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《宝可梦特别篇》是日下秀宪负责剧本，
真斗
、
山本智
担任作画的漫画。
[1-2]
于
小学馆
旗下的杂志《小学四·五·六年生》1997年4月号起开始连载，后移刊至《COROCORO一级棒》上连载。
[3-4]
系列原作为日下秀宪，其前9卷由真斗作画。后真斗因病而不能继续参与创作，山本智接手系列的作画工作，此后一直持续。截止2020年7月最新章节是“剑·盾篇”。全部章节加起来已经连载了500回以上。
宝可梦特别篇的剧情围绕着主系列游戏的剧情展开，包括了漫画主人公在游戏对应地区历险、挑战地区道馆、参加宝可梦联盟、与地区中
传说的宝可梦
们邂逅的故事。
截至2019年4月26日，
漫画单行本
累计发行量已经突破1200万部。
在创作这一系列时，本着让读者在阅读这一系列漫画作品时拥有一种自己在玩
电视游戏
的感觉的理念，日下秀宪一直尝试着在作品中加入一些令人惊讶、令人激动的元素。漫画的很多设定，例如漫画中人类创造出的武器、栖息地等都来源于游戏。日下秀宪对漫画最大的期待就是让宝可梦们变得更加有吸引力，让读者更加喜爱他们。 为了忠于原作，日下秀宪也一直尝试着平衡训练家和宝可梦们的数目。
第10册之后的作画山本智评论说，在他刚刚接手漫画系列的作画工作时，他几乎不了解，但他依旧专注于克丽丝塔儿这一角色的绘画。 在一年后，他逐渐对日下秀宪的故事感到惊讶，并向要让自己的绘画给读者带来更好的第一印象。 在漫画系列的前四章中，山本智提到一些在丰缘地区发生的灾难是取材于自己喜欢的恐怖片和怪兽电影。
特别篇主要描述了各个地区训练家和宝可梦邂逅的故事。其中涉及不断被引入的新人训练家、传说宝可梦、馆主和冠军、反派等，在很大程度上与游戏系列相对应。故事被分为章节、章节下再分为回数。
不包括
重制版
游戏，特别篇的21个主角的名字是来自于主要的21款游戏，而他们冒险的地区是以这些游戏的地区为主。与动画花大量篇幅阐述
传说的宝可梦
难以被捕捉的情况不同，特别篇会出现捕捉传说的宝可梦甚至使用它们的情况，这点来说和游戏是非常相似的。同时漫画中偶尔也会出现角色或宝可梦死亡这样的消极情况，但总体来说特别篇的格调还是相当积极的。
赤红
（レッド）
战斗之人
。第一位主人公，第九届冠军。最初是一名冲动的年轻训练家，在旅程中渐渐成熟。在第五章结局中被石化。在第六章中被米拉特、克丽丝塔儿、阿金解除石化。在后来的冒险中,赤红普遍被同好视为图鉴持有人的领导者。
赤红是一位热血的战斗少年，性格正直勇敢、不畏艰险、富有奋斗精神，但起初比较感情用事与自负，曾经说过“打败处于劣势的对手并不值得骄傲”。后来他的性格逐渐成熟，自负的心态也逐渐消失无踪，即使偶尔会情绪过激或略显胆怯，最终都能重新恢复成他正常的模样。
拥有宝可梦：妙蛙（妙蛙种子→妙蛙草→妙蛙花→超级妙蛙花），皮卡（皮卡丘），蚊香（蚊香蝌蚪→蚊香君→蚊香泳士），卡比（卡比兽），暴鲤（暴鲤龙），翼龙（化石翼龙），阿布（伊布→太阳伊布），多力（尼多力诺），阿鼠（地鼠），穿山（穿山鼠），大嘴雀，喇叭芽，尼多王，尼多后，喇叭芽，口呆花，大食花，蛋蛋，派拉斯特。
登场章：
第一至三章、第五至六章
登场单行本：
1~4，6~7，9~11，13~15，23~26，29
青绿
（オーキド・グリーン）
培育之人
。头脑冷静，是赤红的劲敌。他们的关系在旅程中不断改善。青绿的初学者宝可梦是小火龙。青绿极为擅长培育宝可梦。曾在第九届联盟第二名。在第三章就任常磐道馆馆主。后来在第五章结局中被石化。在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。
青绿对待所有的事情都保持着严肃冷静，对待宝可梦训练很认真。在他还小的时候，师从城都湛蓝市的道馆馆主阿四，因而有一定的尚武精神。
拥有宝可梦：
小火龙→火恐龙→喷火龙，飞天螳螂→巨钳螳螂，哥达鸭，豪力→怪力，大比鸟，九尾，多边兽→多边兽2型，钻角犀兽→超甲狂犀，胡地，风速狗，椰蛋树，南瓜精。
登场章：
第一至三章、第五至六章
登场单行本：
1~7，9，12~15，23~26，29
碧蓝
（ブルー）
进化之人
。真新镇出生的少女，在5岁时曾被戴面具的男子用凤王抓走，后逃出来。原本是穿着黑色连身裙，于火红、叶绿篇换上全新的服装。个性机智、有点容易得意忘形。后来在第五章结局中被石化。 在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。
碧蓝是一位身材姣好的少女，性格聪明狡猾、调皮开朗。她擅长偷窃、变装、机械改造与开发，经常在作战时利用各种细致的调查和花招来愚弄敌人。她有收集饰品（特别是耳环）和漂亮的靴子的私人爱好。
碧蓝的形象来自于杉森建所绘制的《任天堂官方指南 宝可梦 改订版》封面图片中，使用杰尼龟的女性训练家。
拥有宝可梦：小龟（杰尼龟→卡咪龟→水箭龟），胖丁→胖可丁，小皮（皮皮→皮可西），小百（百变怪），小墨（墨海马），小尼多（尼多娜→尼多后），布鲁→ 布鲁皇，凯西。
登场章：
第一至三章、第五至六章
登场单行本：
2~3，5~7，13~15，23~26，29
小黄·代·常盘丁香
（イエロー・デ・トキワグローブ ）
治愈之人
。小黄是十年一遇的能够继承常青森林能力的少女。她是常青森林的馈赠，拥有可以了解宝可梦心情和治愈它们伤口的特殊能力。本来她在常青市过着极其普通的生活，与赤红相遇后命运发生了重大的转变。为了寻找在四天王的对战中失踪的赤红，她开始带着皮卡踏上了旅程，并且隐瞒自己为女性的身份向各种艰难的战斗发起挑战。不擅长收服宝可梦，也不喜欢让宝可梦战斗。后来在第五章时,由赤红将图鉴交给小黄，并在结局中被石化。在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。
拥有宝可梦：
丘丘 （皮卡丘），小拉拉（小拉达→拉达），小嘟嘟（嘟嘟→嘟嘟利），小毛虫（绿毛虫→铁甲蛹→巴大蝶），小菊石（菊石兽→多刺菊石兽），小隆隆（隆隆石→隆隆岩）。
