明尼苏达森林狼队作为NBA两步扩张计划的一部分，同 奥兰多魔术队 、 迈阿密热火队 和 夏洛特黄蜂队 一起，于1989-90赛季加入NBA。

1989-90赛季，在等待主场球馆目标中心体育馆建成的日子里，森林狼队一直在都市穹顶体育馆作战。11月10日森林狼队终于取得了他们的第一场胜利，经过加时以125-118战胜 费城76人队 。森林狼队最终战绩是四支新军中最好的，22胜60负。森林狼队的防守列NBA次席，每场失分只有99.4分。理查德森也入选了NBA新秀第一队。森林狼队在都市穹顶的处子赛季创下了NBA观众人数的纪录，共有1072572人次前来观战，平均每场26160人。4月17日在他们的主场创造了NBA历史上第三多的观众人数，49551人。

1990-91赛季，森林狼以一场胜利开始，对手是 达拉斯小牛队 。他们用这场胜利作为新球馆标靶中心体育馆揭幕，这场球的19006张球票全部卖出。在赛季之初森林狼队起伏不定，十二月他们经历了七连败。一月份，主教练比尔·穆塞尔曼摒弃了自己原来那种小心谨慎的防守球风，采用了快攻战术。原本得分很低的森林狼队一下子得分暴增，在接下来的连续8场比赛中，他们每场球都拿下100分以上。这一举措带来了三连胜。四月，森林狼队得到7胜5负，球队历史上第一个胜多负少的月。4月4日他们创纪录的得到134分，战胜丹佛掘金队，这一纪录保持至今。赛季最后的8场比赛中他们赢了6场，最终的战绩是29胜53负，进步了7场球。坎贝尔仍然在得分榜上领先全队，场均21.8分。第二个赛季结束后，穆塞尔曼被解职。新教头吉米·罗杰斯于六月上任。

1991-92赛季，森林狼继续快速进攻的打法，不过前10场比赛中他们输掉了9场。之后，二年级的前锋杰拉德·格拉斯和1989年第二轮被选中的三年级后卫 道格·韦斯特 代替了首发阵容中老将蒂龙·科尔宾和托尼·坎贝尔的位置。科尔宾随后被送到犹他爵士队，换来6尺11寸的前锋 瑟尔·贝利 。新秀中锋卢克·朗利在1991年第七位被选中，11月30日他在同达拉斯的比赛中出场4分钟，成为第一个在NBA打球的澳大利亚人。1月份的比赛开头尚可，前六场中他们赢了三场。然而紧接着森林狼队便坠入深渊，十连败。从此这个赛季便一泻千里。从2月29日到3月29日的一个月时间他们16连败，包括一场86-112被萨克拉门托国王队完爆的比赛。三月份森林狼队经历了球队历史上最差的一个月，战绩是可怜的1胜15负。伤病袭击了这支实力既不强，又缺乏 板凳深度 的球队， 杰拉德·格拉斯 、托德·墨菲、菲尔顿·斯班瑟、兰迪·布鲁尔、汤姆·加里克和托尼·坎贝尔都受伤病困扰而只能在板凳上度日。在一败涂地之后，球队在赛季末取得了三连胜，这也是两年里全队最长的连胜记录。最后这个赛季以15胜67负收场，创下俱乐部最差的战绩。托尼·坎贝尔仍然在得分榜上领先全队，但得分也只有16.8分。道格·韦斯特投篮命中率达到51.8%，创下了球队记录。

1992-93赛季，杰克·麦克洛斯基出任森林狼队新的总经理。他们获得了1992年选秀的探花签（这也是球队历史上最高的选秀顺位），挑选了杜克大学的中锋 克里斯蒂安·莱特纳 。麦克洛斯基上台之后的另一项大交易是把“小熊”理查德森和萨姆·米切尔送到 印第安纳步行者队 ，换来查克·珀森和迈克尔·威廉姆斯。赛季开始时，他们的名单中出现了六张新面孔，并且在11月取得了4胜7负的成绩。12月球队这个月的战绩是1胜12负。森林狼队也遭受了球队历史上最惨痛的失败，他们在12月5日输给 西雅图超音速队 37分。1月11日，森林狼队换帅，希德尼·洛代替吉米·罗杰斯出任主教练。作为当时NBA最年轻的主教练，洛带领森林狼队在剩下的赛季中取得13胜40负，整个赛季战绩为19胜63负。在希德尼·洛执教下球队稍有改观，但仍然在失败的泥沼中挣扎。在2月18日以121-114战胜 萨克拉门托国王队 的比赛中，森林狼队罚中40球，创下球队纪录，其中包括莱特纳创下球队个人单场纪录的18次。1993年3月24日希德尼·洛的身份由临时教练扶正为主教练。然而球队糟糕的表现给了刚上任的主教练一个下马威，四月份他们以一个12连败开始，这是球队历史上第二场的连败。赛季末，莱特纳入选新秀第一队。

