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主持人： 陳熙遠

本所收藏原屬清朝「內閣大庫檔案」各色文書約三十一萬件，包括詔令、題奏、移會、賀表、三法司案卷、實錄稿本、各種黃冊、簿冊、內閣各廳房處與修書各館之檔案，以及試題、試卷等，是研究明清政治制度、社會、經濟、軍事、法律的珍貴史料。這批檔案在清末由於庫房損壞而被移出大庫，數易其主，最後在本所創始人傅斯年先生與陳寅恪先生的奔走下，以重金購入收藏。

一九三○年本所開始整理，至一九七五年，共刊印成《明清史料》十編與《明清檔案存真選輯》三輯，選錄文件八千多件。目前執行中的「內閣大庫明清檔案整理計畫」始於民國七十年，主要工作有：除蟲掃灰，黏補殘損，編號登錄，影印複本，封存原件，撰寫目錄，出版影本。民國八十四年年初，整理工作稍作調整。除了鈐印編號外，還進行電腦登錄的工作，以利檔案的管理。民國八十五年起不再影印複本，而改以影像掃描的方式，將檔案原樣存入光碟。九十年起配合國家數位典藏計畫，建置人名與地名權威檔，提升檔案檢索的正確率。

至今本室已完成檔案登錄二十七萬件，撰寫提要十七萬四千多件，影像製作二十萬九千餘件，出版《明清檔案》三百七十冊，共約五萬件。八十六年間曾將檔案中有關臺灣史料的提要匯集成冊，編入臺灣大學歷史系主編之《臺灣史檔案・目錄》第十三冊出版。目前所有文字提要與全文影像已可透過網際網路（Internet）檢索、閱讀、列印。