登场章：
第一至三章、第五至六章
登场单行本：
3~7，11~15，24~26，29
阿金
（ゴールド）
孵化之人
。阿金在若叶镇出生，家里住着很多宝可梦，和它们如同家人般的生活在一起，被若叶镇的人称为“宝可梦少年”。个性草率又冒失，但是爱护宝可梦的心却不输给其他人。从空木博士那得到火球鼠。第六章里与克丽丝塔儿受命协助解除赤红等人五位图鉴所有者的石化。之后在第九章里受渡所托平息阿尔宙斯的怒火。
拥有宝可梦：
爆太郎（火球鼠→火岩鼠→火暴兽），尾太郎（长尾怪手→双尾怪手），蚊香太郎（蚊香蝌蚪→蚊香蛙→蚊香蛙皇），向日太郎（向日种子→向日花怪），胡太郎（树才怪），巨翅太郎（巨翅飞鱼+铁炮鱼），波克太郎（波克比→波克基古→波克基斯），皮丘。
登场章：
第三章、第六章、第九章
登场单行本：
8，9，12~15，28~29，41—43
小银
（シルバー）
交换之人
。阿银是阿金的劲敌，曾被戴面具男子抓走，后和碧蓝一块逃离，之后并一直从旁协助碧蓝，查出事情的真相。个性冷静，战斗实力强。从空木博士那里偷走小锯鳄，也从大木博士那偷走一个新图鉴。在火红、叶绿篇时被确认是坂木的儿子，并在结局中被石化。在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。
小银是一位性格冷酷、少言寡语的少年。由于背负着沉重的过去，他不喜欢与别人一起共同行动。在遇到阿金及克丽丝塔儿后，小银的这一性格逐渐有所改善。
拥有宝可梦：小锯鳄→蓝鳄→大力鳄，狃拉→玛狃拉，黑暗鸦→乌鸦头头，海刺龙→刺龙王，圈圈熊，暴鲤龙。
登场章：
第三章、第五至六章、第九章
登场单行本：
8~9，12~15，22，24~26，29，41~43
克丽丝塔儿
（クリスタル）
捕获之人
。水晶是大木博士为了完成图鉴内容找来的捕获专家。她的性格非常认真、执着，尤其是在捕获宝可梦的时候；但有时会显得十分害羞。擅长使用各式各样的精灵球,其实力甚至被传说中的宝可梦水君所肯定。于第三章结局完成大木博士完成图鉴的任务。在第六章里与阿金受命协助解除赤红等人五位图鉴所有者的石化。
拥有宝可梦：大菊蹦跳（菊草叶→月桂叶→大竺葵），风速蹦跳（风速狗），天然蹦跳（天然雀→天然鸟），可拉蹦跳（卡拉卡拉），派拉蹦跳（派拉斯特），艾比蹦跳（快拳郎），迷唇蹦跳（迷唇娃），吸盘蹦跳（魔墙人偶）。
登场章：
第三章、第六章、第九章
登场单行本：
10~15，27~29，41~43
路比
（ルビー）
展魅之人。
路比是橙华道馆馆长千里的儿子，从城都地区搬到丰缘地区，为了挑战华丽大赛而离家出走。虽然很着重外表，但其隐藏的战斗力不可小觑。从小田卷博士那得到水跃鱼。及后与莎菲雅协助平息丰缘地区的两只超古代宝可梦争斗。在第六章与沙菲雅到边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。
作为一名协调训练家，路比痴迷于美丽的事物与宝可梦华丽大赛，并且对于缝纫、化妆以及打扮宝可梦相当在行，同时也擅长判别宝可梦的性格，并利用相应颜色口味的宝可方块来引诱宝可梦。另一方面，拥有熟练对战招式的他，初期却不喜欢让人看到他战斗的样子。路比有一定程度的洁癖———他不喜欢让他或他的宝可梦弄得肮脏。
拥有宝可梦：祖祖（水跃鱼→沼跃鱼→巨沼怪），娜娜（土狼犬→大狼犬），可可（向尾喵→优雅猫），鲁鲁（拉鲁拉斯→奇鲁莉安→沙奈朵），米米（丑丑鱼→美纳斯），泡泡（漂浮泡泡），正电拍拍。
登场章：
第四章、第六章
登场单行本：
15~22，27~29
小田卷莎菲雅
（オダマキ・サファイア）
极尽之人。
莎菲雅是小田卷博士的女儿，从父亲那得到火稚鸡，看似十分野性，其实原先是个温柔的少女；她以得到丰缘地区的所有道馆的徽章为目标而和路比定下了为期80天的约定；及后与路比协助平息丰缘地区的两只超古代宝可梦争斗；在第六章与路比到战斗边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。
作为小田卷博士的女儿和助手，莎菲雅认为自然的东西无需雕琢是最好的。她喜欢爬树，喜欢在大自然之中自由自在的生活，并经常帮父亲在野外研究，甚至在开始冒险前没有穿衣服而只穿着一身树叶。由于幼年发生的暴飞龙事件，她的性格变得野性、泼辣、略显傲娇。她的个性非常强烈，在路比做出让她伤心的事情的时候会选择毅然离开他，但他们总会重新回到一起。
拥有宝可梦：稚稚（火稚鸡→力壮鸡→火焰鸡），多拉拉（可可多拉→可多拉→波士可多拉），艾鲁鲁（吼鲸王），弗多多（顿甲），特罗罗（热带龙），基拉拉（古空棘鱼），负电拍拍，奇鲁鲁（艾路雷朵）。
登场章：
第四章、第六章
登场单行本：
15~22，27~29
米拉特
（エメラルド）
平息之人。
米拉特是真正的丰缘地区第三个图鉴的拥有者（因第四章图鉴曾被小光拿去）。额头上的“绿宝石”是原先协会打算人工制造作为控制烈空座的媒介——“翠色宝珠”。为了追随水晶而向大木博士自荐成为图鉴拥有者，并在第六章获得向基拉祈“许愿”的任务。有能在一瞬间看出出生地的本领，并且用身上携带的土令宝可梦冷静下来的特技。
米拉特是一名孤儿，从小因为身材矮小而被人欺负，只有宝可梦愿意帮助他。因为不愿让宝可梦被人嘲笑是自己的“手脚”，他一度宣称“不喜欢宝可梦，只喜欢宝可梦对战”来欺骗自己。后来在决战过程中终于对大家敞开心扉。
拥有宝可梦：
蜥蜴王，彷徨夜灵，树才怪，魔墙人偶，卡比兽，巨翅飞鱼
登场章：
第六章
登场单行本：
26~29
戴亚蒙德
（ダイヤモンド）
感受之人。
作为相声演员，戴亚蒙德他在与帕尔的相声表演中充当发呆役。在帕尔认真起来的时候，有时会用戴亚蒙德的全名来称呼他。戴亚经常表现出傻乎乎的样子，并且总是和他的宝可梦们在一起不停地吃东西和睡觉，和总是干劲十足的帕尔形成强烈的反差。然而在提到和食物有关的事情时，他就会认真起来，并且他还是制作宝芬的专家。尽管看起来非常迟钝，但其冷静的性格却使他有着非同一般的洞察力，往往会最早发现一些不起眼的小细节，这一点使得他在后面的对战中经常出奇制胜。