1993-94赛季，森林狼在选秀大会上用第五顺位得到了 内华达大学拉斯维加斯分校 （UNLV）的后卫伊赛亚·莱德尔。赛季之初他们就连败五场，赛季过半时成绩是14胜27负。在剩下的半个赛季中，他们仅仅取得6胜35负，最后10战尽败，以可怜的20胜62负告终。尽管他们比最差的达拉斯小牛队多胜出7场，然而在与达拉斯的六次交锋中，森林狼队居然输掉了五场。尽管球迷的热情相当高，但森林狼队险些被卖给一个投资集团，他们打算把球队迁往 新奥尔良 。NBA主管委员会对此进行投票表决，格伦·泰勒承诺将球队留在明尼阿波利斯。在新赛季开始之前，比尔·布莱尔（Bill Blair）取代了希德尼·洛，成为森林狼队新的主教练。

1994-95赛季，明尼苏达森林狼队创下了一项不光彩的NBA纪录：连续四个赛季输球场次达到60场。在初次执教NBA的比尔·布莱尔调教下，球队再次尴尬的拿到21胜61负，在中西区垫底。森林狼队无论在得分还是篮板方面都存在问题。在进攻端，他们平均每场得到94.2分，在27支队伍中排第26位，继1989-90赛季的95.2分之后再创新低。防守端，他们平均每场比对手少抢6.1个篮板，联盟倒数第一。他们是全联盟唯一一支篮板数不足3000个的球队。森林狼队被10支队伍横扫。赛季末，前 波士顿凯尔特人队 球星 凯文·麦克海尔 出任主管篮球运营的副总裁，代替退休的总经理杰克·麦克洛斯基。麦克海尔很快采取行动，在1995年选秀大会上大胆的用第五顺位选择了高中生凯文·加内特。

1995-96赛季，森林狼取得了建队以来第二好的成绩，26胜56负。12月， 菲利普·桑德斯 代替比尔·布莱尔出任森林狼队主教练。2月份，不堪忍受球队糟糕战绩的莱特纳，和肖恩·鲁克斯一起被送到 亚特兰大老鹰队 ，换来安德鲁·朗和“土豆” 斯伯特·韦伯 。这笔交易为新秀凯文·加内特扫清了成为球队领袖的障碍。森林狼队在3月份取得了8胜8负的战绩。这是球队历史上第二次在一个月中取得过半的胜率。尽管这种势头并没延续到四月份，然而球队发现了加内特的潜力，他场均得到10.4分，6.3个篮板，并且入选1995-96新秀二队。

1996-97赛季，森林狼赢了40场比赛，在三月初就早早刷新了建队以来的胜场纪录，历史上第一次闯进季后赛。尽管森林狼队首次季后赛征途是短暂的（他们第一轮就被 休斯敦火箭队 横扫），然而它重新点燃了这座城市对篮球的兴趣。赛季末加莱特离开森林狼队，以自由球员身份和 丹佛掘金队 签约。森林狼队为了避免类似的事情在加内特身上发生，不惜付出一切代价。他们和加内特签下了一纸为期六年的巨额合约。

1997-98赛季，在开季的11胜14负之后，森林狼队赢了接下来16个客场中的14场，最后取得45胜37负，比上赛季提高5场。12月23日他们依靠斯蒂芬马布里的35分和创球队记录的8个三分球，在客场战胜西雅图超音速队，从而结束了对超音速的26连败。一周以后，他们历史上首次战胜了 芝加哥公牛队 ，结束了对公牛的16连败。从1月9日到21日，森林狼取得七连胜，这也创造了球队纪录。在三月底，全队开始逆转，在最后16场比赛中取胜12场，使他们占据西区第七，成功进入季后赛。森林狼队在季候赛首轮遇到了西雅图超音速队，他们同森林狼的总战绩史32胜4负。超音速队第一场比赛大胜两天后，他们以98-93复仇，之后转战主场目标中心体育馆，又以98-90取胜。这是他们季后赛的首次胜利，森林狼队距离西区半决赛一步之遥。超音速仍然在五场比赛中得到了最终的胜利。

1998-99赛季，明尼苏达失去了他们核心三人组的三分之二，汤姆·古格里奥塔和太阳队签约，斯蒂芬·马布里被交换到新泽西篮篮网队。但凯文·加内特仍然带领着森林狼队连续第三年闯入季后赛。在 缩水赛季 中森林狼队取得了25胜25负，在季后赛第一轮败给 圣安东尼奥马刺队 。森林狼队在系列赛中的第二场获胜，这也是马刺队整个季后赛仅有的两场失利之一。

