生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化,是生物、医学科研必备的技能之一。生信宝典精心组织生信学习系列教程、生信工具精品教程,通过大量的生信例子、关键的注释、浓缩的语句和录制的视频帮助快速掌握生信知识。
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cellassign的安装需要依赖于tensorflow(一个python机器
学习
经典库),可以根据以下步骤进行安装:先安装R包tensorflow然后通过R包tensorflow安装安装python模块tensorflow,最后安装cellassign,如:
install.packages("tensorflow")
library(tensorflow)
install_tensorflow()
可是,在执行install_tensorflow()的时候,报错,找不到相关的Python环境,如下
Bioinstrumentations involves biological variable
measurements, this assists the physicians in treatment
and diagnosis of their patients (Khandpur,
2004). In order to operate the equipment, electronics
and measurement techniques are necessary.
Computers are necessary also for handling the
data; a computer can process a large quantity
of information in medical imagining system.
Electronic instruments are essential to hospitals,
as blood pressure monitors, in order to provide
continuous and valid feedback on ill patient’s
health status.
前情回顾:让你的单细胞数据动起来!|iCellR(一)
在上文我们已经基本完成了聚类分析和细胞在不同条件下的比例分析,下面继续开始啦,让你看看iCellR的强大!
1. 每个cluster的平均表达量
my.obj <- clust.avg.exp(my.obj)
head(my.obj@clust.avg)
# gene cluster_1 cluster_2 cl...
本期我们介绍一下如何使用Seurat包进行差异分析,以及如何使用SingleR进行细胞注释。😘
2用到的包
rm(list = ls())library(Seurat)library(tidyverse)library(SingleR)library(celldex)library(RColorBrewer)library(SingleCellExperiment)
3示例数据
这里我们还是使用之前建好的srat文件,我之前保存成了.Rdata,这里就直接加载了。🧐
load("./srat2.
生信
工程师是一种专业的
技术
人员,主要负责处理生物信息学相关的数据和系统。在年终工作汇总中,
生信
工程师可能会涉及以下内容:
1. 对所有进行的项目进行总结和回顾,分析项目的成果和效率,并提出改进意见。
2. 进行数据分析和
可视化
,给出项目的结论和建议。
3. 与相关人员进行沟通,协调项目的进展,确保项目顺利完成。
4. 更新和维护系统和数据库,确保数据的准确性和完整性。
5. 参与研发新
技术
和工具,提高工作效率。
6. 对新人进行培训和指导,帮助他们更快地适应新的工作环境。
7. 参加相关的学术会议和培训,提升个人技能和知识水平。