Chemistry42 | 一个基于AI的分子从头设计平台

今天给大家介绍一项由AI+药物研发领军公司Insilico Medicine，Yan A. Ivanenkov等人完成的工作：Chemistry42。

Chemistry42是用于从头设计小分子的软件平台，将人工智能（AI）技术与计算和药物化学方法相结合。它的独特之处是可以生成具有预定义特性的新型分子结构。该结构可以通过体外和体内研究验证。Chemistry42极具灵活性和用户友好性，其协作功能将促进决策过程和不同科学界之间的关系。同时，Chemistry42是可扩展的分布式网络应用，能在数小时内同步完成多项任务。平台可实现跨硬件预测资源分配，在云或本地高性能计算基础设施上均可提供服务。

使用Chemistry42™的一般工作流程（如图1）：

• 第一步，用户输入并配置；
• 第二步：部署生成模型（可在30个模型中指定），虚拟筛选/优化阶段，2D或3D模块奖励和计分函数根据预定义的标准动态评估生成结构的属性，然后反馈到生成模型中，从而完成强化学习的周期。
• 第三步：分析结果，根据基于可预测属性的自定义（合成可及性、新颖性、多样性等）指标进行自动排名。同时提供了监视模型性能的交互式工具。

图1 使用Chemistry42™平台进行从头设计生成实验的三步工作流程

使用用户友好的基于Web的Chemistry42™界面，可以将各个生成实验作为项目进行创建。可以使用基于配体（LBDD）（如图2）或基于结构（SBDD）的药物设计工作流程来启动它们。

图2 Chemistry42™用于配置SBDD生成实验的界面

Chemistry42™平台的互操作性允许靶标识别与从头产生小分子之间进行有效的相互作用。（如图3）

图3 .将PandaOmics和Chemistry42™平台集成到药物发现管道中

参考资料

https://arxiv.org/pdf/2101.09050

https://insilico.com/chemistry42

https://pandaomics.com