1999-2000赛季，森林狼取得建队历史上最好的50胜32负。这是他们连续第三个胜率过半的赛季，也是连续第四次闯进季后赛。森林狼队在季后赛首轮遭遇 波特兰开拓者队 ，最终以1-3告负，他们仅仅取得了系列赛中第三场的胜利，在主场目标中心体育馆以94-87战胜对手。

2000-01赛季，森林狼似乎要为生存而挣扎，他们对球队发生的事情无能为力。上赛季刚刚结束的时候，森林狼队失去了马利克·希利，他不幸在一次车祸中丧生。十月，NBA宣布前锋乔·史密斯和森林狼队的合同无效（他之后在十一月和 底特律活塞队 签约）。球队在2000-01赛季迎来了 昌西·比卢普斯 、 拉方索·埃利斯 、雷吉·斯雷特、托德·戴和后来的菲利普·洛佩斯。他们以47胜35负的成绩结束常规赛，连续第四个赛季胜率过半，并连续第五次进入季后赛的地位，并且在西区排名第八。他们47胜的战绩是有史以来第八名最好的成绩。森林狼队在第一轮遭遇圣安东尼奥马刺队，他们在第三场中取胜，但最后还是以1-3败北。森林狼队创下了建队以来主场取胜最多的纪录，他们在主场取得30胜11负。4月8日狼队在主场输给 洛杉矶湖人队 ，结束了主场10连胜，这也是球队历史上单季主场连胜纪录。

2001-02赛季，森林狼以30胜10负开始，最终以平队史纪录的50胜结束，连续第六次挺进季后赛。 ^{他们作为西区第五，在季后赛首轮遇到西区第四 达拉斯小牛队 ，然而在仅仅三场比赛之内就被小牛队解决，这是他们连续第六年在季后赛首轮就被扫地出门。}

2002-03赛季，森林狼取得51胜31负，这是球队历史上最好的成绩。这个赛季使球队连续第六年胜率过半，也使球队连续第七年出现在季后赛中。在季后赛第一轮中他们以2-4败在试图第二次卫冕的洛杉矶湖人队手下。

2003-04赛季，森林狼收罗了 拉特雷尔·斯普雷维尔 、 萨姆·卡塞尔 和 迈克尔·奥洛沃坎迪 以强化阵容。但是让这些新球员融入球队阵容起初却很艰难，森林狼在11月结束的时候仅拿到了9胜8负的战绩。12月森林狼开始成形，全月仅输2场，成为中西部分区冠军的有力竞争者。随着加内特几乎每场都贡献两双的表现，森林狼整个赛季都位居联盟最佳球队之列，加内特以24.2分13.9篮板的场均表现拿到了他的第一座最有价值球员奖杯，森林狼也以58胜24负的战绩拿到了西部头名。首轮4比1战胜掘金之后，森林狼面对的是历经季后赛检验且一心想要晋级总决赛的萨克拉门托国王队。经过队史第一次的第七场决胜战，狼队4比3战胜国王，晋级西部决赛。面对拥有“F4”的湖人，最终2比4不敌败北。

2004-05赛季，新赛季刚开始就遇到了问题，拉特雷尔·斯普雷维尔和 萨姆·卡塞尔 双双对他们的合同状况表达了不满。他们都把这种不满带到了球场上，整个赛季都表现不佳，也都比上赛季有了大幅下降，森林狼始终没能顺利前进。整个赛季胜率都在50%附近徘徊的森林狼似乎遇到了延续整个赛季的大雾，他们在1月份的最初8场输掉7场，挣扎持续到2月份，主帅菲利普·桑德斯被炒，总经理凯文·麦克海尔接手球队试图拯救这个赛季。但是奇迹没有发生，森林狼整季都继续着他们平庸的发挥，最终以令人失望的44胜38负战绩名列西北区第三名，自1996年以来第一次无缘季后赛。

2005-06赛季，森林狼聘请了新主帅德维恩·凯西，引入了一些新球员，包括将萨姆·卡塞尔送到 洛杉矶快船队 换来了 马科·贾里奇 。一开始，新球员看起来适应得很好，森林狼打出了不错的开局，前18场赢得12场。但是这未能延续下去，随后的14场比赛森林狼只赢下3场。为了寻求更多的变化，森林狼在1月26日将 沃利·斯泽比亚克 、德维恩·琼斯和迈克尔·奥洛沃坎迪以及一个未来的首轮选秀权送到波士顿凯尔特人，换来了 里基·戴维斯 、 马克·布朗特 、 贾斯汀·里德 、 马库斯·班克斯 和两个未来的第二轮选秀权。在交易完成后，森林狼并没有打得更好，在2月份打出可怕的3胜11负，季后赛希望迅速消退。他们随后以糟糕的33胜49负结束赛季，排名西南分区第4，连续第二个赛季无缘季后赛。