拥有宝可梦：
阿龟（草苗龟→树林龟→土台龟），阿比（小卡比兽），阿龙（盾甲龙→护城龙），阿舌（大舌舔），阿猪（象牙猪），阿奇（雷吉奇卡斯）。
登场章：
第七至八章
登场单行本：
30~40
帕尔
（パール）
立志之人。
帕尔和戴亚蒙德从小时候起就是朋友，聪明、机灵而且元气十足的他和同伴戴亚蒙德形成鲜明对比，虽然帕尔经常骂戴亚蒙德和打戴亚蒙德，但他十分珍惜与戴亚蒙德的友谊。不过帕尔有时的急躁也会让他们陷入麻烦之中。在与戴亚蒙德的相声表演中，帕尔一般是逗哏。由于从小接受爸爸的熏陶，帕尔具有幽默的性格。
帕尔总是以活泼好动的形象示人，聪明、机灵而且干劲十足的他和同伴戴亚蒙德形成鲜明对比。他的父亲是神奥开拓头脑桄榔，基于一直以来对父亲的学习，他的宝可梦对战常识也是三人之中最多的。
拥有宝可梦：
小火彦（小火焰猴→猛火猴→烈焰猴），聒噪彦（聒噪鸟），伦琴彦（伦琴猫），泳气彦（泳圈鼬），地鼠彦（地鼠），泰罗彦（肯泰罗）。
登场章：
第七至八章
登场单行本：
30~40
普兰汀娜·贝尔里慈
（プラチナ・ベルリッツ）
知晓之人。
普兰汀娜·贝尔里慈于出身的贝尔里慈家族是神奥地区最富有的家族，所以她的名字很少被公开，在许多场合被称为大小姐。贝尔里慈家族素有一定年龄的少年登上天冠山顶收集矿物打造家徽的传统。在普兰汀娜开始收集矿物的旅行之前，她与父亲都是真砂镇山梨博士的助手，学习的经历让她对宝可梦有了充分的了解。
普兰汀娜是贝尔里慈家族的千金小姐，学识渊博，举止谈吐都展现着高雅的气质，不过在开心的时候有时反而会略显矜持，偶尔也会显露出小女孩单纯天真的秉性。她十分珍视自己与戴亚蒙德和帕尔之间相遇的缘分，把他们称为守护自己的两位骑士。
拥有宝可梦：
波加曼→波皇子→帝王拿波，小火马→烈焰马，长耳兔，雪妖女，帕奇利兹，樱花儿。
登场章：
第七至八章
登场单行本：
30~40
布莱克
（ブラック）
追梦之人。
布莱克从小立志要战胜合众地区联盟的所有馆主、四天王和冠军。在发生情况时，他总会用梦蚀的招数“食梦”来清空自己的大脑，并在大脑中出现许多棋盘格，产生敌人的形状，判断方向以来攻击。因为第一次出场时，怀得正在拍摄电影，恰好有一只电蜘蛛捣乱，布莱克搞定了它，却被怀得告知他要赔偿她50倍的修理费，被迫成为“BW"摄影社的社员，跟随怀得四处旅行演出。
布莱克个性积极进取、主动向上，是个能为目标而奋斗的努力少年。但有时会因为受困于梦想而显得冲动急躁。性格踏实、有计划性，对想要完成的事都会先行调查，以做好事前准备。例如为了顺利获得参加联盟的资格，在挑战道馆之前，他会收集了各个道馆馆主所善于使用的属性与战术等资讯，以便制定对策。
拥有宝可梦：
武王（暖暖猪→炒炒猪→炎武王），勇士（毛头小鹰→勇士雄鹰），梦蚀（食梦梦→梦梦蚀），蜘蛛（电蜘蛛），海龟（原盖海龟→肋骨海龟）。
登场章：
第十章
登场单行本：
43~51
怀得
（ホワイト）
追梦之人。
怀得是“BW事务所”的社长，在一次拍摄过程中，因偶然遇见布莱克，且他有一只雄的暖暖猪，于是留下他来协助拍摄，因为一只电蜘蛛的捣乱，使布莱克出手击败了它，但却破坏了拍摄现场，怀得只好收他为社员，但布莱克要赔偿怀得50倍的修理费，于是两人踏上了在合众地区的旅程。
怀得是一位十分优秀的宝可梦演艺管理人员，社会工作能力很强，但起初对宝可梦对战完全一无所知。后来因为受到Ｎ的打击，她下决心通过特训锻炼自己，并逐渐培养成为一名合格的宝可梦训练家。她对待演艺方面的工作很认真，但工作之外的她更像一位天真的邻家少女，有时会显出自己柔弱的一面，有时还会对布莱克闹一些小脾气，但很快又能重新恢复正常的样子。
拥有宝可梦：
猪猪（暖暖猪），阿曼达（青藤蛇→君主蛇），桃乐丝（泥巴鱼），单宝（单卵细胞球→双卵细胞球），兰茜（保母曼波），洁西卡（四季鹿），芭芭拉（秃鹰丫头）
登场章：
第十章
登场单行本：
43~51
黑次
（ラクツ）
逮捕之人。
黑次是国际警察的警视，任务为寻找等离子队的队员。黑次具有明显的双重个性：他在一般人面前是一名爱说爱笑的普通少年，不断地跟所有的女孩调情，挑逗着他周围的女孩；而当他作为国际警察工作的时候，他会回复原本的性格，对人相当严肃认真，忠于自己的职责，在禁欲主义的自我管理下，随时保持能应付任何突发状况的万全准备。
拥有宝可梦
：双刃丸、盖诺赛克特、凯路迪丸（凯路迪欧）、化石盔丸（镰刀盔）、蝎王丸（天蝎王）、盖盖虫 → 骑士蜗牛。
登场章：
第十一章
登场单行本
：52~
白慈
（ファイツ）
解放之人。
白慈曾经是等离子队手下之一，现已离队，但仍对Ｎ有很深的挂念。由于自己的特殊身份，她的外在个性比较谨慎胆怯，对宝可梦图鉴有一些抵触情绪。她在众人面前的时候，经常会为了掩饰自己而显得有些局促、害羞，但在独处时有时会展现出自己天真烂漫的真实的一面。
拥有宝可梦
：敏捷虫、哎呀球菇
登场章：
第十一章
登场单行本
：52~
艾克斯
（エックス）
卧藏之人。
艾克斯是一位性格孤僻、懒散，难以接近他人的少年。幼时是非常厉害的训练师，由于一次失败后被大人们所批判，便变得萎靡不振，后因为伙伴而逐渐振作起来。
拥有宝可梦
：袋兽、小袋兽、布里卡隆、雷电兽、耿鬼、凯罗斯、喷火龙（小火龙→火恐龙→喷火龙）。
华依·纳·卡贝娜
（ワイ・ナ・ガーベナ）
翱翔之人。
华依是一位性格爽朗、不拘小节的少女。她具有很强的领导才能，是她们五人团队的领袖。她的梦想是成为一名出色的天空训练家。艾克斯的青梅竹马，外表美丽动人，性格有些急躁，希望自己可以让艾克斯振作起来而在为之努力着，后期剪成短发。
拥有宝可梦
：火箭雀、独角犀牛、甲贺忍蛙、仙子伊布、阿勃梭鲁、哲尔尼亚斯。
昇阳
（サン）
储蓄之人。
昇阳介绍自己为
搬运家昇阳
，急需凑到一亿元，并且为此参与了多份打工。他是一位开朗乐观的少年，不过在保护自己运送的货物时显得很认真。
