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Python转录组学分析框架:Omicverse的安装教程

OmicVerse是用Python进行多组学(包括Bulk和单细胞分析)的基础框架。欲了解更多信息,请阅读我们的论文: OmicVerse: A single pipeline for exploring the entire transcriptome universe

omicverse最初的名字是Pyomic,但我们希望涵盖整个转录组学的领域,因此将其改名为OmicVerse,旨在解决RNA-seq中的所有任务。目前omicverse已加入 scverse 生态。您可以在 scverse 的官网上找到我们。

安装前准备

OmicVerse可以通过conda或pypi进行安装,不过您需要先安装 pytorch

为避免潜在的依赖冲突,建议在 conda 环境中安装。并使用 pip install -U omicverse 进行更新。

在不同的平台上,最合适的安装方法有所不同。

pip前提条件

  • 如果使用conda/mamba,则只需运行 conda install -c anaconda pip 并跳过此部分。
  • 安装Python,我们推荐使用pyenv版本管理系统,以及pyenv-virtualenv。

Apple Silicon前提条件

在装有Apple Silicon的Mac上安装omicverse只能使用本机版本的Python。可以通过使用Apple Silicon版本的mambaforge(可以通过本机版本的homebrew通过 brew install --cask mambaforge 进行安装)来安装本机版本的Python。

Conda

  1. 安装conda。我们通常使用 mambaforge 发行版。使用python>=3.8,conda考虑使用mamba代替conda。

  2. 创建一个新的conda环境:

    conda create -n omicverse python=3.8
    
  3. 激活您的环境:

    conda activate omicverse
    
  4. 首先安装 PyTorch

    conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia
    
  5. 安装 omicverse

    conda install omicverse -c conda-forge
    

    可以使用以下命令之一通过pip安装omicverse包:

    1. 首先安装PyTorch:有关安装的更多信息可以在PyTorch找到。

      # ROCM 5.2(仅限Linux)
      pip3 install torch torchvision torchaudio --extra-index-url
      pip install torch==1.13.1+rocm5.2 torchvision==0.14.1+rocm5.2 torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/rocm5.2
      # CUDA 11.6
      pip install torch==1.13.1+cu116 torchvision==0.14.1+cu116 torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu116
      # CUDA 11.7
      pip install torch==1.13.1+cu117 torchvision==0.14.1+cu117 torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu117
      # 仅限CPU
      pip install torch==1.13.1+cpu torchvision==0.14.1+cpu torchaudio==0.13.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cpu
      
    2. 在安装pytorch之后,我们可以通过pip开始安装omicverse

      pip install -U omicverse
      pip install -U numba
      
    3. 如果您想使用测试版,请有两种方法供您安装

      • 测试版 - 克隆此repo并运行:pip install .
      • 使用pip install git+https://github.com/Starlitnightly/omicverse.git

    开发者版本

    用于开发者测试的版本 - 克隆此repo并运行:

    pip install -e ".[dev,docs]"
                        OmicVerse是用Python进行多组学(包括Bulk和单细胞分析)的基础框架。omicverse最初的名字是Pyomic,但我们希望涵盖整个转录组学的领域,因此将其改名为OmicVerse,旨在解决RNA-seq中的所有任务。目前omicverse已加入scverse生态。您可以在scverse的官网上找到我们。
    程序语言python
    画图分析框架:Matplotlib
    招聘网站经常替换页面元素渲染还有cookie,session,token。所以需要经常更换爬虫头信息,如果建议的不要拍。
    如果买了以后请及时录屏,防止网站跟换反爬机制,后期如果爬虫需要的信息被替换了,你需要重新出钱帮你更换爬虫头信息的,第一次购买的时候可以帮你测试好。
    获取招聘信息模块
    def get_job_infor():
    genrate_word(dit_job_all)
    工作经验模块 饼状图
    genrate_pie(dit_job_all)
    学历模块 折线图
    genrate_education(dit_job_all)
    平均工资模块 柱状图
    genrate_job_money(dit_job_all)
    需要安装的模块
    pip install -i https://pypi.doubanio.com/simple/ requests 
    pip install -i https://pypi.dou
    程序语言python
    画图分析框架:Matplotlib
    招聘网站经常替换页面元素渲染还有cookie,session,token。所以需要经常更换爬虫头信息,如果建议的不要拍。
    如果买了以后请及时录屏,防止网站跟换反爬机制,后期如果爬虫需要的信息被替换了,你需要重新出钱帮你更换爬虫头信息的,第一次购买的时候可以帮你测试好。
    获取招聘信息模块
    def get_job_infor():
    genrate_word(dit_job_all)
    工作经验模块 饼状图
    genrate_pie(dit_job_all)
    学历模块 折线图
    genrate_education(dit_job_all)
    平均工资模块 柱状图
    genrate_job_money(dit_job_all)
    需要安装的模块
    pip install -i https://pypi.doubanio.com/simple/ requests 
    pip install -i https://pypi.dou
    				
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    你好!学习转录组学分析是一个很好的选择,下面是一个从零开始的学习转录组学分析的步骤: 1. 基础知识:了解基本的生物学概念和遗传学知识,包括DNA、RNA、基因表达等。可以通过阅读相关的教科书、参加在线课程或观看视频来学习这些知识。 2. 学习实验技术:转录组学分析通常依赖于高通量测序技术,如RNA-Seq和单细胞RNA-Seq。了解这些实验技术的原理和操作步骤,可以通过参加培训课程、实习或观看实验操作视频来学习。 3. 数据处理和分析:学习如何处理和分析转录数据是非常重要的。掌握基本的生物信息学工具和编程语言,例如R或Python,可以帮助你进行数据质控、比对、表达量计算、差异表达分析等。 4. 数据解释和功能注释:一旦你完成了转录数据分析,你需要对结果进行解释和功能注释。这需要你了解基因功能和通路分析的方法和工具,例如基因集富集分析、GO注释和KEGG通路分析等。 5. 深入学习和实践:转录组学是一个快速发展的领域,不断涌现出新的技术和方法。持续学习和实践是提高你转录组学分析能力的关键。 希望这些步骤对你有所帮助!如果你有任何更具体的问题,欢迎随时提问。
 
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