病原微生物是指可以侵犯人和动物，引起感染甚至传染病的微生物，包括病毒、细菌、真菌、立克次体、寄生虫等。

2004年，国务院颁布《病原微生物实验室生物安全管理条例》。根据病原微生物的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度，我国对病原微生物实行分类管理。病原微生物分为以下四类。

第一类病原微生物，是指能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。例如，天花病毒、埃博拉病毒。

第二类病原微生物，是指能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。例如，高致病性禽流感病毒、艾滋病毒、炭疽芽孢杆菌、结核分枝杆菌。

第三类病原微生物，是指能够引起人类或者动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物。例如，肠道病毒、麻疹病毒、肺炎支原体、肉毒梭菌。

第四类病原微生物，是指在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。例如，实验室使用的用于基因克隆的大肠埃希菌 K12株。

第一类、第二类病原微生物统称为高致病性病原微生物 。