昇阳平常的行事风格比较随意，把库库伊博士称为他的朋友，甚至会与博士一同打闹。昇阳具有一定的对战实力，但与打工赚钱相比，他对宝可梦对战并不是非常热衷，甚至显得有些懒散。不过如果能通过对战来赚钱，他就会变得充满干劲。他在满月面前表现出了足够的热情与正直的一面，不过他过于随性的表现也经常受到满月的吐槽。
拥有宝可梦
：喵喵（阿罗拉的样子）、炽焰咆哮虎、弱丁鱼、谜拟丘、好胜毛蟹、垒磊石。
满月
（ムーン）
调合之人。
满月是一位药剂师，擅长多种治疗技术。她很喜欢毒属性宝可梦。她是学者家族出身，重视知识和实践。满月在毒方面的研究很有天份，年幼时经常胡乱用自己和宝可梦试毒而搞垮了身体，收到家人的担忧，但最后还是取得了相关名誉。她还是一名出色的射箭手，由于特别理由不派宝可梦去取树果，而是使用弓箭射下治疗所需的树果。她作为药剂师经常对宝可梦与人类进行调养，待人比较温柔，易于亲近，举止也很得体。但她同时还是一位勇敢的女孩，拥有帮助别人的意愿并且不怕危险；而且她似乎不容易受到欺骗，在遇见骗局时还会勇敢揭穿。
拥有宝可梦
：强颚鸡母虫 → 虫电宝、好坏星、臭泥 → 臭臭泥（阿罗拉的样子）、木木枭 → 投羽枭 → 狙射树枭。
剑创人
（剣 创人）
剑创人是一名宝具巧匠，专长为修理宝可梦身上持有的道具。剑创人和盾·席尔德米莉雅一起协助木兰博士进行研究，在得到了丹帝的推荐函后，开始挑战道馆。
拥有宝可梦
：葱游兵、啪咚猴、铁骨土人、智挥猩。
盾·席尔德米莉雅
（盾たてシルドミリア）
拥有宝可梦
：炎兔儿 → 腾蹴小将、刺梭鱼、颤弦蝾螈、冰砌鹅、泥巴鱼、列阵兵。
科拿
（カンナ）
关都四天王首次登场是在赤红与青绿进行最后对战的时候。在第二章中，他们作为反派，并称火箭队、阿桔、马志士、夏伯和赤红等主角三人一组才能打败其中一人。他们的意图是收集关东地区的八个训练师徽章，获得洛奇亚的力量，建造适合宝可梦生存的理想之乡。计划失败后随即解散。
拥有宝可梦
：白海狮、刺甲贝、迷唇姐、呆壳兽、呆呆王、拉普拉斯、大舌贝。
希巴
（シバ）
关都四天王首次登场是在赤红与青绿进行最后对战的时候。希巴挑战赤红，并与其势均力敌，击败了赤红的蚊香泳士同时令皮卡丘和暴鲤龙负伤。其后，希巴的同伴菊子和科拿现身，并自称他们为关都四天王和说出他们的目的是要把人类消灭，而只留下宝可梦和优秀的训练员，之后更邀请赤红加入他们，但赤红拒绝了而被科拿冰封了起来。 在赤红现身后，进一步解放怪力的力量与赤红对决，落败后转身离开，途中救了差点掉进毒潭的阿桔，之后退出了关都四天王。 在金银篇与阿桔一起登场，并为赤红和青绿指引往桐树林与碧蓝会合。假面男被打败之后，和阿桔、一树以及梨花结为同盟。后来他们以城都新四天王的身份在心金·魂银篇登场。
希巴把精灵球镶在双截棍上，并以力量高速投出，借此缩短放出宝可梦的时间。
拥有宝可梦
：飞腿郎、大岩蛇、快拳郎、怪力、无畏小子、腕力。
菊子
（キクコ）
关都四天王首次登场是在赤红与青绿进行最后对战的时候。在第二章中，他们作为反派，并称火箭队、阿桔、马志士、夏伯和赤红等主角三人一组才能打败其中一人，也是最年长的成员，她的专长属性是幽灵属性。
拥有宝可梦
：鬼斯、鬼斯通、耿鬼、阿柏怪、大嘴蝠。
阿渡
（ワタル）
阿渡
是关都四天王的统帅，同时是第二章的最终反派。阿渡和小黄一样出生于常青市，受到了常青森林十年一遇的馈赠，拥有可以了解宝可梦心情和治愈它们伤口的特殊能力。
拥有宝可梦
：化石翼龙、哈克龙、鲤鱼王→暴鲤龙、迷你龙→哈克龙→快龙、沙基拉斯→班基拉斯、墨海马。
阿桔
（キョウ）
阿桔曾是火箭队三干部之一，曾是浅红市道馆馆主。 阿桔曾经前往双子岛捕捉急冻鸟，并在几番波折之后成功。 苏芳岛决战之后被希巴所救。 和青绿有很深的羁绊。 假面男被打败之后，阿桔和曾经都是邪恶组织成员的希巴、一树以及梨花结为同盟。后来他们以城都新四天王的身份在心金·魂银篇登场。
拥有宝可梦
：独角犀牛→钻角犀兽、鬼斯、阿柏怪、大嘴蝠、臭泥、阿柏蛇、臭臭泥、双弹瓦斯、瓦斯弹、毒刺水母。
一树
（イツキ）
城都四天王在第三章末尾组成。其由能力杰出的、先前隶属于邪恶组织的训练家们组成。奇怪的华服和覆盖眼睛的面具是一树的标志。在特别篇里，他是柳伯的徒弟。
拥有宝可梦
：天然雀→天然鸟、椰蛋树。
梨花
（カリン）
城都四天王在第三章末尾组成。其由能力杰出的、先前隶属于邪恶组织的训练家们组成。擅长使用恶属性宝可梦，拥有性感迷人的身材和容貌。在特别篇里，她是柳伯的徒弟。
拥有宝可梦
：伊布→月亮伊布、黑暗鸦、黑鲁加。
米可利
（ミクリ）
米可利是琉璃道馆的道馆馆主，亚当的徒弟，主角路比的师傅。是个具有强大实力，却同时也热爱华丽大赛的训练家。
与茵郁市道馆馆主娜琪似乎曾是恋人关系，米可利曾为了她放弃了成为冠军的机会而去当道馆馆主，但后来两人却因为某事疏远了。
拥有宝可梦
：海魔狮、爱心鱼、鲶鱼王、金鱼王、珍珠贝。
芙蓉
（フヨウ）
丰缘四天王是由丰缘联盟，名次仅次于冠军的四人所组成。丰缘四天王及两位冠军在第四章中登场，擅长使用幽灵属性宝可梦，是送神火山两夫妇的孙女。芙蓉习惯用亲热的方式称呼别人。
拥有宝可梦
：彷徨夜灵。
波妮
（プリム）
波妮在
VS盖欧卡&固拉多XIII
中首次登场。为了阻止固拉多和盖欧卡争斗，她前往小岛横穴尝试解开雷吉艾斯的封印，但没有成功。直到大吾解开点码信息，解除了传说的巨人的封印后，波妮才成功地唤醒了雷吉艾斯。之后她与芙蓉一起控制雷吉艾斯，阻止灾难继续下去。
在四年后的Ω红宝石·α蓝宝石篇中，波妮应大吾的请求来到琉璃市参加对抗超巨大陨石的作战。
拥有宝可梦
：海豹球、雪童子、冰鬼护。
花月
（カゲツ）
丰缘四天王是由丰缘联盟，名次仅次于冠军的四人所组成。丰缘四天王及两位冠军在第四章中登场，恶属性专家。
拥有宝可梦
：猫鼬斩。
源治
（ゲンジ）
源治在
VS盖欧卡&固拉多XIII
中首次登场，他是丰缘四天王的一员。为了阻止固拉多和盖欧卡的争斗，源治前往古代坟墓，试图用他的甲壳龙解开雷吉斯奇鲁的封印。大吾在莎菲雅的帮助下唤醒传说的巨人后，源治和花月一同控制雷吉洛克。大吾死后，传说的巨人摆脱了他们的控制逃走了。
