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近些年来，医院共主持国家“973”项目3项、“十五”攻关项目3项、“十一五”攻关项目1项、“十二五”攻关项目2项、“863”项目7项、 国家自然科学基金项目 188项，主持省部级项目402项，科研论文11830篇，SCI收录756篇。全院获各种科技奖励76项，其中国家科技1进步二等奖4项；教育部科技进步一等奖1项、二等奖3项；省科技进步奖27项。

医院还创办了多本专业杂志，2007年起承办中华关节外科杂志（电子版），还有广东省第一本医学SCI杂志——JOURNAL OF THORACIC DISEASE创刊于2009年，2011年被PubMed收录，2013年被SCI收录，2015年影响因子达到1.783。另外，还有基于个体化肺癌微创手术数据库平台，创刊Annals of Translational Medicine，2014年9月被PubMed收录。

由中国医学科学院主办、中国医学科学院医院信息研究所承办的“2016年度中国医院科技影响力排行榜”中，本院位居全国第33名，再次荣膺全国前五十；在全国学科排行榜中，呼吸科连续三年位居榜首，变态反应科位居第2名，胸外科位居第5名，泌尿外科位居第18名，耳鼻喉科位居第18名，其中， 心血管病 学、结核病学、肾脏病学、传染病学、心血管外科学、儿科学、口腔学、肿瘤学均跻身全国学科排行百强；在地区排行榜中，呼吸科、变态反应科、胸外科位居广东省首位，泌尿外科位居广东省第2名。

秉承“全心全意为人民健康服务”的宗旨，医院不断优化服务流程，积极拓展多种形式的预约挂号、专科门诊服务等便民措施，通过加强医院 精细化管理 ，持续提高医疗服务水平及服务质量。医院还大力开展帮扶工作，现与广东省百余家基层医院签订支持和帮扶协议，多次赴西藏等地区进行巡回医疗活动，主动参与海外医疗援助工作。同时，医院积极开展健康科普宣教活动，每年举办COPD日大型讲座义诊、肿瘤防治宣传活动、帕金森病友联谊会等形式多样的惠民活动，深入社区、深入基层，广泛传播健康理念。

在2003年的“抗非”斗争中, 以钟南山院士为首的广医一院人主动承担广东省大部分最危重非典病人的抢救重任，做出了重大贡献，得到 世界卫生组织 的高度评价。近年来，在“仁爱为本，精诚为强”的核心价值观，医院积极探索人文医学道路，2006年被批准成立全国首家“中国医师人文医学执业技能培训基地”。

传承百年历史，力争再创辉煌。医院连续荣获全国文明单位、全国卫生系统先进集体、全国三八红旗集体、全国医院医保管理先进单位、全国综合医院中医药工作示范单位等国家级荣誉5项，获广东省百家文明医院、最佳服务单位、广州市文明单位、广州市先进集体等省、市级荣誉9项。钟南山院士荣获全国劳模、中国卫生系统的最高荣誉——白求恩奖章和时代领跑者—新中国成立以来最具影响的劳动模范、吴阶平医学奖。2011年，广州呼吸疾病研究所呼吸疾病防治研究创新团队获得广东省首届南粤功勋奖。

《中国最佳医院排行榜》中，本院作为广州一家市属医院连续6年入围全国百强最佳医院，呼吸专科连续6年专科排名第一。在广东社情民意调查中心对全省三甲医院 服务满意度 调查中连续多年排名前列，在2015年广东省卫生计生委发布《广东省130家二级以上公立医院群众满意度第三方测评结果》中位列广州地区大医院首位。

2020年9月29日，荣获广东省荣获抗击新冠肺炎疫情 全国三八红旗手 、全国三八红旗集体称号

2020年10月，荣誉广东省抗击新冠肺炎疫情先进集体荣誉称号。

2022年4月，广州医科大学附属第一医院团委获得2021-2022年度“广东省五四红旗团委”荣誉称号。

2023年3月，广州医科大学附属第一医院被命名为“第九批广东省学雷锋活动示范点”。

2020年7月26日，国家卫生健康委决定分别以 中日友好医院 为主体设置国家呼吸医学中心、以广州医科大学附属第一医院为主体设置国家呼吸医学中心（广东），共同构成国家呼吸医学中心。 中国医学科学院 -北京协和医学院校长 王辰 院士担任中心主任。