。
• 機槍手和狙擊手營救士兵，並花費20美元支付士兵此前向韓國黑幫拖欠的12000韓元的欠款。
• 營救行動一周後，間諜造訪已經撫養四個孩子的單親父親的偵察兵的家，隨後脫下了面罩送給譚雅—偵察兵的女兒及他的孫女 用偵察兵在工作上的同事來隱瞞自己的真實身份 。之後其他傭兵也開始造訪偵察兵的家，最終偵察兵邀請玩家參與聚會而結束。

玩家們可供選擇的遊戲角色由9位傭兵組成，他們在遊戲中以不同的兵種/職業來稱呼：

• 進攻兵種：偵察兵（Scout）、士兵（Soldier）、火焰兵（Pyro）
• 防禦兵種：爆破手（Demoman）、機槍手（Heavy）、工程師（Engineer）
• 支援兵種：醫生（Medic）、狙擊手（Sniper）、間諜（Spy）

《軍團要塞2》在設計開發階段還曾有過「平民」與「指揮官」這兩個職業。此外，謠傳的第十二個官方職業「守衛犬」事實上是社區原創的產物，不過《軍團要塞2》官方對此以一張圖片 ^{[ 5 ]} 的形式給出了回應。

Valve製作了一套名為「拜見團隊」（Meet the team）的短片來介紹每個傭兵，以下是所有短片的Bilibili分流，並都有兩種中英兩種語言的字幕可供選擇。