拥有宝可梦
：宝贝龙→甲壳龙 。
大吾
（ツワブキ・ダイゴ）
大吾是丰缘地区的前冠军，之后他将冠军职位交给了米可利，同时也是石头收集人。大吾在
VS朝北鼻II
首次登场。身为丰缘地区的冠军，大吾注意到了近来熔岩队和海洋队的动向，希望能召集有实力的训练家一起对抗两个组织。
拥有宝可梦
：铁哑铃、金属怪、巨金怪。
嘉德丽雅
（カトレア）
合众四天王和阿戴克在布莱克表示要打败他们时首次登场。但他们从未在主角面前以一个集体的形式出现。嘉德丽雅首次登场于
VS长耳兔
中，帅哥大喊“大小姐”时被路过的嘉德丽雅听到了，嘉德丽雅误以为帅哥是在叫自己，但帅哥想要上前解释时却遭到了保护嘉德丽雅的艾路雷朵的攻击，衣服都被艾路雷朵弄破了。
拥有宝可梦
：哥德小姐。
越橘
（ギーマ）
合众四天王和阿戴克在布莱克表示要打败他们时首次登场。但他们从未在主角面前以一个集体的形式出现，合众地区的恶属性专家。
拥有宝可梦
：劈斩司令。
婉龙
（シキミ）
合众四天王和阿戴克在布莱克表示要打败他们时首次登场。但他们从未在主角面前以一个集体的形式出现，女作家，并且认为有足够的积累才能写出优秀的小说。
婉龙首次登场于
风雷 VS龙卷云&雷电云
，她正在行驶的对战地铁上写小说，她边写口中边念叨被
怀得
听见了，这让她觉得很不好意思。
拥有宝可梦
：胖嘟嘟、泥偶巨人、水晶灯火灵。
阿戴克
（アデク）
合众四天王和阿戴克在布莱克表示要打败他们时首次登场。但他们从未在主角面前以一个集体的形式出现，本人以训练师的身份在二周目接受主角挑战。
拥有宝可梦
：爆炸头水牛、敏捷虫、骑士蜗牛、双倍多多冰。
连武
（レンブ）
合众四天王和阿戴克在布莱克表示要打败他们时首次登场。但他们从未在主角面前以一个集体的形式出现，阿戴克的弟子，不过不怎么听师父的话。
连武首次在
铁道 VS投射鬼&打击鬼
中登场，他在雷文市游乐园的摩天轮下发现了昏厥不醒的怀得，出于好心打算帮她扛到附近的医院。
拥有宝可梦
：投摔鬼、打击鬼、师父鼬、修建老匠。
悟松
（ゴヨウ）
神奥四天王是由神奥地区的联盟赛，名次仅次于冠军的四人所组成。他们中首个出现的是四天王大叶。其余人物在第八章被协会主席找来，标准的读书迷，经常抱着书看，但总能在接受挑战前看完。
悟松、菊野和阿柳在
VS波克基斯
中出现，他们在宝可梦协会的行政大楼的资料区查询戴亚蒙德从冥王那里偷来的包中笔记本里记载着的传说的宝可梦和幻之宝可梦资料，想要来找出关键信息好阻止冥王接下来的行为。
足迹博士
提到，悟松拥有快速阅读的能力，这从他很快就能解读完阿柳和菊野找出的和冥王笔记本上相关的传说宝可梦和幻之宝可梦的相关书籍也可以见得。
拥有宝可梦
：麒麟奇。
大叶
（オーバ）
神奥四天王是由神奥地区的联盟赛，名次仅次于冠军的四人所组成。他们中首个出现的是四天王大叶。其余人物在第八章被协会主席找来，擅长火属性宝可梦。大叶与电次进入毁坏的世界，两人与骑拉帝纳展开战斗。
拥有宝可梦
：鸭嘴炎兽。
菊野
（キクノ）
神奥四天王是由神奥地区的联盟赛，名次仅次于冠军的四人所组成。他们中首个出现的是四天王大叶。其余人物在第八章被协会主席找来，关都四天王菊子的妹妹。
菊野、悟松和阿柳在
VS波克基斯
中出现，他们在宝可梦协会的行政大楼的资料区查询戴亚蒙德从冥王那里偷来的包中笔记本里记载着的传说的宝可梦和幻之宝可梦资料，想要来找出关键信息好阻止冥王接下来的行为。据菊野表示，身为一名年纪大的四天王，也没听过笔记本里记载的一些宝可梦。菊野还对冥王无论如何都要统治世界的野心发出哀叹。之后，菊野、悟松和阿柳找到资料后就前去找戴亚，并告诉戴亚和足迹博士自己已经解读了大部分，戴亚如果有疑问可以联络他们。
拥有宝可梦
：河马兽。
阿柳
（リョウ）
神奥四天王是由神奥地区的联盟赛，名次仅次于冠军的四人所组成。他们中首个出现的是四天王大叶。其余人物在第八章被协会主席找来，擅长虫属性。
阿柳、悟松和菊野在
VS波克基斯
中出现，他们在宝可梦协会的行政大楼的资料区查询戴亚蒙德从冥王那里偷来的包中笔记本里记载着的传说的宝可梦和幻之宝可梦资料，想要来找出关键信息好阻止冥王接下来的行为。之后，菊野、悟松和阿柳找到资料后就前去找戴亚，并告诉戴亚和足迹博士自己已经解读了大部分，戴亚如果有疑问可以联络他们。
拥有宝可梦
：龙王蝎。
竹兰
（シロナ）
神奥四天王是由神奥地区的联盟赛，名次仅次于冠军的四人所组成。他们中首个出现的是四天王大叶。其余人物在第八章被协会主席找来，外表十分端庄娴淑，看似冰山美人，实际上个性温柔不骄傲，完全没有强者的架子。
竹兰在
VS罗丝雷朵I
中首次登场。她正在调查自行车店老板失踪的真相，正好目睹了普兰汀娜一行人在银河百代大厦附近的草地上为接下来的道馆战而作的训练，并发现了波加曼、小火彦、阿龟将要同时进化的事实。
拥有宝可梦
：尖牙陆鲨→烈咬陆鲨、花岩怪、美纳斯。
坂木
（サカキ）
坂木是以关都地区为据点，暗中活动的秘密组织火箭队的组织者。同时也是常青市的前任道馆馆主，专长是地面属性的宝可梦，人称“大地之坂木”。在对战中，坂木反应迅速，能针对各种情况做出妥当的分析。在本作中，坂木不止实力高深莫测，亦有将身平经验所著成书以传授后人的广阔胸怀。在他身上蕴含着若隐若现的宗师风范，形象和游戏中大致相同。然而特别篇中的坂木更加残酷，比如在乔装试探赤红时，他利用刺甲贝的冰属性招式残忍的分裂鸭嘴火兽的躯体。此外他的下属还包括了马志士、阿桔、娜姿三位道馆馆主。
拥有宝可梦
：独角虫→铁壳蛹→大针蜂、刺甲贝、隆隆岩、尼多后、尼多王、三地鼠、独角犀牛、钻角犀兽、叉字蝠、波士可多拉。
赤焰松
（マツブサ）
赤焰松是以丰缘为据点，暗中活动的秘密组织熔岩队的首领。性格与水梧桐对比鲜明，自由奔放大胆。实力难以忽视，与水梧桐势均力敌。赤焰松企图操纵固拉多增加陆地面积，却被操控用的宝珠控制。在脱离了宝珠的控制之后，决定与水梧桐一起打倒面前所有的阻碍征服世界。要求手下称呼他为“头目”。特别篇中的赤焰松同样致力于唤醒固拉多、增大陆地的面积，但是相比游戏，特别篇中的赤焰松更加狡猾，派手下从送神火山那里抢到了两颗宝珠，在夺得潜水艇后选择了跟水梧桐合作到达海底洞窟。
