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ggplot2
数据科学/迷影/科学哲学硕士/本科生物狗
我也来占个坑吧。。。我主要讲理念的东西，希望大家有一定经验的再来看此答案。 总结来说有以下几点： ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数，使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中。 ================================================================== 1、ggplot2的逻辑。ggplot2的逻辑在我看来其实是真正实现了一…
数据可视化，是关于数据视觉表现形式的科学技术研究，它旨在借助图形化手段，清晰有效地传达与沟通信息，是科学可视化与信息可视化的统一。当前，数据可视化在教学、科学研究等方面极为活跃，已成为人工智能和大数据分析的基础内容之一。R语言（简称R）是一款开源的数据分析和可视化软件，主要用于统计分析、图形绘制、数据挖掘、机器学习等，其在数据可视化方面具有诸多优势。Science、Nature和Cell等国际顶级期刊上的图表大都…
ggplot2 | 图形分面函数
图形分面是指根据某个或某些分类变量（不一定是因子类型）将绘图数据分成若干子集并分别绘图。 ggplot2绘图系统中有两个专门的分面函数： facet_wrap()facet_grid()1 facet_wrap() facet_wrap()函数的语法结构如下：facet_wrap( facets, nrow = NULL, ncol = NULL, scales = "fixed", shrink = TRUE, labeller = "label_value", as.table = TRUE, drop = TRUE, dir = "h", strip.position = "top" ) facets：分面变量；使用vars(…
R 数据可视化 —— 图形排列之 cowplot
公众号：生信学习手册
生物信息学、R、Python。
前言 cowplot 包是 ggplot 的一个简单插件，可以对多个图形进行排列和对齐，来生成复杂的出版级别的图片，还提供了一些主题和帮助函数。安装 install.packages("cowplot") # 安装最新的开发版本 remotes::install_github("wilkelab/cowplot") 导入相关包 library(tidyverse) library(cowplot) 示例 1. 主题 ggplot2 的默认主题是这样的ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color = Species)) + geom_point() [图片] 我们更换上…
R语言、生物信息学
对于点重合，可以试试调整不同的形状，空心，颜色，透明度等方案。 对于标签重合，可以使用ggrepel包，替代原生的 ` geom_text() ` 方法。ggrepel包可以画出一条线指向待标记的点。 library(ggrepel) p + geom_text_repel(aes(x = x, # geom_text_repel 标记函数 y = y, label=label), max.overlaps = 10000, # 最大覆盖率，当点很多时，有些标记会被覆盖，调大该值则不被覆盖，反之。 size=3, # 字体大小 box.padding=unit(0.5,…
在这里提了一个自问自答的问题来推广一种十分优雅的数据可视化工具，R的ggplot2包。其实我自己现在主要在使用Python和Pandas和Numpy工作，ggplot2应该是我留守在R里面最大的理由之一~ 在介绍ggplot2之前，我首先来介绍一下作者Hadley Wickham。Hadley （ Rice University Department of Statistics : Faculty ）从统计学名校Iowa State University拿到了自己的Ph. D，其博士论文Practical tools for exploring data and models 就…
文章原文：R语言绘图—热图绘制 [图片] 热图使用颜色来表示二维图中第三个变量的变化和大小。热图能清楚直观的看到数据的变化。今天就简单介绍下R语言中热图的绘制。我结合一份传染病的日常数据作一个展示。 一、模拟数据这里模拟12年期间每个月份传染病的发病数，如下： mydata
ggplot2 | aes_string和aes函数有什么区别？
1 两个函数的区别 aes_string()函数和aes()函数的功能是一致的，都是ggplot2绘图系统中用来引用具有映射关系的变量的函数。区别在于使用方法不同： aes()函数引用变量时不需要加引号；aes_string()函数则需要加引号。library(ggplot2) ggplot(mtcars, aes(mpg, qsec)) + geom_point() + geom_smooth() + theme_bw(base_size = 18, base_family = "mono") ggplot(mtcars, aes_string("mpg", "qsec")) + geom_point() + geom_smoot…
R 数据可视化 —— 集合可视化 UpSetR
公众号：生信学习手册
生物信息学、R、Python。
前言 上一节，我们介绍了如何绘制韦恩图来显示集合间的交叠关系 但是，随着集合的增多，韦恩图显示的关系会越来越复杂，很难一眼看出其中的信息。 今天，我们要介绍的是，当集合数目较多时，该如何绘制 我们将使用 UpSetR 包来绘制下面这种图 [图片] 该图由三个子图组成： 表示交集大小的柱状图（上方）表示集合大小的条形图（下左）表示集合之间的交叠矩阵（下右），矩阵的列表示每种交集组合，对应于柱状图的横坐标；矩阵的行表示集合…
实用教程！用一张图聊一聊ggplot2的绘图逻辑
大工生信 兼售组学代码和科研绘图 CDA数据分析师持证
当你看的一张图片想绘制的时候，用ggplot2来拆解是一个不错的方法。我们以一张简单的点线结合的图片为例。 [图片] 这张图的原始数据是用R语言的内置数据集：diamonds，确定X轴为carat，Y轴为price。用了点图和线图两种形式。下面我们看怎么一步一步得到这张图片吧~ 转自自己的回答： 如何在论文中画出漂亮的插图？ 安装和加载包如果你还没有理解ggplot2的绘图原理，我简单解释一下，ggplot2是一种类似PS图层的包，所有的元素一层一层叠加…