海瑞兴利除害，请求整修 吴淞江 、白茆河，通流入海，百姓得到了兴修水利的好处。海瑞早就憎恨大户兼并土地，全力摧毁豪强势力，推行“ 一条鞭法 ”，安抚穷困百姓。贫苦百姓的土地有被富豪兼并的，大多夺回来交还原主。深受百姓的爱戴，叫他“海青天”。

徐阶 被罢免之后在家中居住，海瑞追究徐家也不给予优待。推行政令气势猛烈，所属官吏恐惧奉行不敢有误，豪强甚至有的跑到其他地方去躲避的。而有些奸民多乘机揭发告状，世家大姓不时有被诬陷受冤枉的人。又裁减邮传冗费，士大夫路过海瑞的辖区大都得不到很好地张罗供应，因此怨言越来越多。

海瑞巡抚吴地才半年。平民百姓听说海瑞解职而去，呼号哭泣于道路，家家绘制海瑞像祭祀他。海瑞要到新任上去，正遇高拱掌握吏部，早就仇恨海瑞，把海瑞的职务合并到南京户部当中，海瑞因此遂因病引退，回到 琼山 老家。

海瑞在隆庆四年（1570年）曾前往福建晋江潘湖， 黄光升 的府邸拜见黄光升，以谢当年营救保护之恩。

万历元年（1572年）， 张居正 主持国政，也不喜欢海瑞，命令巡按御史考察海瑞。御史到山中审察，海瑞杀鸡做菜招待御史，房屋居舍冷清简陋，御史叹息而去。张居正惧怕海瑞严峻刚直，中外官员多次推荐，最终也不任用。

万历十年（1582年）冬天，张居正去世之后，吏部拟用海瑞为左通政，明神宗 朱翊钧 向来器重海瑞的名望，于次年正月召海瑞为南京 右佥都御史 。赴任途中，改为南京吏部右侍郎。海瑞当时已经七十二岁了，上疏言衰老垂死，愿意效仿古人 尸谏 的意思，列举 明太祖 朱元璋刑法，剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法达八十贯判处 绞刑 的规定，说应当用这样的方法惩治贪污。其它谋划时政，言语极为切实。只有劝皇帝用暴虐刑法，当时评议认为是错误的。御史梅鹍祚弹劾海瑞。明神宗虽然认为海瑞言论有过失，然而清楚海瑞的忠诚，为此免去梅鹍祚的俸禄。

万历十四年（1586年），海瑞听闻 黄光升 去世，悲伤至极，带病前去 晋江 奔丧。

万历十五年（1587年）十月十四日 ^{，海瑞病故于南京任上。他没有儿子，所以去世后，佥都御史 王用汲 去主持海瑞的丧事，看见海瑞住处用葛布制成的帏帐和破烂的竹器，有些是连贫寒的文人也不愿使用的，因而禁不住为之悲泣不已，凑钱为海瑞办理丧事。海瑞的死讯传出，南京的百姓因此罢市。海瑞的灵柩用船运回家乡时，穿着白衣戴着白帽的人站满了两岸，祭奠哭拜的人百里不绝。朝廷追赠海瑞 太子太保 ，谥号忠介。}

海瑞就任应天巡抚之后，立即颁布《督抚宪约》，规定巡抚出巡各地，府、州、县官一律不准出城迎接，也不准设宴招待。考虑到朝廷大员或许仍须稍存体面，他准许工作餐可以有鸡、鱼、猪肉各一样，但不得供应鹅和黄酒，而且也不准超过伙食标准。这个标准是：物价高的地方纹银三钱，物价低的地方两钱，连蜡烛、柴火等开支也在上述数目之内。

海瑞在应天推行 一条鞭法 ：将过去按地、户、丁分别征收实行、征发徭役的赋役制度，改为按土地、人丁征收货币与白银；将过去由纳税户轮流征收解运改为官府自行征收解运。把田赋、力役和其他杂税合编为一条，统一按田亩核算征收。原来按丁户征役的办法一并改为摊入田亩。

在对待契约问题上，海瑞不顾明代法律规定与当时的国情，要求争议的解决必须以书面契约为依据。因为当时农民间是很少使用书面契约来发生借贷关系的，致使法律的执行陷入了进退维谷的两难境地。海瑞所批准赎还的仅占全部典押借贷案件的二十分之一。在海瑞的治下，佃户不敢向业主交租，借方不敢向贷方还款。 ^[31-32]