拥有宝可梦
：大王燕、黑鲁加、喷火驼。
水梧桐
（アオギリ）
水梧桐是以丰缘为据点，暗中活动的秘密组织海洋队的首领。个性冷静，同时冷酷无情。以电视台上层人员为名目掩盖组织的活动，企图找出盖欧卡，并操纵它增加海洋面积。在脱离了宝珠的控制之后，决定与赤焰松一起打倒面前所有的阻碍征服世界。及后第六章再度登场，并利用基拉祈来扩张海洋。要求手下称呼他为“总帅”。特别篇中的水梧桐同样致力于唤醒盖欧卡、增大海洋的面积。在策划一系列事件、夺得启动装置后选择了跟赤焰松合作到达海底洞窟。
拥有宝可梦
：帝牙海狮、毒刺水母、溜溜糖球→雨翅蛾、宝石海星、巨牙鲨。
赤日
（アカギ）
赤日是以神奥为据点，暗中活动的秘密组织银河队的组织者。赤日是一位没有情绪的男人，为了摧毁和重建世界而建立银河队。赤日领导着干部伙星、岁星、镇星、冥王，并多在百代市和帷幕市隐匿。后于枪柱召唤帝牙卢卡、帕路奇犽，被戴亚蒙德、帕尔和普兰汀娜打断后，又被骑拉帝纳带入破格的世界。得救后，解散银河队。
赤日最早在自行车道的南部出口出现，从工作人员处收取包裹。随后他来到天冠山，想让朝北鼻和三合一磁怪进化。但由于帕尔和戴亚一行人经过这里时发出太嘈杂的声音惹恼了他，他让这两只宝可梦震塌岩壁，想活埋三人。
拥有宝可梦
：乌鸦头头、朝北鼻→大朝北鼻、三合一磁怪→自爆磁怪、玛狃拉、暴鲤龙。
N
（N）
N是是特别篇黑·白篇等离子队名义上的老大，后来在黑２·白２篇从组织中退出。他将宝可梦称作朋友，并希望将宝可梦与人像黑与白一样分离开来。智商非常高，被称作“数学的魔术师”，可以看到人的过去及未来。据说是宝可梦所生的人类，很爱宝可梦，和人类保持距离。认为自己是完全的存在，因为疏远人类而被人类所畏惧，所以与宝可梦有着非常紧密的关系。
Ｎ是一名外表冷酷、内心孤僻的青年。他的脸上很少出现笑容，双眼也没有光芒。由于他能听懂宝可梦心声的能力，从小被众人当作怪物。后来魁奇思将他收养，把他禁锢在房间之中几乎与世隔绝的成长，想要利用他完成自己的阴谋。他坚信宝可梦只会被邪恶的人类利用，甚至会因此而伤心落泪，对精灵球和宝可梦图鉴的存在非常不认同。
拥有宝可梦
：索罗亚、暖暖猪。
魁奇思
（ゲーチス）
魁奇思是七贤人之首，以及等离子队真正意义上的老大，利用Ｎ以及“精灵解放”的幌子来实现自己的野心。全名为
魁奇思·哈尔孟尼亚·格罗皮乌斯
。在等离子队袭击联盟的行动中，魁奇思表现出了绝对的实力和冷酷的本性。在N被击败逃走后，魁奇思向布莱克承认自己是N的父亲，同时表示N只是自己的傀儡，自己的真实目的是让宝可梦成为等离子队的专属品。魁奇思还试图杀死布莱克，以防N被击败的事情泄露。义愤填膺的布莱克通过打击魁奇思的弱点击败了魁奇思，并用石刃困住魁奇思，结束了其阴谋。在第十一章中，魁奇思放弃了领导职位，但依旧在等离子队中积极活动。
拥有宝可梦
：三首恶龙、麻麻鳗鱼王、蟾蜍王、迭失棺、火神蛾。
Ⅱ
关于《特别篇》中登场的道馆训练家们，请移步：
道馆馆主
Ⅲ
关于《特别篇》中登场的开拓之脑们，请移步：
对战开拓区
Ⅴ
关于《特别篇》中登场的其他人物，请移步：
大木博士
，
极梅
，
空木博士
，胡桃，
水京
，
小田卷博士
，
满充
，
亚希达
，
山梨博士
，
彩子
，
亚玄
，
帅哥
，
芽米
，
小麦
，
红豆杉博士
，
黑连
，
白露
。
参考资料
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精灵球
训练家用于捕捉或者携带宝可梦所用的一种道具。它们的基本用途都是相同的，但是根据种类的不同也有不同的
特殊效果
。到处都可以见到球。一个训练家只能携带6只装有宝可梦的球，背包里可以放任意数量的空球。一般情况下，宝可梦都是放在球里的，但是也有不喜欢待在球里的宝可梦。已经有被收服的宝可梦，理论上只能进入当时收服自己的球。球是否容易捕捉到野生宝可梦，取决于捕获率，以及球本身的情况，另外还有对战中的状况。球可以限制里面宝可梦的力量，并且驯化它们，但不一定能让他们听训练家的指挥。
-
徽章
一个道具，象征着一位训练家战胜一位馆主的实力。训练家该要收集某数的
道馆徽章
才能有资格参赛地区的联盟，少年的训练家经常会展开旅程，游历城镇来收集徽章。徽章小到可以用
大拇指
和食指拿起，可以在别一件衬衫或放在徽章盒里。
-
超级环
一个重要物品，手镯中央的凹槽里存放着
钥石
，在对战时如果使用
超级进化
，超级环上的钥石会和宝可梦身上的
超级石
共鸣，完成超级进化。
特别篇被分为称为章节的数个部分。所谓章节，即是每一章节都有互不隶属的故事，且会有新的主角出现，但和以前的章节还是会有一定的
相关性
，每个角色、基本设定、感情、时间等，在不同的章节中基本上都是相同的。各章又分为数册和数话。特别篇拥有15个章节，其中11个章节已经完全出版，1个章节部分出版。截至2020年7月，漫画共出版了55册。
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第1章 红·绿·蓝篇 1-40话 1-3卷
第一部分故事讲述了主人公赤红从大木博士处得到了自己的图鉴，并踏上了收集宝可梦、挑战道馆。其后，赤红遇到了自己的劲敌，也是大木博士的孙子青绿。在赤红的旅途中，他邂逅了画家碧蓝，后者卖给了赤红假的道具。碧蓝自大木博士的研究所偷了一只杰尼龟，并将后者进化成为了卡咪龟。大木博士后被火箭队绑架以创造超梦。赤红、青绿、碧蓝三人来到了金黄市与火箭队展开决战。他们成功击败了火箭队并救出了大木博士。赤红随后前往石英高原与劲敌青绿对战，已经获得七枚徽章的赤红在途中遇到了失踪已久的传奇式人物——常青道馆训练家兼火箭队首领——坂木，并击败了后者的邪恶生物兵器——超梦。其后，赤红与青绿就冠军之位展开争夺，赤红获得了胜利，因而收获了冠军。
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第2章 黄篇 41-90话 4-7卷
