在马晓晴刚到北京时，曾和北影厂的年轻导演 路学长 谈过一场刻骨铭心的恋爱。马晓晴和 路学长 同居了很长一段时间。能有个“窝”而不至于像北漂演员那样到处租房，当时令很多北漂明星心生羡慕。马晓晴回忆，1988年到北京拍《 顽主 》时就和 路学长 恋爱了，他那个时候得了太重的病，她很长一段时间在照顾他，后来拍《 北京人在纽约 》的时候就走了。他一直给我打电话，还不断地写信，最终我们还是认认真真分手了。之后，马晓晴曾经历过一段不同寻常的爱情，用她的话说就是，“他现在身在高位，说出来对谁都没好处”。

年轻的时候，马晓晴一直喜欢比自己至少要大十岁以上的男人。后来爱情观发生了巨大的变化。觉得爱情像游戏，要符合游戏规则，谁也不能彻底霸占谁。以后不想结婚，因为觉得不太适合结婚，不适合做家庭主妇。因为做家庭主妇会付出很多，想搞事业，不想要小孩，更不想领养。她看过一本书，作者说自己这一辈子注定断子绝孙。她说她也是这样。

马晓晴孤独的时候，就会给朋友打电话或约朋友出来逛街，但是当走在大街上，再没有人能认出她了，在北京的时候出门戴墨镜，生怕有人认出来，到上海后也老戴墨镜，后来她妈说别戴了，戴了也没人认出你来。后来再也不戴了。马晓晴看过很多书，家里的藏书也不少，正在写一本小说，名叫《妇人日记》，这本小说源于孔子的这句话：“唯女子与小人难养也。”这本书会是马晓晴情感经历的真实写照，但是等老了后才会写完，因为她生命中经历过的那些男人都还活着。

2013年8月22日，薄熙来受贿、贪污、滥用职权一案开始审理，关于他的不少消息也不胫而走。据爆料，薄熙来此前曾与童星出身的女演员马晓晴交往。而马晓晴也在几年前的采访中提到自己曾与“身在高位”的某男子有过一段情，2008年《 南都周刊 》对她的访问中，写到“记者无意中提到圈中人聊起马晓晴的现状，大意是她现在有点神神叨叨，对人说自己与某上层人士秘密谈了好几年恋爱”。马晓晴也坦言：“这些事情过去了，我不想再提那个人了，嗯，怎么说呢，那个领域跟娱乐的领域是不同的，说出来对你对我都不好。”在《 成都商报 》的采访中，马晓晴指出“那个人”是“身在高位”，此外不愿透露任何信息。