2006-07赛季，凯文·加内特继续作为独狼而战斗，森林狼没有多少有才华的球员帮助他。选秀日和波特兰开拓者的交易是失败的，森林狼和开拓者交换选秀权，将 布兰顿·罗伊 送出，换来了 兰迪·弗耶 。弗耶在自己的新秀赛季表现挣扎，而罗伊却极为出色，最终赢得了最佳新秀。凯文·加内特持续表达他对球队的不满，他打出了又一个不错的赛季却依然无法换来回报，球队表现挣扎而平庸，每一次强势的连胜都会被同样的甚至更长的连败所抵消。他们打到20胜20负的时候，主帅德维恩·凯西被解雇，取代他的是兰迪·威特曼。主帅的更替没能收到效果，森林狼在新帅带领下打得更差了，他们最终以糟糕的32胜50负结束了赛季，连续第三年错过季后赛。

2007-08赛季，森林狼将球队的特权球员凯文·加内特交易到 波士顿凯尔特人队 ，换来了艾尔·杰弗森、西奥·拉特利夫、 杰拉德·格林 、 塞巴斯蒂安·特尔费尔 、 莱恩·戈麦斯 和两个首轮选秀权以及现金。这是NBA历史上为交易一名球员付出的最大规模的球员和选秀权打包。总经理凯文·麦克海尔完全彻底地肢解了球队，以推倒重来。尽管杰弗森在明尼苏达的第一个赛季取得了成功，场均21分11.2篮板，但加内特留下的空缺对森林狼来说太难以填补，他们开局是糟糕的5胜34负。在赛季后半段，森林狼的表现稍微地有竞争力了一些，他们逃离了倒数第一的位置，以22胜60负结束赛季，位列西北区第四。

2008-09赛季， 艾尔·杰弗森 继续成为球队唯一的亮点，明尼苏达的其他位置全都暗淡无光。森林狼继续挣扎，在前19场比赛中输掉15场，主帅兰迪·威特曼被解雇。取代威特曼的正是聘请他的那个人， 凯文·麦克海尔 被剥夺了总经理职责，而在12月8日被任命为主帅。而森林狼赛季初从 孟菲斯灰熊队 获得了 凯文·乐福 ，场均11.1分和9.1个篮板正式宣布森林狼开始崛起。

2009-10赛季，森林狼送走了 迈克·米勒 和 兰迪·弗耶 ，从奇才换来三名球员和首轮第五号选秀权。这笔交易完成之后，森林狼已经拥有了4个首轮选秀权。他们用5号签选择了西班牙后卫 里基·卢比奥 ，6号签选中了 锡拉丘兹大学 的控卫 乔尼·弗林 ，18和28号签分别选中了 北卡罗来纳大学 的后场组合 泰·劳森 和韦恩·埃灵顿。卢比奥最终选择留在西班牙，劳森被交易给了掘金，而弗林则成为球队新赛季的正选控卫后卫。森林狼继续在低估徘徊。艾尔·杰弗森虽然健康地打满了整个赛季，但是状态一直没能恢复到受伤前的水准，新秀弗林在组织工作上也还有很大欠缺，赛季结束时，他们只收获了15场胜利，最终排名西部垫底，仅比篮网多赢3场球。

2010-2011赛季，艾尔·杰弗森被交易到爵士，凯文·乐福被扶正为首发，也迎来了他爆发的一年。 迈克尔·比斯利 正式与明尼苏达森林狼队签约，和凯文·乐福组成了森林狼恐怖的锋线。虽然森林狼战绩17胜65负，但使球迷看到了森林狼崛起的希望。凯文·乐福获得了年度 进步最快球员 奖，场均20.2分，15.2个篮板的数据使得凯文·乐福挤入一流大前锋行列。连续两双的纪录达到53场，勒夫取代了前辈 摩西·马龙 所创造的连续50场比赛拿到两双的记录。

2011-12赛季，缩水赛季。这个赛季森林狼迎来了他们赛两个赛季前选到的在欧洲赛场上才华横溢的天才金童，里基·卢比奥，签下了J.J·巴里亚，在选秀夜用榜眼签签下了 德里克·威廉姆斯 ，以及 凯文·乐福 和 尼科拉·佩科维奇 的成长。麦克海尔卸任离开狼队， 里克·阿德尔曼 成为了森林狼的新主帅。但是在2012年3月9日主场与湖人的比赛中，卢比奥膝盖被科比撞伤，赛季报销。森林狼的伤病名单开始暴增，战绩一路下滑，最终仍旧无缘了季后赛。 ^{里基·卢比奥}