黄篇在赤红收获冠军头衔的两年后开始。赤红在接受一位名为希巴的人的挑战后消失了一个月。一天，大木博士发现了赤红的皮卡丘皮卡受伤倒在自家门前。在皮卡现身后不久，一名年轻的训练家来到了大木博士的研究所。这名训练家小黄声称自己是赤红的朋友，并想带着皮卡一起去寻找赤红。尽管大木对其治愈、感受宝可梦情绪的能力持怀疑态度，但大木最终把寻找赤红的任务和赤红升级过的图鉴托付给了小黄， 然而，这只是一个大阴谋的序幕。小黄不断被四天王袭击。小黄发现四天王的大本营位于深红岛，随即赶往那里，并与青绿、碧蓝、夏伯和火箭队的指挥官马志士、娜姿和阿桔相遇。他们决定齐心协力击败四天王。他们发现，以渡为首的四天王的计划，是建立宝可梦的理想国并毁灭除了关都四天王以外的所有人类。他们认为人类和宝可梦是不相容的。赤红之后出现，帮助马志士和曾根崎正辉击败了希巴。事后发现，是坂木将赤红从冰棺中救了出来。训练家们将他们的力量赋予了小黄，凭借他们联合的实力击败了渡。
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第3章 金·银·水晶篇 91-180话 8-14卷
关都地区恢复平静。崭新的旅程则在城都地区开始。阿金同自己的宝可梦和家人正过着平静的日子，直到阿金在空木博士的研究所里碰见了一个小偷阿银。借助自大木博士处得到的图鉴和在空木博士处得到的火球鼠，阿金发现了面具男的阴谋。与此同时大木博士派出了正在收集图鉴的“捕获专家”克丽丝塔儿。后者涉足水京的捕获水君的计划，并正要自己行动。随后，克丽丝塔儿被卷入了面具男捕捉洛奇亚和凤王的计划，而更惊人的是面具男是城都地区的道馆训练家之一。联盟组织了城都和关都地区的道馆训练家对抗赛，而面具男出面干预。赤红、青绿、碧蓝和小黄也先后来到城都地区。之后，阿金、阿银、克丽丝塔儿、赤红、青绿、碧蓝和小黄击败了面具男和其随从。
[17-18]
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第4章 红宝石·蓝宝石篇 181-267话 15-22卷
城都地区和关都地区刚刚恢复平静。丰缘地区，故事围绕着路比和莎菲雅的80天竞争展开。80天内，路比要赢得丰缘地区所有华丽大赛，而莎菲雅要战胜丰缘地区所有的道馆。他们遭遇了丰缘地区的两个邪恶组织——崇尚陆地的熔岩队和崇尚海洋的海洋队。海洋队自得文制造股份有限公司的董事长兹伏奇社长处偷来了核心部件，而熔岩队则偷到了潜艇探索者一号。熔岩队和海洋队决定结盟前往海底洞窟，唤醒了固拉多和盖欧卡，两者开始破坏丰缘地区。与此同时，千里和小光唤醒了烈空坐，而路比和莎菲雅阻止了两邪恶组织的头目水梧桐和赤焰松。最终，道馆训练家们、路比和莎菲雅借助红、蓝宝珠和烈空坐的力量平息了固拉多和盖欧卡的愤怒，一切重归平静。
[19-20]
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第5章 火红·叶绿篇 268-302话 22-26卷
故事主角又变为赤红、青绿和碧蓝三人。赤红和青绿回到了真新镇，但被代欧奇希斯化成的阴影袭击。碧蓝在与父母重逢前，其父母突然被黑洞吞噬，碧蓝因此昏厥。赤红、青绿随后和碧蓝一起来到了七岛，其间，他们向极梅老人学习了强力技能。此时的七岛，火箭队三兽士正在大肆破坏，而坂木则捉到了代欧奇希斯。与此同时，阿银和小黄、赤红一行人再度相遇，阿银表示他正在调查自己的身世。紧接着，赤红同超梦一道，在火箭队的飞行船上挑战了坂木的代欧奇希斯的组合。坂木再次输掉对战，但飞行船失去控制。赤红、青绿、碧蓝、小黄和阿银一起避免了飞行船的坠毁。火箭队三兽士之一的萨奇再次试图捕获刚刚启程寻找陨石的代欧奇希斯，在前者拿出宝可梦并朝向代欧奇希斯放出奇异的光束时，赤红一行和超梦挺身而出挡下了光束，但一行人（除超梦外）被奇异的光线包裹而石化，萨奇随即离开。
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第6章 绿宝石篇 303-337话 26-29卷
七之岛骚动约三个月后，对战开拓区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被拉帝亚斯及拉帝欧斯带到这里来。名叫米拉特的他，没有携带任何宝可梦却热衷于对战。米拉特随后被克丽丝塔儿和大木博士雇佣，并被指派在7天内、抢在大反派盔甲男之前捕捉基拉祈。以此同时，米拉特也尝试着圆自己制霸七个对战开拓区场馆的梦想。在这期间，米拉特与丰缘地区其他两位图鉴持有者路比和莎菲雅相识。三位图鉴持有者们在对战开拓区进行着挑战，但这一过程被盔甲男打断，后者控制了对战大君莉拉。在紧接着同米拉特的战斗中，盔甲男将莉拉从其控制中释放出来，并称自己是海洋队的首领水梧桐。盔甲男还称自己捕捉到了基拉祈，随后利用基拉祈召唤出了一个巨型的、由水组成的盖欧卡，后者企图淹没对战开拓区。盔甲男的言行暗示，很长一段时间以来，他不能与身上的盔甲分离。三位图鉴持有者们在刚刚赶到的阿金和阿银的帮助下逃脱了逐渐上升的水面。阿金解释说，五位被石化的图鉴持有者们——赤红、青绿、碧蓝、小黄和阿银——已经被船运到了对战开拓区。阿金寄希望于向基拉祈许愿来使其脱离石化。在克丽丝塔儿向路比和莎菲雅传授能够阻止盖欧卡的强大技能的时候，水梧桐抛弃了基拉祈，后者随后来到了米拉特身边。阿金让米拉特向基拉祈许一个解除众人石化的愿望。基拉祈在了解到米拉特的最真实的愿望——同宝可梦和喜欢宝可梦们的人们成为朋友后，实现了米拉特的愿望，五名图鉴持有者们被从石化状态解救出来。赤红和阿金随即破坏了水梧桐的盔甲，重创了水梧桐。十名图鉴持有者们团聚，他们集合了自身最强的攻击，击败了盖欧卡。因离开自己的盔甲太久，水梧桐随后消失。
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第7章 钻石·珍珠篇 338-416话 30-38卷
故事的主人公是大小姐普兰汀娜·贝尔里慈。普兰汀娜为了自己即将到来的成人礼，要到达殿元山顶，采集用来制作自己家族纹章的材料。尽管由于出身富裕的学者大家族，普兰汀娜知识渊博，但其父坚持让两名专业保镖随行。后来，普兰汀娜误认为戴亚蒙德和帕尔是被聘请的她的保镖，而戴亚蒙德和帕尔误认为普兰汀娜是他们之前赢得的神奥全地区旅行的导游。在他们游历神奥的过程中，普兰汀娜在与道馆训练家瓢太对战以增强自己的圆企鹅的信心后，变得专注于道馆战。普兰汀娜成功地在25天内收获了六枚道馆徽章，布莱恩评价说这已经打破了莎菲雅80天收获8枚道馆徽章的记录。在紧张的备战道馆赛的过程中，山梨博士赠予的普兰汀娜的圆企鹅最终进化成为帝王拿波，另一只宝可梦小火马也进化成了烈焰马。在帷幕市与银河队相遇后，普兰汀娜变成了银河队的肉票目标，后者企图通过赎金来研发银河炸弹进而摧毁神奥的三大湖。普兰汀娜是各方关注的焦点，这使得自己的两名真正的保镖坠入破格的世界，也使得戴亚蒙德和帕尔在不知情的情况下继续扮演普兰汀娜的保镖。种种迹象在三人来到神和镇并遇见正在考察遗迹的赤日时被进一步坐实。 在与道馆训练家梅丽莎对战并获得道馆徽章后，三人得知普兰汀娜的父亲和山梨博士在水脉市的学术会议上被绑架，随即搭上了梅丽莎的附和气球赶往水脉市。在普兰汀娜的父亲和山梨博士获救后，普兰汀娜得知戴亚蒙德和帕尔并非自己的保镖，这一事实使得三人发生分歧。后普兰汀娜通过揭示自己的真实姓名来表示自己接受二人作为朋友，三人和好。三人决定继续在神奥地区的旅行，以阻止银河队的邪恶计划，并分头行动救出三只湖中的传说宝可梦（由克希、艾姆利多、亚克诺姆）。其后，银河炸弹在立志湖爆破，三只湖中的传说宝可梦最终落入银河队之手，而赤日借机制作出了两条红锁链来召唤出帝牙卢卡和帕路奇犽以创造出新世界。普兰汀娜、戴亚蒙德和帕尔再次会和，击败了银河队并平息了帝牙卢卡和帕路奇犽的愤怒。最后，骑拉帝纳出现，将赤日、帝牙卢卡和帕路奇犽拖入了枪柱上空的破格的世界的入口。
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第8章 白金篇 417-441话 38-40卷
本章继续大小姐普兰汀娜·贝尔里慈的故事，与戴亚蒙德和帕尔分开后，普兰汀娜来到了对战开拓区并遇见了身为国际刑警组织一员、正在搜寻银河队的情报的探员“帅哥”，后者同时开始帮助普兰汀娜调查两名保镖所在的破格的世界的有关信息。为达此目的，普兰汀娜挑战开拓之脑们，以期获得更多有关破格的世界的信息。其间，普兰汀还结识了帕尔的父亲，对战大君桄榔。银河队余党冥王，则开始了其捕捉神奥地区传说宝可梦的计划，首先便捕获了席多蓝恩。与此同时，戴亚蒙德和帕尔则跟随足迹博士和神奥宝可梦联盟主席踏上旅程，并在旅途中碰到了洛托姆，后者加入了他们的旅行队伍。随后，骑拉帝纳在百代市出现，并通过技能影子潜水使正在救助帕尔的戴亚蒙德消失，戴亚蒙德之后发现自己来到了破格的世界并遇见了赤日。身处对战开拓区的普兰汀娜同对战大君桄榔、亚玄、小麦和芽米一起进入了破格的世界，随后一行人团聚。冥王的阴谋仍在继续，骑拉帝纳在滨海市出现随后被打败，但冥王最终被帅哥逮捕。赤日在事后悔悟，解散了银河队。
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第9章 心金·魂银篇 442-460话 41-43卷
阿金在绿宝石篇结束后重返城都地区，后又带着大木博士所交待的秘密任务跟随小茜来到全能竞技赛赛场，在参加宝可梦全能竞技赛时遇上新的城都四天王。获胜后，阿金说明了自己的目的：与前任关东四天王之一的渡接头，了解火箭队与阿尔宙斯信息。其后，阿金遭遇了渡失控的快龙。在打倒快龙之后，阿金前往缘朱市，后又追随突然出现的阿尔宙斯来到了神都遗迹。另一方面，阿银获得了阿尔宙斯和阿尔宙斯的令牌的有关信息，并在野生原野区与克丽丝塔儿再次见面，其后又发现了石板的用途。克丽丝塔儿则追踪着阿尔宙斯，与阿金、阿银重新在神都遗迹会面。神都遗迹的三幻舞台上，火箭队成员阿波罗迫使阿尔宙斯再次创造时空神话的宝可梦（即帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳）。这时，坂木、渡和柳伯出现，火箭队的计划被几人合力终止。在神奥地区，冠军希罗娜目睹了帕鲁迪亚和迪亚鲁加飞往神奥的身影后，又与帕尔的父亲——身为开阔之脑的桄榔——相遇。同在神奥，彩子发现自己的儿子已出发参加滑稽竞赛。
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第10章 黑·白篇 461-524话 43-51卷
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第11章 黑2·白2篇 525-548话 52-55卷
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第12章 X·Y篇 X,Y特别篇 549话-595话 55卷-62卷
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第13章
Ω红宝石·α蓝宝石篇 596话- 62卷-
从宇宙而来的陨石逼近丰缘地区。为了应对危机，路比和莎菲雅以及米拉特运用超级进化的力量和流星之民的后裔希嘉娜展开周旋。
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第14章 太阳·月亮·究极之日·究极之月篇
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第15章 剑·盾篇
剑·盾篇的主角是剑创人和盾·席尔德米莉雅。
本篇以《宝可梦剑·盾》为蓝本，于2019年11月发售的2020年1月号的《COROCORO一级棒》开始连载。
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